חקירות פעילי חמאס ששבויים בישראל והמסמכים שהותירו חוליות הנוח'בה במתקפה הרצחנית בעורף, מעידים על עומק הפער בתחום אבטחת המידע והאופן בו תפסה מערכת הביטחון את האיום הפלסטיני מיהודה ושומרון ורצועת עזה.
טרם 7 באוקטובר, הזרוע הצבאית של חמאס ניהלה מלאכת איסוף מודיעין על הנעשה בעורף הישראלי האזרחי והביטחוני, כולל מערכת מידע קפדנית שידעה להנפיק חוברות למידה, מסמכים ומפות. אלה, סייעו לפעילי הנוח'בה לדעת היכן ממוקמות נקודות התורפה של היישובים, המוצבים והבסיסים בשלבי הפשיטה, וכיצד נראה המתחם כולל פירוט של מבנים ויעדים לפעולה.
בשלב זה גורמים במערכת הביטחון לא יודעים להסביר את היקף הדלף של המידע הסודי שהתגלה בידי חמאס באמצעות איתור מסמכים ואמצעים אלקטרונים עמוסי מידע על ישראל, ומה היה מקור הדלף העיקרי. גורמים בתוך מערכת הביטחון טוענים כי נדרש שינוי קיצוני בסדר העדיפויות בתחום אבטחת המידע, הביטחון בתוך הבסיסים, וקוראים כבר בשלב זה להגביר פיקוח ואכיפה על כל מה שנעשה לגבי כניסת אזרחים לשטחי בסיסים.
גורמי צבא סיפרו, כי בבניית השלבים החדשים באחד מבסיסי אמ"ן בנגב, כמו בסיסים נוספים של צה"ל באזור הדרום, קיבלו קבלנים אישור להעסיק בני מיעוטים שלא שירתו בצה"ל באתרי הבנייה, בהם פלסטינים. יצוין, כי בשלב זה ולפי הנחיית הדרג המדיני אין כניסת פועלים פלסטינים מעזה ומיהודה ושומרון לעבודה בישראל.
הטענות הועברו לדובר צה"ל ומשרד הביטחון והם אף נשאלו האם צה"ל מתכוון לשנות את הנהלים ומסלול האישורים. מדובר צה"ל נמסר: העסקת עובדי קבלן בעבודות בצה"ל, מתבצעת על פי מדיניות צה"ל באמצעות משרד הביטחון ובכפוף להנחיות ביטחון הנקבעות בהתאם לסיווג ורגישות העבודה. מתבצע פיקוח הדוק אודות העסקת עובדי קבלן בסיווג המותאם במרחבי העבודה השונים. גורם צבאי מוסמך הוסיף, "עובדי קבלן אשר אינם אזרחי ישראל מועסקים בהתאם, בסביבה בלתי מסווגת בלבד".