לאיזו מטרה נוצר יום כיפור ואיך הוא הפך מיום שמח ליום של עינוי?

כל יהודי (וגם רבים מדתות אחרות) יודע ומכיר את חשיבות יום הכיפורים ביהדות - היום הקדוש ביותר בלוח השנה אותו מיליוני יהודים ברחבי העולם מציינים בצום ובתפילה.

על פי התורה יום כיפור הוא אחד ממועדי ישראל שמכונה "שבת שבתון" ו"מקרא קודש", מה שאומר שיש לו דרגת חשיבות גבוהה יותר ממועדים וחגים אחרים. על פי הציווי בתורה נדרש להתענות בו עינוי הנפש, וחז"ל פירשו זאת כחמישה עינויים: הימנעות מאכילה ושתייה, סיכה (משיחת הגוף בשמן), רחיצה, נעילת סנדל (או נעל עור) ותשמיש המיטה (קיום יחסי מין). הנימוק לצום ולתענית הוא לא כמו שנהוג בדרך כלל ביהדות בשל אבלות או צרה שהתרחשה אלא בשל קדושתו הרבה של היום.

אבל כמה מכם יודעים שלפי המסורת והתיעוד ההיסטורי/מקראי, יום כיפור הוא בכלל יום שמח כי אז ירד משה רבנו מהר סיני עם לוחות הברית השניים ואלוהים סלח לעם ישראל על חטא העגל? מישהו בכלל יודע מאיפה הגיעו המנהגים הללו שכולנו מכירים אבל בכלל לא היו נהוגים בימי המקרא?

פרופ' ברוך יעקב שוורץ, מהחוג למקרא באוניברסיטה העברית בירושלים, מסביר שבמקרא עצמו אלה לא היו הצום, השביתה ממלאכה וההימנעות מהנאות הגוף שהבטיחו את הכפרה ביום הכיפורים. לפי המקרא, הכפרה מושגת באמצעות טקס מורכב, כפי שמתואר בקריאת התורה של שחרית ביום כיפור, ויקרא טז. בסוף ההנחיות לטקס אומרת התורה במפורש:

"וְהָיְתָה לָכֶם לְחֻקַּת עוֹלָם בַּחֹדֶשׁ הַשְּׁבִיעִי בֶּעָשׂוֹר לַחֹדֶשׁ תְּעַנּוּ אֶת נַפְשֹׁתֵיכֶם וְכָל מְלָאכָה לֹא תַעֲשׂוּ הָאֶזְרָח וְהַגֵּר הַגָּר בְּתוֹכְכֶם. כִּי בַיּוֹם הַזֶּה יְכַפֵּר עֲלֵיכֶם לְטַהֵר אֶתְכֶם מִכֹּל חַטֹּאתֵיכֶם לִפְנֵי יְ־הֹוָה תִּטְהָרוּ".

לפי הכתוב, על הציבור כולו לצום ולשבות ממלאכה כי ביום הכיפורים השנתי - הכהן הגדול יְכַפֵּר עֲלֵיכֶם. כלומר בימי המקרא עיקרו של יום הכיפורים היה טקס טיהור של המקדש ווידוי של הכהן הגדול על חטאי העם. הצום והשבתון הם אפוא רק נלווים לַכּיפור; הכיפור הוא הסיבה להם, ויש לקיימם ביום שנעשים בו טקסי הכיפורים.

תחילת הסיפור של יום כיפור הוא בחודש תשרי הראשון לצאת בני ישראל ממצרים. למחרת יום מתן תורה, עלה משה רבינו להר סיני בכדי ללמוד את התורה מפי אלוהים, במשך 40 יום ו-40 לילה. באותו זמן המתינו בני ישראל לחזרתו אולם כשראו שהוא מתעכב ומתעכב האמונה שלהם נחלשה והם יצרו עגל זהב כדי לסגוד לו. על פי האתר "מוקד תהילים ארצי", כל זאת קרה לאחר מתן התורה, בו על פי האמונה הם "ראו עין בעין את גדלות האלוקים ושמעו את שתי הדברות הראשונות ישירות ממנו".

