גורמים במערכת הביטחון מתחו ביקורת על הצבא בכלל ועל הרמטכ"ל, רא"ל הרצי הלוי, בפרט - בנוגע להיערכות הצבא לאחר חיסול בכיר משמרות המהפכה חסן מהדוי בדמשק - כך נודע אמש (ראשון) לוואלה. למרות שישראל לא נטלה אחריות רשמית, מיד לאחר הפגיעה במהדוי החלה הצמרת באיראן לסמן את מערכת הביטחון הישראלית כעומדת מאחורי הפעולה. בשלב זה, כך סבורים גורמי הביטחון, היה על רא"ל הלוי להעריך בסבירות גבוהה שטהרן תבחר לכוון את האש לישראל - וזאת למרות שלא נטלה אחריות.
לפי אותם גורמים, היה מצופה מהרמטכ"ל להפנים כי ללא קשר לזהות האחראי, האיראנים לא יוכלו להבליג על פגיעה בגורם כה בכיר - ויתרה מזאת, על פעולה שאירעה במתחם השגרירות האיראנית בדמשק, כלומר בשטח ריבוני של הרפובליקה האסלאמית.
רא"ל הלוי, מוסיפים במערכת הביטחון, היה צריך לצפות שמות מהדוי יגרור אחריו מתקפה איראנית בקנה מידה היסטורי על העורף הישראלי, ולהכין את צה"ל בהתאם. תיאורטית, כך אומרים הגורמים, אם במערכת הביטחון היו סבורים שטהרן תגיב בעוצמה על חיסול שכזה, ייתכן שהדבר היה משפיע על מכלול השיקולים של מערכת הביטחון ומשפיע על עצם הנכונות לאשר את הפעולה.
הגורמים הצביעו על הערכת החסר של הרמטכ"ל את התהליך שצפוי להתפתח לאחר הסיכול של הבכיר. גורם רשמי ומוסמך אמר לוואלה כי הרמטכ"ל העריך שתהיה תגובה איראנית לפגיעה במהדוי, אך שהסבירות לכך נמוכה.
בתוך כך, הדעות במערכת הביטחון חלוקות בכל הקשור למתקפה האיראנית הרחבה בקנה מידה היסטורי על העורף הישראלי - ולכן יש גורמים במערכת הביטחון שטוענים שאסור להתבשם מהישגי ההגנה של מערכות ההגנה האקטיביות בשיתוף צבא ארה"ב וצבאות זרים נוספים.
אחד הגורמים אמר כי מדובר בתהליך חמור מאוד בדגש על היקף הפריטים ששוגרו לעבר ישראל ועצם העובדה שההתקפה בוצעה ישירות מאיראן. עוד אמר הגורם שאיראן כבר איננה מסתתרת מאחורי שליחים אלא מבצעת את התקיפות בעצמה.
בנוסף לכך, יש לא מעט תרעומת בתוך המערכת הצבאית לכך שמערכים שלמים, אגפים וזרועות שנושאים בנטל מורכב וקשה. למשל, אגף הטכנולוגיה והלוגיסטיקה שנדרש היה לפזר יכולות צבאיות לקראת התקיפה ולסייע ליחידות חיל האוויר בלוחות זמנים קצרים חרף עומסי המלחמה כדי לעמוד ברציפות תפקודית - לא קיבל את הקרדיט ודברי השבח.