חרף היקף החיסולים הגדול של שדרת הפיקוד בזרוע הצבאית של חמאס, בהם שני מפקדי חטיבות, מספר דו ספרתי של מפקדי גדודים, ומספר תלת ספרתי של מפקדי פלוגות, מתפתחת תחושת חמיצות בציבור הישראלי. עבורו, תמונת הניצחון האמתית היא חיסולם של ראשי חמאס, בהם מנהיג חמאס ברצועה יחיא סינוואר, אחיו ויד ימינו מוחמד, ראש הזרוע הביצועית מרואן עיסא, ומוחמד דף הוגה הטבח הנורא ב-7 באוקטובר.
חמאס נערך היטב לשלול את האפשרות הזו. לאורך השנה, עקב המודיעין הישראלי אחר שגרת חייהם של יעדי חמאס, וכשברגע האמת יוכל לדעת היכן הם נמצאים ומהן דירות המסתור שלהם. אך בבבוקר ה-7 באוקטובר, עם מטחי הרקטות הכבדים ואלפי המחבלים פשטו על העורף הישראלי, רוב בכירי ארגון הטרור כבר נמלטו לבונקרים תת-קרקעיים, והמתינו לבאות. בכך, הם מנעו מכוחות הביטחון הישראליים לבצע סיכולים ממוקדים כבר בשלב הראשון של הלחימה.
עם זאת, חיסולים רבים התאפשרו במהלך הפעילות ברצועה בעקבות ידיעות מודיעיניות שמתקבלות בזמן אמת, ומסייעות להגיע לבכירים בדרגות שונות. היו גם כאלו שנהרגו במקרה, כי שהו לצד בכירים אחרים שחוסלו או תשתיות שנהרסו. גם במציאות המורכבת של המלחמה, כשרבים ממקורות המודיעין ברצועה נסו על נפשם לאזורים בטוחים בדרום הרצועה, נחשפו או נהרגו, הצליחו במודיעין הישראלי לייצר ולמצות ידיעות משמעותיות. אך ככל שצה"ל ממשיך לחסל ממלאי מקום, ושדרת הפיקוד בארגון הטרור מצטמקת - היקף הזדמנויות החיסול גם הוא מצטמצם.
המבוקשים הבכירים בחמאס הקיפו את עצמם מראשית המלחמה ב"מגן אנושי": בני משפחה, אזרחים תמימים ובחלק מהמקרים גם חטופים ישראלים. בשדרת הפיקוד של צה"ל בוחנים את המודיעין שמתקבל, לעיתים ברמה חלקית, ומכריעים אם לפתוח במבצע חיסול, תוך התחשבות בחשיבותו של היעד, והיקף האזרחים הפלסטינים והחטופים הישראלים לצידו. גורמים במערכת הביטחון מעריכים כי סינוואר ואחיו דאגו שהחטופים יראו את פניהם כדי להעצים את ההתלבטות של מקבלי ההחלטות בישראל לפני תקיפה.
על פי ההערכות, במקרים מסוימים קיבלו בכירים בצה"ל, בהם הרמטכ"ל הרצי הלוי, החלטות מורכבות על אזרחים פלסטינים שייהרגו לצד הבכיר. בעקבות, מדגישים הבכירים, הצליחו בצה"ל לגרום לכמה יעדי חיסול לצאת ממחבואם אל רחובות עזה - שם הופצצו בטילים. במקרים אחרים, הם הותקפו במקום מחבואם מתחת לאדמה, ורק כשגופותיהם נגלו תחת עיי ההריסות, יצאה הודעה רשמית על חיסולם.
בין קהילת המודיעין הישראלית לחמאס התפתחה "מלחמת מוחות", כשארגון הטרור החל לתחקר את עצמו תוך כדי לחימה, וללמוד את דפוסי הפעולה של צה"ל ושב"כ על מנת להסתתר טוב יותר. בשל כך ניתן להעריך כי מרבית המבוקשים הבכירים בהנהגה המדינית והצבאית של חמאס נמצאים בנקודות גיאוגרפיות סודיות שלא נחשפו עד כה, כשחלקם מקיפים את עצמם בחטופים ואזרחים רבים.
65 מיליון קבצים וחצי מיליון מסמכים שנאספו על ידי כוחות צה"ל ממשרדי החמאס, מהמחנות, מהמוצבים ומהציוד האישי של המחבלים במהלך התמרון הקרקעי ברצועת עזה, הועברו ליחידת איסוף מודיעין ושלל טכני (אמש"ט), ויצרו כבר בראשית המלחמה סקרנות גדולה מאוד בקרב גורמי מודיעין. אנשי אמ"ן, שב"כ והמוסד, שהגיעו לביקורים תכופים כדי לראות את "האוצרות המודיעיניים".
"תחשוב שלא מעט גורמים פעלו מסביב לשעון במשך שנים להבין את הצד השני, ופתאום יש ערימות של מסמכים שיכולים לשפוך לך אור על זה. ברור שזה מסקרן", אמר קצין מילואים שנחשף להיקף החומרים העצום, "אבל מהר מאוד הסקרנות התחלפה בתסכול עצום. פתאום הם גילו כמה הם לא ידעו. איך החמאס הצליח להונות אותם. זו סיטואציה לא פשוטה". בתוך כך, התגלעה ביקורת נוקבת נגד קהילת המודיעין הישראלית שזנחה את עולם המודיעין האנושי ("יומינט") ברמה של "מחדל היסטורי".
כעת ניתן להעריך שבפני צה"ל עומדות שתי ברירות עיקריות: האחת היא להגיע אל פתחי המערכת התת-קרקעית שחפר חמאס, ולצור על כל פתחיה לאורך זמן על מנת להתיש את המחבלים שבתוכה. לאחר מכן, לפתוח במבצע חילוץ היסטורי, ולחדור למנהרות תוך סיכון חיי של הלוחמים והחטופים.
האפשרות השנייה היא להביא את סינוואר לסיטואציה שבה הוא מבין שהחרב כבר מונחת על צווארו, וזה
רק עניין של זמן עד שישראל תגיע גם למרחב בו הוא מסתתר. אז, יוכלו בישראל לפתוח במשא ומתן ולהציע לראש חמאס ברצועה הצעה שיתקשה לסרב לה.
הבחירה הקשה בין שתי האפשרויות - עוד עומדת לפתחו של הדרג המדיני.