החטא החמור הזה, של כפירה ועבודה זרה התרחש על פי המסורת ביום י''ז בתמוז - התאריך שיהפך בעתיד ליום אבל וצום בשל פריצת חומות ירושלים ע''י נבוכדנצאר. באותו היום, תוך כדי שבני ישראל חוגגים וסוגדים לעגל הזהב, ירד משה מההר, הזדעזע ממה שראה ושבר את לוחות הברית לעיני בני ישראל. באותו הרגע אמר אלוהים למשה כי בגלל החטא החמור של בני ישראל הוא מסיר את השראת השכינה מעליהם - ומיד פרצה מגפה קטלנית בעם אשר בה נספו עשרות אלפים מבני ישראל.

בי''ח בתמוז, עלה משה שוב על ההר ל- 40 יום נוספים, בהם הוא ביקש מאלוהים שיסלח לבני ישראל על חטא עגל הזהב. לאחר 40 יום, בכ''ט באב, אלוהים צווה על משה לסתת שני לוחות חדשים ועליהם לכתוב מחדש את עשרת הדיברות.

על פי האמונה, בי' בתשרי אלוהים העניק את סליחתו לעם ישראל על חטא העגל ואמר לו ''סלחתי כדברך''. זהו למעשה היה יום הכיפורים הראשון בהיסטוריה היהודית. מאז ועד היום, נקבע יום י' בתשרי כיום סליחה מחילה וכפרה על עוונותינו.

עוד מספרים באתר "מוקד תהילים ארצי" שמאז ועד היום "קיבל יום הכיפורים מהות מיוחדת ועוצמתית המסוגלת לכפרת עוונות לשבים באמת - כמו שנאמר בגמרא במסכת יומא: ''על כל עברות שבתורה בין עשה תשובה בין לא עשה תשובה יום הכיפורים מכפר''. יום הכיפורים קיבל כוח חזק כל כך, שאפילו השטן עצמו לא מורשה לקטרג על עם ישראל ביום זה, לכן הוא מסוגל לכפרת עוונות אפילו בהרהור תשובה בלבד, למי שמקיים את מצוות היום כמובן".

אז על פי המסורת, אלוהים נתן את יום הכיפורים למשה במדבר סיני - כך לפחות כתוב בספר ויקרא (ט"ז, כ"ט; כ"ג, כ"ו) ובספר במדבר (כ"ט, ז'). אבל קריאה מעמיקה בתנ"ך מגלה שזה לא ממש נכון וחוקרי מקרא גילו שהפסוקים הללו הוספו לתורה בשלב מאוחר יותר.

אמנם יש 3 התייחסויות בתורה למנהגים המיוחדים של יום כיפור, אך חוקר המקרא שחר ענבר מסביר בפודקאסט "עושים היסטוריה - יום כיפור הסיפור האמיתי" ששתיים מהן מאוחרות ומסתמכות על מקור קדום ומרכזי.

בין המאוחרות יש את ספר ויקרא פרק כ"ג, שם כתוב
"וַיְדַבֵּר יְהוָה אֶל מֹשֶׁה לֵּאמֹר: אַךְ בֶּעָשׂוֹר לַחֹדֶשׁ הַשְּׁבִיעִי הַזֶּה, יוֹם הַכִּפֻּרִים הוּא, מִקְרָא קֹדֶשׁ יִהְיֶה לָכֶם, וְעִנִּיתֶם אֶת נַפְשֹׁתֵיכֶם, וְהִקְרַבְתֶּם אִשֶּׁה לַיהוָה. וְכָל מְלָאכָה לֹא תַעֲשׂוּ בְּעֶצֶם הַיּוֹם הַזֶּה, כִּי יוֹם כִּפֻּרִים הוּא לְכַפֵּר עֲלֵיכֶם לִפְנֵי יְהוָה אֱלֹהֵיכֶם. כִּי כָל הַנֶּפֶשׁ אֲשֶׁר לֹא תְעֻנֶּה בְּעֶצֶם הַיּוֹם הַזֶּה, וְנִכְרְתָה מֵעַמֶּיהָ. וְכָל הַנֶּפֶשׁ אֲשֶׁר תַּעֲשֶׂה כָּל מְלָאכָה בְּעֶצֶם הַיּוֹם הַזֶּה, וְהַאֲבַדְתִּי אֶת הַנֶּפֶשׁ הַהִוא מִקֶּרֶב עַמָּהּ. כָּל מְלָאכָה לֹא תַעֲשׂוּ, חֻקַּת עוֹלָם לְדֹרֹתֵיכֶם בְּכֹל מֹשְׁבֹתֵיכֶם. שַׁבַּת שַׁבָּתוֹן הוּא לָכֶם וְעִנִּיתֶם אֶת נַפְשֹׁתֵיכֶם, בְּתִשְׁעָה לַחֹדֶשׁ בָּעֶרֶב, מֵעֶרֶב עַד עֶרֶב תִּשְׁבְּתוּ שַׁבַּתְּכֶם".

