בלילה שלפני ניסיון החיסול בחאן יונס התקבל המודיעין על מקום הימצאם של שני המבוקשים הבכירים, מפקד הזרוע הצבאית של חמאס מוחמד דף ומח"ט חאן יונס ראפע סלאמה, שמוגדר כ"בן טיפוחיו של דף" ואחד מאנשי סודו. בבדיקת המודיעין התברר שמדובר בבית שבבעלותו של סלאמה, ואף מופיע ברשומות כשייך לו.
המידע הועבר משב"כ לצה"ל ומהר מאוד שני הארגונים ארגנו את האמצעים הנדרשים לתקיפת מתחם המבנים באזור מוואסי שבדרום עזה, לא הרחק ממתחם אוהלי הפלסטינים העקורים. היחידות השונות אספו שכבות של מידע מודיעיני על המתחם, שממוקם בלב מטע זיתים ומעליו סככה, כדי למנוע מכלי טיס בלתי מאוישים לאסוף מידע על המתרחש בו. גורמי ביטחון אמרו, כי הטעות של דף וסלאמה היתה גם בבחירת סוג מקום המסתור, שנראה כתמים, וככזה שיכול לאפשר לצה"ל תמרון קרקעי, אלא גם בכך שחשבו שצה"ל ושב"כ לא רק שלא יחשפו את המקום, אלא לא יעזו לתקוף אותו בחימושים כבדים, בגלל הקרבה לאוהלי העקורים.
גורמי ביטחון טוענים שהשילוב בין הארגונים הביא לדיוק במודיעין שהוגדר כאיכותי מאוד, ולסגירת מעגל אש על ידי חיל האוויר בשעה 10:29. עוד העריכו הגורמים כי הרס המנהרות מונע מבכירי המבוקשים לנוע מתחת לקרקע, והיקף ההתקפות האוויריות והתמרון היבשתי גורם להם לבצע "טעויות קריטיות".
בתוך כך, בחודש האחרון החמאס פועל בשיטתיות לפרסם טענות שקריות שצה"ל פועל באזור מחסות העקורים, והורג אזרחים בלתי מעורבים. בצה"ל הכחישו את הטענות, שהגיעו לשיא ביום שבת לאחר הסיכול הממוקד, ולכן דובר צה"ל נאלץ לקחת אחריות על התקיפה, להבהיר מי היה על הכוונת, ומי שהה במתחם, כולל מתן דגש שלא היו חטופים במתחם.