בג"ץ קבע היום (רביעי) על חודו של קול, 6 מתוך 11 שופטים, כי חוק הנבצרות יידחה ולא יחול בכנסת הנוכחית בשל היותו "תיקון פרסונלי מובהק שמהווה שימוש לרעה של הכנסת בסמכותה המכוננת". בפסק הדין נקבע בדעת רוב כי הכנסת עשתה שימוש לרעה בסמכותה המכוננת, מאחר שהחלתו המיידית של התיקון היא פרסונלית ולא כללית. מרבית שופטי הרוב קבעו כי חקיקת התיקון נועדה לשרת את קידום האינטרסים האישיים של ראש הממשלה והסרת המגבלות המשפטיות שחלו עליו, בשים לב להליך הפלילי המתנהל נגדו.
עוד נכתב בפסק הדין כי ניתן להבין שמטרת החוק פרסונלית בשל דברי חברי הכנסת במהלך הליך החקיקה. "על תכלית זו ניתן ללמוד, בין היתר, מאמירותיהם המפורשות של חברי הכנסת בהליך חקיקת התיקון; מכך שהתיקון הונח על שולחן הכנסת מיד לאחר שהוגשו עתירות בעניין נבצרותו של ראש הממשלה וחקיקתו הסתיימה זמן קצר לפני מועד הגשת התגובה לעתירות אלה; מתחולתו המידית של התיקון; ומדבריו המפורשים של ראש הממשלה זמן קצר לאחר שאושר התיקון בכנסת".
השופט נועם סולברג, תמך בדחיית העתירה בדעת מיעוט, וטען כי ניתן לדחות את החוק בדרכים אחרות שהם לא דרך בית המשפט. "מדוע לפסוע במסלול החוקתי, להפעיל את 'נשק יום-הדין', ולהכריז על דחיית תחולתו של חוק-היסוד מנימוקים חוקתיים, סעד השקול לביטולו, שעה שניתן להגיע לתוצאה זהה במסלול הפרשני?", כתב השופט סולברג. "נמצאנו מבטלים הלכה למעשה חוק-יסוד, על חודו של קול, שעה שגם לשיטת הרוב ניתן להגיע לאותה תוצאה בדרך של פרשנות. זאת, בניגוד להלכה הפסוקה המוסכמת על השופטים כולם".
הנשיאה בדימוס, אסתר חיות, תמכה בדחיית כניסתו לתוקף של התיקון לחוק הנבצרות משום שראתה בו מענה לסיכון קונקרטי על ראש הממשלה בנימין נתניהו, מה שהופך את החוק לפרסונלי. "בחינת מכלול הנסיבות מעידה כמאה עדים על כך שהתכלית העיקרית אשר לשמה נחקק התיקון, בראייה צופה פני עתיד, היא מתן מענה לסיכון משפטי קונקרטי שאיים - לתפיסת מחוקקי התיקון - על ראש הממשלה המכהן", כתבה. "מקום שבו הרוב הפוליטי ברשות המכוננת מתגייס לתקן חוק יסוד לצורך מתן מענה נקודתי לעניינו של אדם ספציפי, טמונה בכך חומרה מיוחדת והדברים יפים מקל וחומר בהינתן העובדה שאותו אדם מכהן כראש הממשלה".
השופט יצחק עמית, מי שאמור להיות נשיא העליון הבא על פי שיטת הסניוריטי, תמך בדחיית כניסתו לתוקף של חוק הנבצרות וטען לדבריו כי הוא "טבול בפרסונליות מכף רגל ועד ראש". בפסיקתו, עמית כתב כי "במקרה דנן, התיקון לחוק היסוד לא נחקק מאחורי 'מסך בערות', הן במניע והן בתכלית: למנוע את הדיון בעתירות הנבצרות ולאפשר לראש הממשלה לעסוק בענייני "הרפורמה המשפטית" ללא חשש להכרזת נבצרות". עמית פירט על האינדיקציות שמעידות על תכלית התיקון כפרסונלי: "העיתוי שבו שונה הסדר נבצרות שעמד על מכונו כיובל שנים, על רקע הגשת עתירות בנדון; המסלול המהיר והמיוחד שבו קודם התיקון; תחולתו המיידית של התיקון ותוצאתו האופרטיבית בדמות מחיקת העתירות והסרת החשש מפני הכרזת נבצרות; כוונת המכוננים; ונאום ראש הממשלה".
השופט יוסף אלרון, שהכריז על מועמדתו לתפקיד נשיא בית המשפט העליון, היה שותף לדעת המיעוט בנוסף לשופט סולברג ותמך בדחיית העתירות. "אין לי אלא להצטרף לקריאה לכינונו של חוק יסוד: החקיקה. אולם, עד שזה יכונן, שומה עלינו לנהוג בריסון ואיפוק מתוך הכרה במגבלות סמכויותינו. כשלעצמי, איני מוכן לוותר על התקווה שאזרחי מדינת ישראל, באמצעות נבחריהם, יעצבו בכנסת חוקה ראויה שבה נוכל להתגאות בלב שלם ואשר תשקף באופן הולם את כלל חלקי החברה הישראלית; עליהם מוטלת המלאכה - ולא על בית משפט זה".