הציווי הזה מופיע שוב מאוד בקצרה בספר במדבר פרק כ"ט - ושני האזכורים האלה מסתמכים על ציווי קודם יותר - זה שמופיע בוויקרא ט"ז, שם יש הרחבה לגבי כל מה שסובב סביב יום הכיפורים ושם כתוב:
"וְהָיְתָה לָכֶם לְחֻקַּת עוֹלָם, בַּחֹדֶשׁ הַשְּׁבִיעִי בֶּעָשׂוֹר לַחֹדֶשׁ תְּעַנּוּ אֶת נַפְשֹׁתֵיכֶם וְכָל מְלָאכָה לֹא תַעֲשׂוּ, הָאֶזְרָח וְהַגֵּר הַגָּר בְּתוֹכְכֶם. כִּי בַיּוֹם הַזֶּה יְכַפֵּר עֲלֵיכֶם לְטַהֵר אֶתְכֶם, מִכֹּל חַטֹּאתֵיכֶם לִפְנֵי יְהוָה תִּטְהָרוּ. לא שַׁבַּת שַׁבָּתוֹן הִיא לָכֶם, וְעִנִּיתֶם אֶת נַפְשֹׁתֵיכֶם, חֻקַּת עוֹלָם".

כלומר יש פה יום קיצוני במיוחד, ששונה משאר החגים ומלווה באיום בכרת - כלומר מי שלא מתענה ביום הזה ייכרת מעם ישראל - בהחלט איום רדיקלי ומאוד נדיר במקרא.

אבל - מה המקור של החג הזה בכלל? הרי לכל חג יש סיבה ולא ברורה מהי הסיבה של העינוי והכפרה ביום הזה - מחברי התורה לא מצאו לנכון לתת הנמקה כלשהי ליום כיפור אלא רק "ככה כתוב וזהו". מה שכן מופיע בתיאור החג זה פירוט משונה, מוגזם, ומאוד יוצא דופן של הפעולות שעושה הכהן הגדול באותו יום במשכן בכדי לטהר אותו מהטומאה והחטאים. אלו פעולות כל כך חריגות שבתפילת מוסף של יום כיפור, ציבור המתפללים עובר עליהם אחת אחת. הן מסתיימות בטקס חריג, שנראה על פניו מאוד פגאני ועל פי שחר ענבר החריגות הזאת, יחד עם הלשון המקראית יוצאת הדופן והסגנון השונה, מצביעים על כך שהטקסט הזה לא היה שייך במקור להיכן שהוא כתוב.

