בסביבתו של הרב הראשי יצחק יוסף אמרו הבוקר (ראשון) כי עמדתו היא ש"מי שלא לומד תורה שיתגייס לצה"ל", כך לאחר דבריו שנאמרו אמש בשיעורו השבועי, לפיהם, "אם יכריחו אותנו ללכת לצבא, ניסע לחו"ל", כלשונו. לדברי גורמים בסביבת הרב, "כוונתו הייתה רק למי שיושב ולומד תורה, שיוכל להמשיך לשבת וללמוד כי זה מה שמגן ומציל את עם ישראל. הרב לא חוזר בו מדבריו, אסור לפגוע בלומדי התורה בארץ ישראל. כל מי שרוצה להמשיך ללמוד - צריך לאפשר לו זאת".
אמש, בשיעורו השבועי, אמר הרב הראשי: "מה היינו עושים בלי עולם הישיבות והכוללים? הם מחזיקים את העולם. כשהלכתי לחיל האוויר, חיל הים - לא פחדתי. אמרתי את הדברים בצורה ברורה - בלי לימוד התורה, אתם לא תצליחו. והם שותקים. אף אחד לא אמר לי בזכות הטייסים, הפצצות או המטוסים". הוא המשיך, "אם יכריחו אותנו ללכת לצבא - נסע כולנו לחו"ל. נקנה כרטיסים, אין דבר כזה. על זה עומדת המדינה. החילונים צריכים להבין שבלי התורה - לא הייתה הצלחה לצבא. ראינו איך הצבא הצליח ב-7 באוקטובר. הם (החיילים) הם רק מסייעים, הם השליחים. צריך להיות חזקים נגד ההסתה".
דברי הרב הראשי עוררו סערה גדולה וגררו ביקורת חריפה מצד רבים אך עד כה לא ניתנה התייחסות רשמית לדבריו מצד ראש הממשלה בנימין נתניהו או מטעם מפלגת הליכוד. ראש האופוזיציה יאיר לפיד כתב: "דברי הרב יוסף הם חרפה ועלבון ללוחמי צה"ל המחרפים נפשם להגנת המדינה. הרב יוסף הוא עובד מדינה, עם משכורת מהמדינה, הוא לא יכול לאיים על המדינה. מי שישתמט מצה"ל, לא יקבל אגורה ממדינת ישראל".
סיעת ש"ס בחרה שלא להגיב לדברי הרב, אף לתקוף את לפיד: "של נעלך לפני שאתה מדבר בזלזול כלפי הרב הראשי, אשר השמיע דעה ברורה ונחרצת על זכותם העצומה של לומדי התורה המגינים על הארץ. מי שעודד בשתיקה סרבנות של ארגונים שהתנגדו לרפורמה המשפטית שלא יטיף לנו מוסר".
ראש האופזיציה השיב: "אין דבר כזה 'לעודד בשתיקה'. אני מתנגד לסרבנות, אני מתנגד להשתמטות, אני מתנגד לאיומים של עזיבת הארץ. אפשר לחזור לדבר העיקרי? הדבר העיקרי הוא שאם 66 אלף צעירים חרדים יתגייסו צה"ל יקבל 105 גדודים חדשים שדרושים לבטחון ישראל".
מפלגת דגל התורה בחרה לגבות את הרב הראשי: "הראשל"צ הרב יצחק יוסף - צודק. אין לנו זכות קיום חס וחלילה כעם, על ארץ ישראל, ללא לומדי התורה שתורתם אומנותם. זאת התורה ואלה לומדיה שהחזיקה אותנו באלפי שנות גלות וצרות רבות שסבלנו, וברוך השם שרדנו וחזרנו לארצנו".
גם סיעות הקואליציה בחרו להגיב לדברים. מפלגת הציונות הדתית מסרה: "גיוס לצבא זה מצווה גדולה. ציבור שמוכן לשלם בחייו על ארץ ישראל לא יוותר עליה בשום תנאי". מפלגת עוצמה יהודית שחררה ביקורת בטון דומה: "בצבא דוד המלך היו תלמידי חכמים. לעולם לא נעזוב את ארצנו הקדושה". ח"כ מתן כהנא מהמחנה הממלכתי אף הציע הצעה מעניינת לפיה: "הרבנים הראשיים הבאים יהיו מהציבור הדתי לאומי. בעדיפות כאלה ששירתו שירות משמעותי בצה"ל".