החשש המיידי במערכת הביטחון הוא שהמורדים יצליחו להשתלט על נשק אסטרטגי כגון טילים מסוגים שונים, אתרי ייצור ואחסון של נשק כימי מסוג סארין, טנקים, נגמ"שים ומטוסים, בבסיסים באזור חאלב והסביבה.
בנוסף למחסני נשק קל, טילי כתף, כלי רכב ותחמושות מסוגים שונים, יש באזור הזה אתרי תשתיות לייצור אמצעי לחימה כמו רקטות וטילים מדויקים ונשקים מסוגים שונים שחלקם מיוצר עבור חיזבאללה ומליציות שיעיות פרו איראניות. אתרי הייצור הללו נועדו להקשות על צה"ל שתוקף את הברחות האמל"ח מאיראן לסוריה ומשם לביירות.
כאמור, מדובר במורדים שמרביתם מארגונים בעלי זהות שבסיסה הוא באל-קעידה ובטווח הקצר הם יהיו מרוכזים בהתנגדות למשטר אסד; אבל במערכת הביטחון חוששים כי ברגע שיעמיקו את השליטה במרחב, הם עלולים להפנות את כוונותיהם ואת האש לעבר העורף הישראלי. לכן, השילוב בין הנשק שעלולים ליפול לידיהם ולאידיאולוגיה הקיצונית עלול לסכן את האינטרסים הביטחוניים של ישראל ומחייב את אמ"ן להיות דרוך לכל שינוי.
עוד תהליך מסוכן מאוד עבור ישראל היא המעורבות האיראנית שמתאמצת בימים אלו לדכא את ההפיכה שמובילים המורדים נגד משטר אסד. הצלחה איראנית נוספת במרחב הסורי עשויה לחזק את ההשפעה על המשטר הסורי. כאמור, לאחרונה גברו קולות בקרב מדינות סוניות מתונות שקראו לאסד לצאת מציר הרשע, להתחבר מחדש לליגה הערבית וליהנות מהשקעות שיסייעו לו לשקם את המשטר ואת סוריה.