גורמים במערכת הביטחון מודאגים מאוד מהמגמה השלילית והירידה באכיפה נגד בנייה לא חוקית ישראלית שמובילה המנהלת החדשה תחת השר הנוסף במשרד הביטחון, בצלאל סמוטריץ'. לדבריהם, המגמה ההפוכה והאכיפה הגבוהה נגד הפלסטינים מייצרת חוסר איזון בין הצדדים ומובילה לאי-יציבות ביטחונית.
מנתונים שהגיעו לידי וואלה! והוצגו בפני ועדת חוץ וביטחון בכנסת עולה, כי מינואר עד חודש מאי בשנת 2023, בוצעו בסך הכול 10 הריסות מבנים ישראליים ברחבי יהודה ושומרון, לעומת 124 לפלסטינים. לשם השוואה, נהרסו ב-2022 72 מבנים לא חוקיים ישראליים ו-612 מבנים לא חוקיים בסך הכל.
הגורמים הבהירו כי המנהלת החדשה במשרד הביטחון, שלא יושבת תחת שר הביטחון יואב גלנט, פועלת בהתאם להסכם הקואליציוני והעברת סמכויות מגלנט לשר סמוטריץ', על מנת לקדם מדיניות חדשה. החשש הוא שהמציאות הזו תוביל לבסוף לביקורת משפטית ודיפלומטית בזירה הבינלאומית.
הגורמים הדגישו כי מתהווה היעדר שוויון מהותי וברור בין הפלסטינים לישראלים. לטענת הגורמים השתלבה לאחרונה באופן חריג בעולם המושגים במשרד הביטחון המילה "ערבים" ולא "פלסטינים". מאחורי הקלעים זוכה המהלך לביקורת מצד גורמים בפיקוד המרכז, משום שלטענתם יש כאן ניסיון למחוק את הנוכחות החוקית של פלסטינים במרחב ואת הלגיטימיות של הרשות הפלסטינית, כולל הסכמים חוקיים והבנות בין הצדדים.
עוד התריעו גורמים במערכת הביטחון כי יש מאחורי הקלעים מאמץ להפחית במעמדו של היועץ המשפטי באוגדת יו"ש, ולבטל את תפקידו כ"שומר סף" כדי למנוע דילמות ביטחוניות, מבצעיות ופעולות לא חוקיות, ולהעביר את האחריות המשפטית למשרד הביטחון.
נקודה נוספת שמהווה אתגר גדול מאוד למפקדי הצבא בשטח וגורמי האכיפה נגד הבנייה הלא חוקית במרחב, היא הירידה באכיפות תוך "המצאת בירוקרטיה" מגוונת כדי לא לפנות מבנים לא חוקיים ישראליים.
בשלב הזה קיימים גורמי צבא בכירים שמנסים להתנגד לאי-שוויון, תוך מתן דגש לכך ששבשנה האחרונה אושרו יותר מ-12 אלף יחידות דיור עבור מתנחלים, בזמן שהמגמה עבור פלסטינים הפוכה.
גורמים במערכת הביטחון טוענים כי לאורך זמן המנהלת החדשה במשרד הביטחון תצליח לשנות את המציאות באופן שיגביר את הלחץ על צה"ל ושאר הארגונים במערכת הביטחון למנוע הסתה וטרור. נקודה אחרונה שנמצאת במוקד הביקורת היא היחידה לאכיפה פלילית ביהודה ושומרון שהקים שר הביטחון לשעבר בני גנץ, ובשלב זה תחת המדיניות החדשה לא מקודמת באמצעות תקנים ולא מקבלת את תשומת הלב והיחס כבעבר.