האתגרים של מערכת הביטחון בתמרון הקרקעי ברצועת עזה קרובים להגיע לשיאם בעוד כשבועיים, עם התקדמות הכוחות בתוך העיר חאן יונס.
לפי גורם ביטחוני בכיר, הסיטואציה האזרחית שנוצרה בעזה קשה וייקח בין שלוש לארבע שנים לייצב את רצועת עזה. על פי ההערכות, כמיליון פלסטינים לא יוכלו לחזור לבתיהם בתום המלחמה. 1.4 מיליון פלסטינים נמצאים בשלב זה בדרום רצועת עזה, לאחר שעזבו את בתיהם בצפון ומרכז הרצועה. לפי הערכות במערכת הביטחון, הפלסטינים הללו יידרשו ללון עם משפחותיהם במקומות ארעיים, לאחר שבזמן הלחימה מאות אלפי בתים הפכו לא ראויים למגורים.
אחרי 60 יום מתחילת הלחימה, המצב ההומניטארי מוגדר כ"רגיש" והוא תחת סכנה לעבור למצב "משברי" בגלל החורף. בשילוב המצוקות הקיימות, קיים חשש למגפות ומחלות. לפי הגורם הביטחוני הבכיר, אחד המאמצים הוא להבין את תמונת המצב בשטח ולדייק את המענה של ארגוני הסיוע הבינלאומיים, שחלקם כבר נמצא ברצועת עזה. אך האתגרים רק הולכים וגדלים.
האתגר הגדול הוא התמרון בחאן יונס - אזור צפוף עם כמות אזרחים גדולה שמקשה מאוד על תפקוד המערכות האזרחיות לאספקת מים, מזון ומערכת בריאות. חלק מהתושבים ישנים במסדרונות בית החולים בחאן יונס, כשבצפון הרצועה כמעט ולא קיימת מערכת בריאות.
אתגר נוסף הוא באזור רפיח והקרבה לגבול מצרים. לפי גורם ביטחוני בכיר, היקף הפלסטינים באזור, יותר מ-1.4 מיליון, לא מרגיע את המצרים. החשש הוא שהפלסטינים יפרצו את הגדר ויעברו למצרים. כמו כן, בצה"ל נערכים לתרחיש נוסף לקראת היום שאחרי המלחמה, עם התגברות הלחץ בתוך רצועת עזה וקריסת התשתיות, שייתכן ופלסטינים יסתערו על הגדר בגבול הישראלי.
אחת ממטרות המלחמה היא שלילת יכולות צבאיות ושלטונית של חמאס. לפי הערכות במערכת הביטחון, בצפון רצועת עזה יש אובדן שליטה. מי שמחזיק כרגע את החוק והסדר בדרום הרצועה אלו עדיין שוטרי משטרת חמאס. ההערכה היא שבעוד שבועיים משטרת חמאס תאבד שליטה גם על דרום הרצועה, ככל שהתמרון הקרקעי יתקדם. כבר עכשיו רואים בצורה רחבה ביזה של משאיות אוכל שהגיעו מארגוני הסיוע הבינלאומיים, והציבור משתלט עליהן. ביום שבת הצליחו אזרחים באזור ג'בליה להשתלט על משאית מזון, פצעו את נהג המשאית ולקחו את המזון.
מורכבות גדולה נמצאת בסיטואציית ה'יום שאחרי' מיטוט חמאס לחלוטין. בהיעדר כוח שלטוני, צבאי ומשטרתי שיעשה חוק וסדר - המרחק לאנרכיה קצר מאוד.
ההערכה במערכת הביטחון היא שראשי הערים וראשי החמולות המרכזיות לא יצליחו להשתלט על הכאוס שיתפתח כתוצאה מאובדן שליטה של משטרת חמאס. לא ברור בשלב הזה מי יאכוף את הסדר ברצועת עזה תוך כדי התקדמות התמרון וכיצד ישקמו מתקני ההתפלה, בורות המים, בתי הספר ובתי החולים. בסוגיית בתי החולים, נכון לימים אלו מערכת הבריאות הפלסטינית מתפקדת באופן "סביר". כבר עתה פועל בית חולים שדה בדרום הרצועה, במימון איחוד האמירויות. כמו כן, יקומו בתי חולים במימון מצרי, טורקי, ירדני, ובית חולים צרפתי על גבי אוניה מול אל עריש המצרית.
טרם התקבלה החלטה של דרג המדיני האם ביום שאחרי המלחמה, ייפתחו מעברי ארז וכרם שלום, ומי יהיה אחראי על החוק והסדר לצד פעילות אזרחית של גורמים שונים שינהלו תפקוד עצמאי כמו סקטור פרטי פלסטיני, ועדות אזרחיות, אנשי העסקים הבכירים, ראשי החמולות, וארגוני סיוע בינלאומיים.
כמו כן, ממשלת ישראל טרם הכריעה כיצד לטפל במעבר רפיח בשליטה המצרית, דרכו עברו אמצעי לחימה וחומרים דו-שימושיים שסייעו לחמאס לייצר אמצעי לחימה ולהקים מנהרות ואתרים מבוצרים.