באתר הפיוט והתפילה מבית הספריה הלאומית נכתב שבימי המקדש היה ליום הכיפורים אופי שונה מאוד מזה שיש לו בימינו ורובו של היום הוקדש לעבודת הכהן הגדול בבית המקדש. הוא היה לבוש בבגדים מיוחדים והטקס שערך היה ארוך ומרשים, ומטרתו הייתה, בין היתר, לכפר על חטאי עם ישראל.עניין נוסף המיוחד ליום הכיפורים הוא כניסת הכהן הגדול כמה פעמים אל "קודש הקודשים", שאליו רק הוא יכול היה להיכנס, ורק ביום זה. כניסה זו נחשבה מסוכנת עבורו והיה בה חשש לחייו, ויציאתו בשלום ממנו נחשבה כסימן טוב לו וגם לעם ישראל. לעם לא היה תפקיד ממשי בעבודת הכהן הגדול ביום הכיפורים, אך בני ישראל היו באים בהמוניהם על מנת לצפות בכהן הגדול בעבודתו ולחכות ליציאתו בשלום מקודש הקודשים. במקביל היה מקובל בעם מנהג נוסף, בעל אופי שונה לחלוטין, כפי שמסופר במשנה, מסכת תענית פרק ד משנה ח:: "לא היו ימים טובים לישראל כחמשה עשר באב וכיום הכפורים, שבהן בנות ירושלים יוצאות בכלי לבן [=בגדים] שאולין... יוצאות וחולות [=רוקדות] בכרמים, ומה היו אומרות? בחור, שא נא עיניך וראה מה אתה בורר לך. (תענית ד, ח)"

כן. מה שאתם קוראים - ביום הכיפורים היו בנות ישראל הבתולות מתלבשות בלבן, מרקדות ומחוללות בכרמים על-מנת ללכוד חתנים פוטנציאלים, תוך שירה ונגינה. איך קשור מנהג זה של שמחה, ריקודים ובחירת בני זוג, אל יום הכיפורים הנורא שאנו מכירים?

בנוסף - אם יום הכיפורים הוא חג כה חשוב ומרכזי ביהדות, מדוע התורה כמעט ולא מזכירה אותו והוא כמעט ואינו מוזכר בכל התנ"ך?

במאמר "לאיזו מטרה נוצר יום הכיפורים?" שכתב ב"הארץ" חוקר היהדות, הסופר והבלשן אילון גלעד, הוא טוען ש"אם אכן היה יום הכיפורים מצוין מדי שנה ושנה מאז ימי הנדודים במדבר, דרך כיבוש הארץ, תקופת השופטים, ימי בית ראשון, במהלך הגלות בבבל ובזמן שיבת ציון - היינו מצפים שהוא יוזכר פה ושם בין סיפורי התנ"ך או בדבריו של אחד הנביאים" - אבל זה לא קורה למעט שני המקרים בספר ויקרא וזה שבספר במדבר, יום הכיפורים מוזכר בכל התנ"ך רק פעם אחת נוספת (ויקרא כ"ה, ט'). ושם בכלל מדובר על משהו אחר לגמרי - יום חג שבו משוחררים עבדים בשנת היובל בכל 50 שנה.

מעבר לכך, במספר סיפורים מקראיים שבהם מתוארים אירועים שהתרחשו בחודש תשרי, אין שום תזכורת ליום כיפור. למשל, בשני הפרקים המתארים את הקמת בית המקדש בימי שלמה המלך נכתב שחגיגות הקמת המקדש נמשכו שבועיים — שבוע לפני חג הסוכות ושבוע אחריו. כלומר, על פי הכתוב החגיגות נמשכו גם במהלך יום הכיפורים, שכידוע חל בתקופה הזו. אז איך זה ייתכן?

גם בימי גלות בבל, כשהנביא יחזקאל מתאר את החגים והמועדים שיציינו שבי ציון בבית המקדש, הוא כותב על צמד ימים שבהם יטהרו הכוהנים את המקדש — האחד בראש חודש ניסן והשני בראש חודש תשרי - אבל למה שיחזקאל ינקוב במועד מיוחד שצריך לטהר בו את המקדש תשעה ימים לפני יום כיפור, שבעצמו נועד לטהר את המקדש מטומאה?

