בבוקר ה-7 באוקטובר, שבע סירות של כוח הקומנדו הימי של חמאס,הפליגו מחופי צפון רצועת עזה לעבר ישראל. רק 48 שעות לאחר מכן, נתפסו אחרוני המחבלים שחדרו לישראל בפשיטה ימית זו. בחיל הים מודים כי לא היו ערוכים לאירוע בסדר גודל זה. "נערכנו לאירועים של סירה בודדת, שעליה מחבל או שניים"
תחקיר חיל הים על אירועי השבת השחורה מראה כי באותו הבוקר חדרו לישראל שש סירות גומי וסירת דיג אחת, כשעל גבי כל אחת מהן בין חמישה לשמונה מחבלים. הסירות הפליגו במהירות של 60-70 קמ"ש, במרחק של 200 מטרים מהחוף כדי להקשות על מפעילת המכ"ם של חיל הים בחוף לזהות את פעולה החדירה .שיטת התחבולה של הקומנדו הימי של חמאס היוותה אתגר משמעותי מאוד עבור כוחות חיל הים, שהתקשו לזהות את תחילת ההתקפה על חופי ישראל.
עם תחילת הטבח, פתחו המחבלים באש מהסירות שלהם על הדבורות והסטי"ל של צה"ל אך לא הצליחו לפגוע. לוחמי חיל הים השיבו באש והצליחו לפגוע בחמש סירות. המחבלים שניצלו, הותקפו על ידי כוח של יחידת סנפיר שהשליך לעברם מטעני עומק, ירה מטווח קצר והרג אותם. מתוך שבע הסירות, רק שתיים הצליחו להגיע לחוף. בקבוצה אחת של מחבלים הצליחו כוחות צה"ל לפגוע ולהרוג, אך מחבלים על גבי סירה אחרת הצליחו לברוח ולרוץ לעבר קיבוץ זיקים תוך כדי שהם יורים לכל עבר והורגים אזרחים.
עם התקדמותם של המחבלים לעבר זיקים, עדכנה בקרית השליטה הימית את רבש"ץ הקיבוץ בפרטים, והוא הקפיץ את כיתת הכוננות. היתת הכוננות הצליחה להרוג שלושה מחבלים. חמישה מחבלים נוספים הצליחו לברוח אל החוף בעודם הורגים אזרחים נוספים. רק לאחר כ-48 שעות, אותרו אחרוני המחבלים וחוסלו בחוף על ידי שייטת 13 ויחידת מגלן.
כאמור, בחיל הים מאשרים כי לא נערכו לתרחיש מסוג זה באופן כללי לאורך כל ימות השנה, גם לא לקראת חג שמח תורה. בחיל נמסר כי לה היו מוכנים להתקפה רחבה כמו ב-7 באוקטובר, והתאמנו לתרחישי פיגוע חבלני עוין שכולל סירה בודדת על גביה מחבל או שניים, ירי על הגבול, או מספר צוללנים בודדים.
אחד הכשלים המרכזיים של חיל הים היה באיסוף המודיעין כל הכוח הימי של חמאס. מפקד הכוח הימי של הארגון הביא עמו לתפקיד משמעת גבוהה מאוד בנושא מידור על פעילות, בניין כוח, ותוכניות, באופן שאתגר מאוד את מספן מודיעין. בחיל הים אישרו שלא הכירו את כל אמצעי הלחימה שאותרו במהלך התמרון, וגם לא את כל המנהרות שנבנו מהשטח הבנוי עד לקרבת החוף באמצעותן הגיעו המחבלים אל הים. עיקר המודיעין, התגלה לאחר מכן מהשבויים ומהמסמכים והמודיעין שנאסף תוך כדי המלחמה.
עוד אישרו בחיל הים כי טרם אירועי השבת הנוראיים, עדכן מפקד אוגדת עזה תא"ל אבי רוזנפלד את מפקד בסיס חיל הים אשדוד אל"מ איתן פ כי ייתכן ויתרחש אימון של חמאס. אולם, אל"מ פז לא עדכן את מפקד חיל הים האלוף דוד סלמה בנושא. עוד מסר החיל כי לא התקבלה כל התרעה על כוונה לבצע פיגוע או מודיעין שמזכיר פעולת התקפה על ישראל.
עוד הוסיפו ואישרו בחיל הים כי מפקד החיל סלמה לא השתתף בשיחה בין הרמטכ"ל, ראש אמ"ץ ומפקד פיקוד הדרום לפנות בוקר שדנה מודיעין שהתגלה לפני פרוץ המלחמה. סלמה לא עודכן במודיעין, לא שותף במודיעין שהתגלה על ידי אמ"ן והשב"כ לפני פרוץ המלחמה, והופתע כמו כל עם ישראל בשעה 06:29 על רקע מטחי הרקטות והחדירות.
בפתח התקפת חמאס על עורף המדינה, פוצצו ההמחבלים את הגדר וחדרו דרכה. כוחות חיל הים זיהו את החדיר, כיוונו כלי טיס לא מאויש מסוג זיק שתקף את המחבלים והרג את רובם. לאחר מכן, הגיע אל אזור הגדר טרקטור שנגנב מהשטח הישראלי ועל גביו גופות אזרחים ישראלים. חיל הים תקף אותו, הרג את המחבל שנהג בו, וסיכל את החטיפה של הגופות.
כוחות חיל הים הוקפצו באותו הבוקר גם לאזור אוגדת עזה. תוך זמן קצר היו הלוחמים הסדירים בים בדרכם לחופי עזה בכדי לסייע על הגנתם. רק בשעה 09:00 הוקפצו כוחות מילואים, שבשעה 14:00 היו כבר בים או בכבישים דרומה בדרכם למשימות. עד שעות הערב, היו לוחמי החיל בארבעה עד חמישה אתרים שונים, כולל הישובים חולית וסופה.
במהלך הלחימה, הצליחו כוחות חיל הים לאתר כלי שיט תת מימיים נשלטים מרחוק או באמצעות gps עם ראשי נפץ של עשרות ק"ג שהיו מוכנים להפעלה נגד כלי שיט. עוד אותר בלב עזה טנדר של כוחות הנוח'בה עליו כתמי דם גדולים של ישראלים שנחטפו. הערכה בצה"ל כי יש לחמאס עוד כלים תת מימיים בהפעלה מרחוק.
החיל מסר לוואלה כי תוך כדי הלחימה, הכריז על מבצעיות של כלי שיט חדש. צה"ל הכריז כי ספינת טילים מסוג סער 6 החלה לפעול בלחימה.
בתוך כך, התייחס החיל לאיומים המתפתחים בים האדום, ים סוף וחופי אילת. בצה"ל טוענים כי מדובר בבעיה בינלאומית, המטופלת על ידי כוחות בנילאומית. אולם התברר כי חיל הים העביר ספינת טילים לאילת כדי לסייע להגנה על שטח מדינת ישראל.