בעקבות הצטברות 30 המקרים, שבהם אושפזו בבתי חולים רוחצים בכנרת עם דלקות בעיניים וחשש לפגיעה בראייה, עולה חשד לטפיל חדש בימה שמצטרף לתופעות בריאותיות נוספות שנגרמו מכניסה למים. בעוד שבמשרד הבריאות מדגישים כי אין סיכון בשתיית המים, המקרים מציבים בפנינו תמרור אזהרה.
אחת מאותן תופעות בריאותיות כבר זכתה לכינוי "אלרגיה כנרתית" - גירויים בעור, התעטשויות, צריבה בעיניים ודמעות, פריחה וקשיי נשימה, שהחלו להופיע לפני כשמונה שנים באנשים שרחצו בכנרת. עיקר התלונות הגיעו מגולשים שעסקו באופן אינטנסיבי בספורט המים גלישת רוח ו"עפיפון" ("קייט סרפינג") והיו חשופים יותר לנתזי מים שהגיעו לדרכי הנשימה ולעיניים.
במקביל, הגיעו גם תלונות על גירוד ואדמומיות בעור מדייגים בימה. עד כה לא ידוע על תגובות אלרגיות שהתפתחו למשהו רציני, והדיווחים שהתקבלו עד היום מסתכמים בתחושת אי-נעימות שלפעמים גם מתבטאת בחולשה כאבי ראש ועייפות, ואחרי יומיים-שלושה חולפת. עם זאת, יש גולשים שהמטרד הזה הצליח להרחיק מהכנרת.
מעקבים ומחקרים מראים כי ב-30 השנים האחרונות מופיעים בכנרת שינויים ותופעות בתדירות שלא היו מוכרים בעבר. כך לדוגמא, אצה בשם "פרידיניום" שפרחה באגם מדי שנה, מופיעה מאז 1996 בסירוגיות בלתי מוסברת, ומנגד החלו להופיע אצות ממין אחר, בשם אצות כחוליות. דוגמא נוספת היא הופעתה הפתאומית של אצה בכנרת בקיץ 2008, מה שנראה היה בתחילה כזיהום של מי שופכין והותיר כתם בצבע ירקרק עם גלי קצף מעליהם, התגלה אז לחוקרי המעבדה לחקר הכנרת, המכון לחקר ימים ואגמים בישראל, כאצות שפרחו באגם, יצרו קצף ונתנו למים צבע ירוק-זית.
התברר כי מדובר באצה ממין חדש בכנרת שלא הייתה מוכרת עד אז. החוקרת ד"ר תמר זהרי שעמדה אז בראש המעבדה אמרה באותה עת כי הדבר מהווה "עוד דוגמא לכך שבאופן יחסי המערכת בכנרת פחות יציבה מאשר בעבר". יציבות משתקפת במהלך שנתי קבוע שחוזר על עצמו, דוגמת הרכב המינים באגם. "עד אמצע שנות ה-90 ניתן היה לנבא במדויק את מופע האצות לפי עונות השנה, מאז אנו עדים לתופעות המצביעות על כך שהיציבות פחתה", אמרה אז זהרי.
הסברה המרכזית היא כי לחצים על האגם, מעשי ידי האדם, הם המשפיעים ביותר על חוסר היציבות. כך למשל, שאיבת המים והשינויים המהירים והקיצוניים במפלס הכנרת הביאו לשנים שבהן הפער בין הרום העליון לתחתון הגיע לכדי שישה מטרים תוך זמן קצר. בשנים האחרונות פחתה שאיבת המים מהכנרת והתנודות במפלסי האגם התמתנו, ובקרוב יוזרמו מים לאגם, דבר שיאפשר לשמור על מפלס יציב.
ברור כי להתחממות הגלובלית השפעה על גופי מים, ובשנים האחרונות נחקרות ההשלכות הצפויות של שינויי האקלים על טמפרטורת מי הכנרת. נתונים שנאספו על ידי חוקרים הצביעו על החרפה בתדירות ועוצמות גלי חום באזור הימה, כמו גם משך אירועים של טמפרטורת מקסימום יומיות מעל 39 מעלות. נתוני תחנת מדידה בקיבוץ מסדה שמדרום לכנרת הראו כי במהלך החודשים יוני-אוגוסט נרשמה בעשור הקודם עלייה של 0.6 מעלות במידת החום היומית המקסימלית. עליית טמפרטורת האוויר משפיעה גם על התחממות המים ועל תהליכים כימיים וביולוגיים באגם.