גם שבי ציון לא הכירו את יום הכיפורים. על פי הכתוב בספר עזרא הם הגיעו לירושלים בראש חודש תשרי ובילו את השבועיים הראשונים בהקמת המזבח, פעולה שהסתיימה בסוכות. הסופר המקראי לא מזכיר את יום כיפור - שאמור לחול בין שני המועדים הללו. גם אחרי שבית המקדש השני הוקם, בשנה השישית למלכות דריוש מלך פרס, כלומר בשנת 516 לפני הספירה, המצב היה דומה. עזרא הסופר הגיע לירושלים (ככל הנראה בשנת 457 לפני הספירה) ובספר נחמיה נכתב: "וַיָּבִיא עֶזְרָא הַכֹּהֵן אֶת הַתּוֹרָה לִפְנֵי הַקָּהָל, מֵאִישׁ וְעַד־אִשָּׁה, וְכֹל, מֵבִין לִשְׁמֹעַ־־בְּיוֹם אֶחָד, לַחֹדֶשׁ הַשְּׁבִיעִי".

בהמשך נכתב שלמחרת "נֶאֶסְפוּ רָאשֵׁי הָאָבוֹת לְכָל־הָעָם, הַכֹּהֲנִים וְהַלְוִיִּם, אֶל־עֶזְרָא, הַסֹּפֵר־־וּלְהַשְׂכִּיל, אֶל־דִּבְרֵי הַתּוֹרָה. וַיִּמְצְאוּ, כָּתוּב בַּתּוֹרָה: אֲשֶׁר צִוָּה יְהוָה בְּיַד־מֹשֶׁה, אֲשֶׁר יֵשְׁבוּ בְנֵי־יִשְׂרָאֵל בַּסֻּכּוֹת בֶּחָג בַּחֹדֶשׁ הַשְּׁבִיעִי". עוד מספר הפרק על העם המתכונן לחג הסוכות וחוגג אותו כפי שכתוב בתורה. שוב בטח שמתם לב שחסר פה משהו - לא מזכירים את יום הכיפורים, אף על פי שהפסוקים המתארים כיצד לחגוג את חג הסוכות בספר ויקרא נמצאים בתורה (כפי שאנחנו מכירים אותה היום) מיד אחרי אלו המתארים את יום הכיפורים - לכן הגיוני להניח שהפסוקים האלו לא היו קיימים בכלל בספר התורה שהיה בידיו של עזרא.

מכל האמור לעיל ניתן להסיק שיום הכיפורים במתכונת המוכרת לנו כיום לא התקיים לפני החצי השני של המאה החמישית שלפני הספירה, ואולי אפילו מאוחר יותר. האם אפשר לגלות מי המציא אותו, מתי ומאיזו סיבה? כדי לעשות את זה צריך לבחון לעומק את הפסוקים בתורה המתארים את יום כיפור ומנהגיו - שכן הם ככל הנראה הוספו על ידי מי שהמציא אותו - בכדי להצדיקו. לכן יש לבדוק את ויקרא ט"ז, ששתי התוספות האחרות מבוססות עליו. בשני המקרים הללו מדובר ברשימות חגים, שלהן הוסף תיאור קצר של יום הכיפורים במקומו לפני חג הסוכות, על ידי סופרים שכנראה חשבו שהוא נשמט בטעות או שהרגישו שלא בנוח עם החוסר.

אבל רוב פרק ט"ז בספר ויקרא הוא תיאור של הטקס שאהרון הכהן, אחיו של משה רבנו, היה מבצע במשכן בסיני - טקס שנועד לטהר את המקדש מטומאה, שבו אהרון רוחץ את עצמו, לובש בגדים מיוחדים, שורף קטורת, שוחט איל ועורך הגרלה בין שני תיישים (שְׂעִירִים בלשון המקרא): אחד מהם נשלח אל המדבר והשני נשחט ודמו (יחד עם דמו של פר שנשחט גם כן) מותז באופן טקסי בקודש הקודשים ועל המזבח.

גלעד מסביר שחוקרי המקרא מזהים סימנים רבים לכך שהפסוקים הללו לא נכתבו על ידי אותם סופרים שכתבו את שאר ספר ויקרא. הטקס מתואר בפירוט רב, באופן חריג לכל שאר התנ"ך. גם המונחים המשמשים לתיאור הטקס לא משמשים בשאר תיאורי המשכן. למשל, מה שמכונה בדרך כלל במקרא "קודש הקודשים", מכונה בפרק זה פשוט "הַקֹּדֶשׁ". דוגמה נוספת היא השימוש במונח "פֶּשַׁע" שלא מופיע בשום מקום אחר בספר ויקרא.

