בשנת 1995 מינתה הממשלה ועדת חקירה ממלכתית בראשות שופט בית המשפט העליון יהודה כהן לעניין פרשת היעלמותם של ילדים מבין עולי תימן בשנים 1954-1948. בשנת 1999, במהלך עבודת הוועדה, מונה לעמוד בראשה שופט בית המשפט העליון יעקב קדמי (ועדת כהן-קדמי). בשנת 2001 הגישה הוועדה דוח ובו ממצאיה. בדוח נכתב כי לנוכח טענות שעלו על היעלמות של תינוקות, הציפייה מן הוועדה הייתה שהיא תקבע מה היה ההיקף של תופעת ההיעלמות, מה היו הסיבות להיווצרותה, ומי נושא באחריות להתרחשותה. בנובמבר 2016 החליטה הממשלה להתיר את פרסומם של חומרי ועדת כהן-קדמי.
בינואר 2023 פנה "פורום אחַיי למען משפחות ילדי תימן, מזרח והבלקן החטופים" (פורום אחיי) למשרד מבקר המדינה בבקשה לברר טענה הנוגעת לחומר ארכיוני של ועדת כהן-קדמי שהופקד בארכיון המדינה. בפנייה נטען כי החל משנת 2020 פנה הפורום לארכיון המדינה בדרישה לקבל בין השאר מחשב של הוועדה שהופקד בארכיון עם החומר האגור בו, אך הארכיון השיב כי "המחשב לא אותר". משרד מבקר המדינה בירר את הנושא בארכיון המדינה.
ועדת כהן-קדמי הפקידה בארכיון המדינה מחשב ובו רשומות אלקטרוניות של הוועדה, אך המבקר מצא שהמחשב אבד בארכיון. מסיבות שאינן ברורות הארכיון לא שמר את תוכן המחשב לאחר שהוא הופקד בו. עקב כך 22 שנים לאחר שהמחשב הופקד בארכיון, יש חשש כי מסמכים ונתונים של הוועדה אשר נשמרו במחשב אבדו עימו, ולא יפורסמו לציבור, כנדרש על פי החלטת הממשלה מנובמבר 2016.
בביקורת עלה כי לאחר שהמחשב של ועדת כהן-קדמי הופקד בארכיון המדינה, הוא הושאל לאחד מעובדי הארכיון, בלי שמולאו בטופס פרטים, כגון תאריך ההשאלה, אשר מאפשרים להתחקות אחר המחשב, ולא הוחזר מעולם. עוד עלה כי ככל הנראה עובדי הארכיון לא הבחינו שהמחשב נעלם, עד לקבלת בקשת "פורום אחיי" לעיין בו. משהתקבלה הבקשה, השיב הארכיון כי אינו מצליח לאתר את המחשב.
בסיור של נציגי משרד מבקר המדינה בבניין של ארכיון המדינה נמצא בבניין חומר ארכיוני אורקולי של ועדת כהן-קדמי במְכל פתוח על שולחן במסדרון, ולא במתקן גניזה כנדרש על פי נוהלי הארכיון. עוד נמצא כי 138 תיקי גניזה אשר הושאלו לעובדי הארכיון שכבר אינם עובדים בו, לא הוחזרו.
ארכיון המדינה לא השלים את קביעת הכללים למסירת חומר ארכיוני לעובדי הארכיון באופן שיבטיח כי חומרים יוחזרו למקומם. כך, למשל, הארכיון לא התקין התרעה ממוחשבת בדבר חומר שלא הוחזר במועד שנקבע לכך.
המבקר אנגלמן ממליץ לארכיון המדינה להפיק לקחים מאובדן המחשב, לפעול לאיתור כלל החומר הארכיוני שהושאל, להשיבו למתקני הגניזה ולוודא שהחומר יישמר בהם היטב. כמו כן, על הארכיון להשלים את גיבוש הכללים להשאלה ולהחזרה של חומר ארכיוני וכן להפקדת מחשבים, ולפעול בהתאם להם.
מארכיון המדינה נמסר בתגובה כי "ככלל, ארכיון המדינה אינו מקבל להפקדה מחשבים פיזיים ממוסדות המדינה, אלא את המידע שנמצא בתוכם. האירוע הנדון מתייחס למקרה יחידי שקרה לפני יותר מ-20 שנה. אך יש להדגיש, ממידע שהועבר לארכיון המדינה - כל החומר שנכתב במחשב ועדת החקירה הודפס והופקד בארכיון, והחומר הניירי שמור בארכיון ואף מונגש לציבור".
לפי תגובת הארכיון, בתקופת השאלת המחשב האבוד נוהלו ההשאלות בעזרת טפסים ידניים. "כיום", לשון התגובה, "הארכיון מקיים מעקב אחר השאלה והחזרת החומרים הארכיונים באופן דיגיטלי. נוסף על כך, מאז האירוע גיבש הארכיון נהלים חדשים לשם מניעת הישנות המקרה".