במחקר שפרסמו לפני כשנתיים גדעון גל, יעל גלבוע, נעם שחר, משה אסטרותי ודירק שלבינג, נכתב כי השינויים האקלימיים הפועלים באזורנו, שחזויים להחריף בעתיד, צפויים להשפיע על הכנרת ועל המערכת האקולוגית שלה. החרפת אירועי הקיצון בשילוב עם עלייה מתמשכת בטמפרטורת האוויר הממוצעת יגררו עלייה בטמפרטורת המים.
אבל לא רק תופעות גלובליות משפיעות על הכנרת - כבר לפני יותר מעשור הפך חלזון פולש למין הדומיננטי באגם. שמו "טיארה סקאברה" (Thiara scabra), ומאז שזוהה באזור הימה לפני כ-13 שנים הבדיקות והמעקב אחריו העלו שהוא מהווה מעל 90 אחוזים מכלל החלזונות באגם. לפני כארבע שנים זוהו שני מיני חלזונות נוספים שפלשו לכנרת, אחד משני המינים החדשים יחסית מוכר בשם "Tarebia Granifera". לאחר שהתגלה, החוקרים ציינו כי מדובר במין פולש במקומות רבים בעולם, עם פוטנציאל לנזק עקב העברת טפילים שפוגעים בדגים ובבני אדם. מקורו בדרום-מזרח אסיה, אבל התערבותו המזיקה של האדם הצליחה להפיץ את החלזון באפריקה, ובדרום וצפון אמריקה.
המינים הפולשים הצטרפו לדייר הוותיק בימה, חלזון הקרוי בשם "Pyrgophorus SP". מקורו של חלזון זה באיים הקריביים ולא ברור עדיין מה פוטנציאל הפגיעה שלו במערכת האקולוגית של הכנרת. במחקר שפרסמו לפני מספר שנים ד"ר תמר זהרי, דוד קמינגס ובני סולימני מהמעבדה לחקר הכנרת נכתב כי המינים הפולשים דוחקים מהכנרת את המינים הטבעיים. חמישה מיני חלזונות היו מוכרים בכנרת, אך אחד מהם נעלם כבר בשנות ה-70, אחד הפך נדיר מאוד ושלושת הנוספים נחשבים גם כן כנדירים. "הופעה והשתלטות של מינים פולשים והיעלמות מינים מקומיים שחיו באזור מיליון שנים הן תופעות המעידות על המשך מגמת הפחתת יציבותה האקולוגית של הכנרת, הפוגעות במגוון הביולוגי של האגם וכנראה גם במארג המזון, ולכן הן צריכות להיות מקור לדאגה", כתבו החוקרים.
פלישת החלזונות התאפשרה נוכח התנהגות חסרת אחריות של בני אדם. ה-Tarebia Granifera למשל מוכר כמנקה ביולוגי בתעשיית האקווריומים, וכך הצליח להתפשט בעולם ולהפוך למטרד. הוא מוכר כפונדקאי לתולעים טפילות הגורמות לתחלואה בבני אדם ובדגים. עליית המליחות בכנרת מקנה לו יתרון על פני מינים אחרים והוא גם יכול לשרוד במשך שבועות בסביבה לחה ללא מים, על ידי התחפרות בחול.החוקרים שבדקו את תופעת החלזונות הפולשים כתבו אז כי עדיין לא ברור אם הם יזיקו לכנרת, אבל הבהירו כי כבר כעת הופעתם והתבססותם באגם היא תמרור אזהרה נוסף "המעיד על מצבה העדין והרגיש של הכנרת כמערכת אקולוגית, ושל מארג המזון שבה, הנתון היום לטלטלות ושינויים קיצוניים".
גם הופעת חלזון ה-Pyrgophorus SP ממחישה כמה הגעת המזיקים יכולה להיות בעקבות מעשי האדם. על פי השערות, החלזון הגיע עם צמח שנקרא "חסת המים". גם הצמח הזה הוא מין פולש שככל הנראה הגיע אלינו כצמח פופולרי בבריכות נוי. חסת המים אף הגיעה לפני תשע שנים עד השפך של נחל צלמון לכנרת. אותו צמח עלול לפלוש ולהתפשט לאזורי נחלים ומים שקטים כמו שפכי נחלים או לגונות פנימיות ולגרום לנזקים אקולוגיים מקומיים, למפגעי יתושים ופגיעה בבתי גידול. מחקרים מראים, כי פלישת "חסת המים" עלולה לגרום לנזק אקולוגי המוביל לדחיקת בתי גידול של מינים מקומיים וירידה בשיעור החמצן במים. כמו כן, הצמח עלול לגרום לסתימת תעלות ניקוז, שיבוש ופגיעה במתקני שאיבת מים.