הטקס הזה אמנם חריג בתנ"ך, אבל ממש לא חריג במזרח הקדום באותה תקופה - יש עדויות לטקסי טיהור דומים מאוד שנערכו בעיר המדינה אֶבְּלָה במאה ה-24 לפני הספירה ובעיר המדינה אוּגָרִית נמצאו עדויות לטקס דומה שנערך במאה ה-13 לפני הספירה. בבבל לא ידוע שהיו טקסים שבהם שולח תיש, אך בראש השנה הבבלי, אַכִּתֻ (שחל בניסן) היה טקס לטיהור המקדש שכלל שחיטת כבש ומריחת דמו ברחבי המקדש. לטקס הזה קראו... כֻּפֻּרֻ.

אז כיום אנחנו לא יודעים מה היה המקור של אותו טקס מוזר שמפורט בספר ויקרא, אך עורך/מחבר כלשהו (קרוב לוודאי כוהן במקדש בירושלים) שתל אותו בלב ספר ויקרא וחיבר אותו לנרטיב של הספר על ידי הוספת פסוק מקשר: "וַיְדַבֵּר ה', אֶל־מֹשֶׁה, אַחֲרֵי מוֹת, שְׁנֵי בְּנֵי אַהֲרֹן בְּקָרְבָתָם לִפְנֵי־ה', וַיָּמֻתוּ". פסוק זה קשר את הטקס למתואר בפרק י' שבו נכתב שאלוהים שרף בחיים את שני בני אהרון, נָדָב וַאֲבִיהוּא, במשכן, מפני שהם השתמשו לצורך פולחן ב"אֵשׁ זָרָה אֲשֶׁר לֹא צִוָּה אֹתָם". הטקס הזה לא נוסף ככה סתם ללא סיבה. בחמשת הפסוקים שמופיעים אחרי תיאור הטקס, ברור שהמטרה הייתה לקבע טקס שנתי, שאת תכליתו מסביר הסופר במפורש בפסוק הבא: "בַיּוֹם הַזֶּה יְכַפֵּר עֲלֵיכֶם לְטַהֵר אֶתְכֶם, מִכֹּל חַטֹּאתֵיכֶם לִפְנֵי ה' תִּטְהָרוּ".

האם ניתן לזהות מי הוסיף את הפסוקים הללו לתורה ולמעשה יסד את יום הכיפורים? כאמור, המועד האפשרי המוקדם ביותר הוא סוף המאה החמישית לפני הספירה, שכן עזרא לא הכיר את המועד, והמאוחר הוא במאה השלישית לפני הספירה, שכן במאה הזאת תורגמה התורה ליוונית, ויום הכיפורים מוזכר בתרגום השבעים. למרות שמדובר בחלון של 200 שנים, נראה שזה קרה ממש בתחילת התקופה, שכן באותם ימים היו פעילים בארץ ישראל שני בתי מקדש — המקדש היהודי בירושלים והשומרוני בהר גריזים. ככל שחלפו השנים שתי הקהילות הלכו והתרחקו והאפשרות שטקס דתי חדש ייחנך במקדש אחד ויאומץ בשני הייתה סבירה פחות. מכיוון שיום הכיפורים מצוין הן על ידי היהודים והן על ידי השומרונים, סביר להניח שהדברים קרו בתחילת התקופה כאשר הקהילות היו קרובות.

