במקביל ללחימה בעזה מנהל צה"ל מבצע לאיסוף, זיהוי, הודעה וקבורה של האזרחים שנרצחו והלוחמים שנפלו במהלך יום שבת במתקפה של חמאס על יישובי הדרום. בעוד שמלאכת זיהוי החיילים כבר כמעט הסתיימה, עדיין קיים מספר גדול מאוד של גופות אזרחים שלא זוהו והסיבה לכך מורכבת.
בשרשרת הגיוס לצה"ל נבנה מאגר נתונים לכל חייל שכולל טביעות אצבעות, צילום שיניים, דיסקיות אישיות, די.אנ.איי וצילום פנים. לכן כאשר יש נפילה של חייל צה"ל מלאכת הזיהוי פשוטה - מספיקה התאמה בין שני אמצעי זיהוי שונים או זיהוי על ידי שני אנשים כדי להודיע למשפחה. בצה"ל אומרים שמתוך 280 החללים כבר נמסרה הודעה ל-222 משפחות, 138 כבר נקברו ועד הערב תסיים קבורת 200 חיילי צה"ל. ההערכה היא שעד כניסת השבת הרוב המכריע של חללי צה"ל יזוהה וייקבר. אולם ישנם עדיין מספר חללים שמלאכת הזיהוי שלהם מורכבת ולכן מתעכבת.
גם בקרב המשטרה ישנו מספר רב של חללים, כשעד כה זוהו גופותיהם של 47 שוטרים ו-12 שוטרים מוגדרים כנעדרים.
דובר צה"ל, תת אלוף דניאל הגרי מסר מוקדם יותר היום (חמישי) הצהרה לתקשורת בה אמר: "הודענו ל-97 משפחות על חטופים ואנחנו ממשיכים לאסוף את כל המידע המודיעיני". בין החטופים ישנם אזרחים וחיילים.
לגבי זיהוי גופות האזרחים שנרצחו המצב הרבה יותר מסובך. בהיעדר מאגר מידע ביומטרי מספק, בעיקר לילדים ולקשישים, מלאת הזיהוי מאתגרת. בצה"ל אומרים ש"נכון לכרגע יש 854 שקי גופות אזרחים - מתוכן זוהו רק 361 והועברו לקבורה 264 אזרחים שנרצחו". זה אומר שקרוב ל-500 גופות עדין לא זוהו וצה"ל לא היה ערוך לזיהוי של אזרחים, שביום יום נעשה ע"י מז"פ (חטיבת הזיהוי הפלילי של משטרת ישראל) ולא על ידי הצבא.
"זה לא אירוע שהמדינה התמודדה איתו בעבר. זה לא אסון המסוקים. לא מלון פארק ולא אסון הכרמל", אומרים בצה"ל. במאמץ הזיהוי לוקחים חלק צוותים של משרד הבריאות, משרד הפנים, משרד ראש הממשלה, המשרד לביטחון לאומי, צה"ל ומשטרת ישראל. במקביל פועל חמ"ל מודיעין בראשות האלוף במיל' ניצן אלון וחמ"ל בראשות האלוף במיל' ליאור כרמלי שמנהלים רשימות מעקב אחרי הנעדרים, החללים והחטופים.
מעבר לנתונים שהוצגו עד כה יש עדיין נעדרים נוספים ולא הסתיימה מלאכת האיסוף והסריקות בשטח. בצה"ל מעריכים ש"עוד יהיו מקרים קשים שיצריכו פתרון בחקירה יותר פרטנית". בנוסף ישנם אזרחים מנותקי קשר, כלומר כאלה שלא יודעים דבר על מקום הימצאם - המשפחות שלהם קיבלו הודעה שיקירם לא ברשימת ההרוגים או הפצועים שזוהו אבל אין איתו קשר ונעשה מאמץ למצוא אותו