המוסד פירסם הערב הודעה חריגה שמבהירה כי ראש המוסד הוא הגורם המוסמך היחיד לנהל משא ומתן על החטופים והנעדרים בעזה. בהודעה שנמסרה באמצעות משרד ראש הממשלה נכתב כי "יש רק ציר רשמי אחד שמנהל את שחרור החטופים. כל גורם אחר הטוען שיש לו קשר לכך אינו מוסמך לעשות זאת". לפי גורמים במשרד ראש הממשלה, ההודעה פורסמה בשל פעילות של "דמויות שונות בארץ ובעולם שמנסות להתערב בתיווך ופוגעות בפעילות".
ההודעה פורסמה זמן קצר לאחר ראיון בחדשות 12 של ראש המוסד לשעבר, יוסי כהן, שבשבועות האחרונים פועל מול מנהיגים במדינות המפרץ ומדינות נוספות בסוגיית החטופים והנעדרים וסוגיות נוספות, הנוגעות ליום שאחרי המלחמה ברצועת עזה. הוא גם נפגש בקביעות עם משפחות החטופים והנעדרים ומתראיין על פעילותו בכלי התקשורת, שם הוא אומר כי הוא פועל ברשות וסמכות ראש הממשלה וכי יש לו תפקיד מוגדר.
בראיון בחדשות 12 הערב כהן אמר כי הוא "מתואם באופן מלא עם ראש המוסד וממשיכים מנסים לאתר הזדמנויות מבצעיות-מודיעיניות לשחרור חטופים". זמן קצר לאחר מכן המוסד פירסם את הודעת ההבהרה החריגה. בנוסף, בלשכת ראש הממשלה מסרו מוקדם יותר השבוע כי כהן לא ממלא שום תפקיד רשמי בתחום המשא ומתן על החטופים והנעדרים אך לא השיבו אם הוא מונה לשליח מיוחד בנושאים אחרים ואם הוא משמש שליח מטעמו.
כהן, שכיהן כראש המוסד וקודם לכן ראש המל"ל תחת ראש הממשלה בנימין נתניהו, נחשב לאיש אמונו במשך שנים. מאז פרישתו מהתפקיד ב2021 היחסים ביניהם התקררו, אך מאז תחילת המלחמה הקשר ביניהם חודש.