כמובן שאין תיעוד רשמי ומובהק מתי הטקס הזה הפך למרכז יום הכיפורים קרה וישנן מספר סברות וסיפורים סביב הנושא, אבל אחת מהמועדפות מוצגת ע"י אילון גלעד שמספר שבשנת מלכותו ה-20 של מלך פרס אַרְתַּחְשַׁשְׂתָּא הראשון (444 לפני הספירה), מונה נחמיה, שהיה סריס בחצר המלך, להיות מושל על יהודה. כשהגיע לירושלים גילה שהיהודים אינם שומרים על בידול כפי שנהגו בבבל, ומתחתנים עם בני הארץ. אפילו בנו של הכוהן הגדול יְהוֹיָדָע בֶּן אֶלְיָשִׁיב התחתן עם אישה שומרונית, בתו של מושל שומרון, סַנְבַלַּט הַחֹרֹנִי, אויבו המושבע של נחמיה והאיש שעמד מאחורי הניסון להתנקש בו. נחמיה מספר שסילק את אותו בן: "וּמִבְּנֵי יוֹיָדָע בֶּן־אֶלְיָשִׁיב הַכֹּהֵן הַגָּדוֹל, חָתָן לְסַנְבַלַּט הַחֹרֹנִי; וָאַבְרִיחֵהוּ, מֵעָלָי" (נחמיה י"ג, כ"ח).

אותו בן כנראה היה יֵשׁוּעַ בֶּן יְהוֹיָדָע, המוזכר גם ב"קדמוניות היהודים" של יוסף בן מתתיהו (יוספוס פלביוס). הוא כנראה היה הבכור והיה צפוי לרשת את אביו ולהתמנות לכהונה הגדולה, אבל נחמיה מינה במקומו את אחיו יוֹחָנָן. עם מות נחמיה (בערך בשנת 413 לפני הספירה) מינה מלך פרס החדש, דריווש השני, את הפרסי בָּגוֹהִי כמחליפו. על פי יוספוס, בגוהי התכוון למנות את ישוע לכוהן גדול במקום אחיו ויוספוס מספר שיוחנן שמע על התוכנית, התעמת עם אחיו בבית המקדש והרג אותו.

ב"קדמוניות היהודים" נכתב שכשבגוהי שמע על מה שקרה הוא מיהר אל בית המקדש וזעם: "העזתם לבצע רצח בבית־מקדשכם?" קרא בעודו נכנס למתחם האסור לגויים. הנוכחים הפצירו בו שלא ייכנס, שכן נוכחותו תטמא את המקדש, אך הוא לא הקשיב להם. "כלום אינני טהור מזה שרצח בבית־המקדש?" הוא אמר ונכנס למקדש.

יוספוס פלביוס לא מספר לנו איך התמודד יוחנן הכוהן עם ה'טומאה' שיצרו הרצח והכניסה של בגוהי לבית המקדש, אך יש להניח שהיה עליו לערוך טקס מיוחד לטיהור. בגלל שטקס שכזה לא הופיע בכתובים, ויוחנן היה צריך להמציא אחד כזה. סביר להניח שאחרי הרצח חיפשו יוחנן הכוהן הגדול וכוהניו טקס מתאים לטהר בו את המקדש, ואחרי שלא מצאו כזה בתורה חיפשו בכתבים אחרים ומצאו את הטקס המתואר בויקרא ט"ז. הם שתלו אותו במקומו הנוכחי וקשרו אותו לסיפור מותם של נדב ואביהו בני אהרון בבית המקדש — מותם של שני אחים כוהנים במשכן כנגד רצח של כוהן בידי אחיו במקדש.

ייתכן שבתחילה שימש הטקס הזה כטקס חירום בלבד ורק בשלב מאוחר יותר נוספו לפרק ט"ז חמשת הפסוקים האחרונים שהפכו אותו למאורע שנתי.

חוקרי המקרא כיום לא יודעים למה נבחר דווקא י' בתשרי כמועד השנתי שבו יצוין המועד. אולי הכוהנים רצו לקשר בין המועד החדש העוסק בכיפור חטאים לבין החג הקדום יותר המוזכר בויקרא כ"ה, זה שנקרא "יום הכיפורים" מלשון "כופר", משום שבו שוחררו העבדים ונשמטו החובות כל עשר שנים - חג שכנראה איבד מתוקפו בכל מקרה. ייתכן גם שהרצון לחקות את הבבלים ולקבוע טקס טיהור לתחילת השנה נוסח הכֻּפֻּרֻ שלהם סייע להחלטה.

