קרוב לשנה שבית הכנסת שבמושבה מטולה סגור, כך גם בימים אלו שבביתי כנסת ברחבי ישראל נאמרות סליחות. מתפללים לא פוקדים את בית הכנסת הצפוני ביותר בישראל שנבנה בשנת 1896, עם ייסוד המושבה הותיקה. מיקומו נקבע אז בליבה שדל המושבה, בנקודה הגבוהה ביותר שלה.
בית התפילה שברחוב הראשונים, בנוי אבן ועם השנים נוסף לו גג חדש. בית הכנסת הזה הוא פיסת היסטוריה- הוא אוצר בתוכו את סיפורה של המושבה שהיתה ישוב מבודד בקצה ארץ ישראל ומושבה שעמדה תקופות ארוכות בפני אתגרים ביטחוניים;
משמאל לארון הקודש, בין לוחות הזיכרון הרבים, כמה לוחות זיכרון שמנציחים נופלים מאירגון "השומר" ומההרוגים על הגנת תל חי, כפר גלעדי ונקודות יישוב נוספות בגליל העליון. היו אלו מספר ישובים מבודדים ורחוקים ובית הכנסת במטולה היה בית הכסת הקרוב ביותר למקום התרחשות אותם מאורעות. בבית הכנסת מצויינת העובדה ששנים ארוכות היה זה בית הכנסת היחיד מצפון למושבות ראש פינה ויסוד המעלה.
בשנים הארוכות שבהם ישב צה"ל בדרום לבנון, בית הכנסת של מטולה שימש את החיילים בדרכם למוצבים בלבנון ובשובם בשלום חזרה לאדמת ישראל. על אחד הקירות נקבע לוח זיכרון לסגן לירז טיטו שנפל בפברואר 1999 בלבנון, יום אחרי יום הולדתו ה-21. על הלוח תפילת "עלינו לשבח" שהוריו תרמו עוד בחייו לבית הכנסת הצבאי במרג' עיון.
לימים הועתק לוח התפילה לבית הכנסת במטולה והפך לוח זיכרון. בקרב שבו נפל טיטו נהרגו גם רב-סרן איתן בלחסן, מפקד סיירת צנחנים וסגן דוד גרנית, קצין בסיירת. בלחסן בן מושב רמות נפתלי שמשקיף גבול הצפון מרכס הרי נפתלי ושמפונה גם הוא בשנה החולפת.
בבית הכנסת ספר תורה שהכניסו לפני תשעים שנים יהודים מלבנון. ספר תורה נוסף נכתב ב-1905. 15 שנים אחר כך, באחת מהשנים הקשות בתולדות המושבה, נוכח המצב הקשה במטולה, נזכר הרב יצחק ניסנבוים בביקור המרגש שלו במושבה הצפונית. באותו ביקור זכה לקחת חלק בכתיבת ספר תורה. במאורעות תר"פ (1920) הותקפו הישובים המבודדים בגליל. תל-חי נפלה. מטולה הותקפה גם כן ותושביה ברחו צפונה לצידון ומשם הגיעו לחיפה דרך הים. כעבור שמונה חודשים, באוקטובר 1920, שבו למושבה השוממת.
בקיץ 1905 הגיע למטולה הרב יצחק ניסנבוים, מהוגיה הראשונים של הציונות הדתית ולימים עורך שבועון "המזרחי" שיצא לאור בורשה, פולין. נוכח מאורעות תר"פ ועזיבת המושבה החליט ניסנבוים להקדיש מאמר ארוך אודות אותו ביקור שלו במושבות הגליל בשנת 1905.
את המאמר הקדיש ל"מטולה החרבה והשוממה". הוא נזכר איך באותו יום קיץ, כשהתקרב למטולה רכוב על חמור, הגיעו לעברו ארבעה צעירים, רכובים על סוסים ולבושים כמו בידואים. היו אלו איכרים מהמושבה. הוא מתאר איך הגיע לאכסניה של מטולה: "ירדתי מעל החמור בעמל רב וביגיעה נכנסתי אל הבית ובאין כוח לשבת השטתחתי תיכף על הספה", נזכר. הבית נמלא מיד באיכרי מטולה שהגיעו לניסנבוים וביקשו שלא ימהר לעזוב ושיכבד אותם בנוכחותו בערב שלמחרת, שבו יחגגו "חג התחלת כתיבת ספר תורה".
הרב נענה כמובן להזמנה וציין בהתרגשות איך "הידיים, שאחזו לפני שעה באת ועדרו אדמת־הקודש, תפסו עתה בעט ורשמו אות קדושה". למחרת עם עלות השחר יצא חזרה דרומה ופניו לצפת. "מני אז נקשרה נפשי במטולה היפה. ספר התורה שלה היה בעיני לדגלנו התקוע על הגבול הצפוני של ארצנו. באות שכתבתי בספר תורה זה, שפכתי בטיפת הדיו תמצית דמי נשמתי". את המאמר שכתב סיים בנבואה ובתקווה לעתיד מטולה: " עוד נבנך ונבנית, מרגליתנו הצפונית! ישובו בניך לגבולך ובנו חורבותיך".