לאחר האירוע היום (שני) בו פרצו מפגינים וחברי כנסת לבסיס שדה תימן, במחאה על מעצרם של חיילי מילואים החשודים בהתעללות מינית במחבל נוחבה, צה"ל והמשטרה עוצרים את הפריצה של אזרחים לבסיס שדה תימן. דובר צה"ל הוציאו הודעה רשמית מטעמם בה מובאים דברי הרמטכ"ל לתקרית, המוסר כי "אירוע הפריצה לבסיס שדה תימן הוא חמור ביותר ומנוגד לחוק. הפריצה לבסיס צבאי והפרת הסדר במקום הן התנהגות חמורה שאינה מקובלת בשום אופן. אנחנו נמצאים במלחמה, ופעולות מסוג זה מסכנות את ביטחון המדינה. אני מגנה בחריפות את האירוע ואנחנו פועלים להשיב את הסדר בבסיס".
בתוך כך הוסיף ואמר כי "אני נותן גיבוי מלא לפרקליטות הצבאית ולמשטרה הצבאית החוקרת בחקירת כל אירוע המובא לידיעתן. זוהי חובתן, ללא קשר לדרגה או תפקיד. דווקא חקירות אלו הן שמגנות על חיילינו בארץ ובעולם ושומרות על ערכי צה"ל. החקירות האלה מתבצעות תוך שמירה על כבוד חיילינו שאנו מפקדיהם".
החשדות נגד אותם חיילי מילואים החלו כשבמהלך חקירה התברר כי יש עצור פלסטיני שעבר לפי החשד התעללות קשה. חשד זה הועלה לפי הגורמים לאחר שנמצא מדמם במקומות אינטימיים, והעצור סרב להגיש תלונה נגד האחראים.
עוד התברר כי מצ"ח פתחה בחקירה ולאחר כמה פעולות הגיעו לחשד שהיו עשרה חיילים מעורבים באירוע. המשטרה הצבאית החליטה לעכב אותם לחקירה (לא לעצור אותם) לפני שההמון הגיע אל שערי הבסיס, הגיעו החוקרים עם החיילים להסכמה וכולם עוכבו לחקירה, אך במקביל, סרטונים של האירוע הופצו ברשתות החברתיות והמוני אזרחים הגיע אל שערי הבסיס.
לפי גורמים בצבא עם תחילת ההתקהלות סביב שער הבסיס, הוחלט להזעיק למקום כוחות משטרה כדי לפזר את המפגינים. בשלב מסוים, הוקפצו קציני צבא בכירים כדי לנהל את האירוע, אך באותה העת, חרף עיבוי מערך האבטחה בשער הבסיס, הצליחו אזרחים ישראלים להיכנס פנימה תוך כדי שהם מפגינים נגד ההחלטה לעכב לחקירה את החיילים לחקירה.
עוד הבהירו כי האזרחים הישראלים שבאו להפגין העמידו במצב בלתי סביר את חיילי האבטחה של הבסיס שנאלצו להדוף בגופם את הניסיונות לחדור פנימה. בתוך כך הם הדפו את הטענות למחדל אבטחה והבהירו כי מדובר בבסיס שבו יש יחידות שנמצאות במצב מלחמתי וההפגנות הללו העמידו אותם במצב חמור מאוד בו במקום לעסוק במשימה הצבאית נאלצו ללהגן על שער הבסיס בעוד כלל המעוכבים לחקירה כבר הועברו למשרד המשטרה הצבאית מחוץ לבסיס.