כל זה קרה ככל הנראה בערך בסוף המאה החמישית לפני הספירה, שכן באי יֵב בדרום מצרים נמצאו העתקים של מכתבים מאת יהודי מצרי בשם יְדוֹנַיָּה, שכתב ב-408 לפני הספירה לבוגהי, ליוחנן ולשני בנים של סנבלט בבקשה שיעזרו לו להקים מחדש את המקדש היהודי שהוחרב שם. מכתבים אלה גם מאמתים חלקית את דבריו של יוספוס, המקור היחיד שיש בידינו המתאר את רצח ישוע, שכן מהתנ"ך לא היה יכול ללמוד על שמותיהם של בוגהי ויוחנן הכוהן. בוגהי כלל לא מוזכר בתנ"ך ויוחנן בכלל נקרא בו בטעות "יונתן" (נחמיה י"ב, י"א).

לאחר מות יוחנן החליף אותו בנו יַדּוּעַ ולפי יוספוס, סנבלט מינה את אחיו מנשה להיות הכוהן הגדול במקדש השומרוני בהר גריזים. אם הדברים הללו נכונים, סביר להניח שמנשה לקח איתו את מנהג יום הכיפורים להר גריזים יחד עם כתבי הקודש המזכירים את המועד.

אם שחזור זה נכון, ויום הכיפורים אכן נחנך על ידי יוחנן הכוהן, הרי שאת יום הכיפורים במתכונת זו ציינו במשך כ-470 שנים עד שהוחרב בית המקדש על ידי הרומאים. אחרי החורבן היו התנאים צריכים להמציא מחדש את יום הכיפורים ולהתאים אותו למציאות חסרת מקדש. אז התחיל להתעצב יום הכיפורים כפי שהוא מוכר לנו היום.

ההערכה הרווחת היא שאכיפת מנהג הצום היום הכיפורים והגדלת חשיבותו החל מתישהו אחרי מרד בר כוכבא, בשנת 135 לספירה. אחרי החורבן, העדר המקדש הביא לירידת מוסד הכהונה וצמיחת מעמד החכמים, חברי הסנהדרין, כשמהם צמח והתחזק מוסד הנשיאות. החכמים הרשו לעצמם מידה של פרוגרס, כשמצד אחד התפזר מרכז הכובד המקדשי לישובים הקהילתיים הפזורים ומנגד ביקש המרכז - שהיה אז ביבנה - לשמור על כבודו וסמכויותיו אך כשל ברוב המקרים וכתוצאה מכך לא נהגו כולם באורח מנהגי אחיד גם לגבי יום הכיפורים. רק אחרי מרד בר כוכבא, כשהמרכז נדד צפונה, לאושא שבגליל התחתון, ניסחו, עיגנו וביססו חברי הסנהדרין ובראשם הנשיא רבן שמעון בן גמליאל את האיסורים המופיעים במשנת יומא, ובהם הנהגת הצום ביום הכיפורים.

זה נעשה במעין צעד של ביקורת נגד התעוררות המרד ברומאים, כשבר כוכבא הציג עצמו כמלך המשיח והיתה סכנה להפיכה בכלל החוקים והמנהגים. כתוצאה מכך התעשתו מספר חכמים וקבעו מחדש את חמשת האיסורים של יום הכיפורים, והראשון שבהם היה איסור אכילה ושתיה.

רק בשלהי התקופה התנאית וראשית האמוראית נודעה הפסיקה המחייבת של צום ביום הכיפורים, כנראה באזור שנת 200 לספירה, בהכרעתו של גדול נשיאי ישראל בעידן הקדום, רבי יהודה הנשיא (שמנגד סבר שבעקבות השקט, הרווחה והאוטונומיה שניתנו לעם בארץ בכלל ולמוסדות ההנהגה היהודית בפרט תחת שלטון הסוורים, אין יותר טעם להתענות בתעניות החורבן, וניסה לבטל את תעניות י"ז בתמוז ותשעה באב, ימי האבל על חורבן בית המקדש).