ברקע תחקירי המטכ"ל אודות אירועי 7 באוקטובר, קצינים בחיל הים מותחים ביקורת על כך שהנספח הימי לחוברת "חומות יריחו", שפירטה על תוכנית הזרוע הצבאית של חמאס לבצע פשיטה במספר גדול של מוקדים על העורף הישראלי, לא הובא לידיעת הקצונה הבכירה בחיל הים ולכן לא נערכו אליה. אחד הגורמים אמר כי לא ברור עד עצם היום הזה לאן נעלם המודיעין שהיה על כוונות הפשיטה של הנוח'בה הימית, המוגדר ככוח קומנדו המובחר ביותר בחמאס.
בנוסף לכך, נמתחה ביקורת על אמ"ן ומספן מודיעין חיל הים (מד"ן) שלא סיפקו את ההתרעה המתבקשת על הנוח'בה הימית שיצאה אל הים ונערכה לפשיטה הגדולה על חופי ישראל. גורמים המצויים בפרטי התחקיר אמרו ש"הנוח'בה הימית צריכה להיות במרכז הצי"ח (ציון ידיעה חשובה) של אמ"ן וחיל הים, וכמו שראינו היה בור שחור ב-7 באוקטובר. כלום".
"לאורך השנים קראו לנוח'בה הימית בשם קוד. העובדה שלא הועברה התראה על היציאה שלהם לים באופן חריג מצביע גם על האופן שבו התייחס אמ"ן לחיל הים ולצ"יח שלו. מזכיר מאוד את מה שקרה במלחמת לבנון השנייה, כשחיל הים הופתע לחלוטין על הימצאות טיל מסוג C-802 על ידי חיזבאללה, ששוגר ופגע בספינת הטילים אח"י חנית". גורמים נוספים המצויים בתחקיר אמרו כי ללא התראה מודיעינית חיל הים היה אמור להיות ערוך למצב של פשיטה בהפתעה גמורה של הקומנדו הימי של חמאס.
לדברי קצינים המצויים בפרטי התחקיר של חיל הים, מי שהעיר את מפקד בסיס אשדוד אל"מ איתן פז הם לא גורמי אמ"ן ולא אגף המבצעים אלא מפקד אוגדת עזה תא"ל אבי רוזנפלד. ב-7 באוקטובר, רוזנפלד התקשר לפז סמוך לשעה 04:00 לפנות בוקר ואומר לו שיש מודיעין לא ברור על משהו שקורה ברצועת עזה, ואין לו מידע נוסף. מפקד בסיס אשדוד התקשר למטה חיל הים בקריה בתל אביב וביקש לברר אחרי השיחה עם מפקד אוגדת עזה האם הם יודעים משהו במישור המודיעיני על אירועים חריגים ברצועת עזה. הגורמים מבטיחים לבדוק, מבצעים פעולות אך לא עולים על שום דבר חריג בזמן שכל הקומנדו הימי של החמאס כבר מוכן לפשיטה על חוף זיקים וחופים נוספים.
הקצינים אמרו כי גורמי המודיעין בחיל הים לא ידעו כלום באותם רגעים. בפועל, שבע סירות היו מוכנות לפשיטה (יש מי שטוען שיותר א.ב) ועל גביהן עשרות מחבלים. מפקד בסיס אשדוד חשש שקורה משהו גדול, וחרף העובדה שרמזו לו שלא לבצע פעולות חריגות כדי שהאויב לא יבין שבישראל יודעים מה קורה ברצועת עזה, החליט להגביר ערנות וכוננות והקפיץ מפקדים מהבית. לבסוף, הוא הצליח לבלום חמש מתוך שבע סירות שפשטו על החוף אבל ממדי הטבח היו רצחניים.
במסגרת התחקיר התגלו סרטונים על התנהלות הכוחות היבשתיים שהגיעו לחוף זיקים באמצעות רכב מסוג 'סוואנה'. תוך כדי האירוע הרכב ננטש, המחבלים עלו על הרכב, ונסעו לעבר זיקים. שם, הם נתקלו בגורמי ביטחון וחברי כיתת כוננות שפתחו לעברם באש ונסוגו. תוך כדי האירוע, אחד הלוחמים התקשר לחמ"ל בסיס אשדוד והצליח לדווח למפקד על פשיטת המחבלים, תוך שהוא מבקש חילוץ דחוף מהשטח לשבעה לוחמים.
בחיל הים טענו לאורך התחקיר כי עשו את המיטב בנסיבות שנוצרו נוכח ההפתעה הגדולה לא ההתראה, בלמו חמש סירות, ולכן הם דרשו במעמד הצגת התחקיר להציב כוח קבוע של ש-13 או כוח לוחם אחר להגן על מקטע החוף הסמוך לגבול רצועת עזה.
דובר צה"ל מסר בתגובה: הנושא נבחן במסגרת תחקירי ה-7 באוקטובר. צה"ל נמצא בעיצומו של הליך התחקור, לכשיסוכם יוצג לציבור. גורם צבאי רשמי ומוסמך מסר: "חיל הים חקר והכיר היטב את הנוחבה הימית. באותו בוקר לא ניתנה התרעה לפשיטה".