מפקדת החטופים בפיקוד העורף, שתפקידה לדאוג לסיוע ומעטפת לחטופים ובני משפחותיהם - תיסגר מחר באופן רשמי ותעבור לידי משרד ראש הממשלה בראשון הקרוב. בסוף תהליך ההקמה הארוך, וחודשיים אחרי המועד המתוכנן, שנדחה בעקבות הפרסום בוואלה! - 13 מילואימניקים יעברו לתפקידים במנהלת החדשה, יחד עם עשרות בעלי תפקידים נוספים שגויסו בשבועות האחרונים.
במידה ותיחתם עסקת חטופים, במפקדת השליטה החדשה נערכים עם אנשי מילואים נוספים מהמפקדה שיתגייסו לסייע בשיבה הביתה.
מפקדת השליטה קמה בשבוע הראשון למלחמה כחלק מהגופים שהקים גל הירש, הממונה על השבויים והנעדרים דאז (והיום יועץ רה"מ לענייני שבויים ונעדרים) כדי לספק מענה מקיף למשפחות השבויים והנעדרים, ובהמשך גם לחוזרים הביתה. כיום בראש המנהלת עומד ירון כהן, שהיה אמון על תמונת המצב בימים הראשונים של המלחמה.