בחודש יולי 1973 מונה האלוף שמואל גונן (גורודיש) לתפקיד מפקד פיקוד הדרום. הוא החליף את האלוף אריאל שרון, שהיה בתפקיד שלוש שנים וחצי. כעבור שלושה חודשים פרצה מלחמת יום כיפור. גורודיש נחשב לאגדה משום הובלתו את חטיבה שבע להישגים במלחמת ששת הימים, אך אחרי מלחמת יום הכיפורים, חצי אשמת המחדל כוונו לעברו. זמן קצר מאד אחרי המלחמה הועבר על ידי שר הביטחון דיין מהתפקיד המשמעותי של מפקד פיקוד דרום, לעמוד בראש פיקוד זניח וחסר חשיבות - מרחב שלמה (מרש"ל).
בדוח הביניים של ועדת אגרנט שחקרה את הסיבות לפרוץ המלחמה וניהול הקרבות עד לבלימת האויב - הוטלה על גורודיש אחריות כבדה. הועדה קבעה כי "הוא לא עמד כראוי במילוי תפקידו וכי הוא נושא בחלק ניכר של האחריות למצב המסוכן שבו נתפסו כוחותינו". הוא הושעה, אחר כך שב לשירות ופרש מצה"ל ב-1976, מריר וכואב. במשך שנים ניסה לטהר את שמו, ללא הצלחה. ב-1991, באיטליה, לקה בדום לב ומת כשהוא בן 61.
ארכיון צה"ל במשרד הביטחון מפרסם היום (שני) מעין סיכום ביניים שהגיש גורודיש בכתב לוועדת אגרנט, אחרי שהעיד בפניה כמה פעמים. במסמך הוא מסביר לוועדה מה היו העקרונות והתכניות שהנחו אותו בניהול המלחמה בחזית הדרום. הוא מזכיר כי לא הייתה בידיו התראה של 48 שעות להתקפה של האויב - על פיה היו בנויות תוכניות צה"ל, על היעדר תכנית סדורה לפינוי המעוזים, היעדרות חיל אוויר ועוד.
כמו כן, הוא מתייחס במסמך גם ל"גורמים שהקשו על השגת המטרות שהצגנו לפנינו בפיקוד דרום". עיקר כוונתו היא בעצם לגורם אחד - קודמו בתפקיד האלוף שרון. גורודיש מקדיש במסמך סעיף בשם "משמעת ולויאליות" שעוסק בעימות הגלוי בינו לבין שרון. "הייתי אלוף צעיר, חודשיים שירתי בתפקיד אלוף פיקוד דרום. תחת פיקודי פעלו במלחמה ארבעה קצינים בדרגת אלוף (אברהם אדן - "ברן", אריאל שרון, אלברט מנדלר, קלמן מגן. א"א). בתנאי מעבדה תיאורטיים לא צריכה להיות שום בעיה במבנה הפיקוד. יש אלוף ויש כפופים לו וישנה אחדות מטרה שהיא הגורם המרכזי, היחיד והקובע. יש הגדרת סמכויות וכפיפויות ברורה. יש לויאליות".
גורודיש אמר כי הרגיש ש"אין הדבר לרוחו של האלוף 'ברן' להיות פקוד שלי". ברן היה מפקדו של גורודיש שנים רבות. לטענתו ברן ביצע הפוך מפקודה שנתן לו, ורק לאחר זמן מה החל למלא את פקודותיו. "לא כך היה עם האלוף שרון כשסירב ותקף למרות פקודתי המפורשת, ללא צורך וללא הצלחה, את 'מכשיר' ו'טלביזיה' (שמות מתחמים, א"א)". גורודיש מציין כי נוכח אותה "תופעה חמורה של אי ציות פקודה" ביקש מהרמטכ"ל דוד (דדו) אלעזר "הסקת מסקנות עד כדי החלפתו (של שרון. א"א)". הדבר לא קרה. "החל משלב זה העניין הלך והידרדר והדבר השתקף במטה שלי שלמעשה היה המטה של אריק". גורודיש כותב על מקרה שממחיש את טענתו: " לפני המלחמה הוא התקשר לקשל"פ (קצין שלישות פיקודי) שלי וכינה אותו בתואר 'בוגד' בגלל היותו לויאלי לי". לדבריו התנהגותו של שרון "פילגה את מטה הפיקוד" ו"הייתה לכך השפעה על רמת המשמעת".
"מלחמות הגנרלים" בדרום העסיקו את המטכ"ל. ארכיון צה"ל במשרד הביטחון פרסם גם את יומנו של אבנר שליו, ראש לשכת הרמטכ"ל, אלעזר. היומן אושר לפרסום על ידי הוועדה הממשלתית ברשות השופט העליון (בדימוס) פרופ' יצחק אנגלרד.
ביומה הרביעי של המלחמה, ב-9 באוקטובר בשעות הערב, אמר הרמטכ"ל לעוזרו רחבעם זאבי ולראש אמ"ן אלי זעירא: "בכוונתי לשים את חיים (בר-לב) מעל גורודיש בפיקוד דרום".
הם דנו במצב הבעייתי שנוצר בין האלופים בדרום וגנדי חשב שצריך להדיח את שרון. הוא הבהיר כי "לגורודיש אין יכולת לתת פקודות" והציע "להוריד את גורודיש לאוגדה של אריק - ולהדיח את אריק". שלו כותב כי הרמטכ"ל עדכן "בשלוש עיניים" את שר הביטחון דיין ברצונו להציב את בר-לב בראש חזית הדרום. אחר כך הוא דיבר על כך עם ראש הממשלה, גולדה מאיר, שנתנה את בירכתה.
דדו לבר-לב: "תלבש מדים, תתייצב. נשוחח ותרד למטה".
יום קודם כשלה התקפת נגד של צה"ל בגזרת הדרום ואז גם העמיקו הסדקים בין האלופים בדרום. הרל"ש של דדו סיפר כי הרמטכ"ל ביקש מבר-לב "לבדוק במקום מה היה עם אריק, באם תקף בניגוד לפקודה, שיקר". בתגובה אמר שר הביטחון דיין: "שחיים יטפל לפי הבנתו". עם זאת הרמטכ"ל דדו התעקש ואמר: "באם אריק שיקר, דחף האוגדה למים, הביא גשר גלילים (וכשכבר) היה במים ביקש אישור צליחה.... שחיים יחליט להעיף אותו, לשפוט אחרי המלחמה", ודיין השיב: "מה שחיים יחליט יעשה".
בעשר וחצי בלילה התקשר הרמטכ"ל לגורודיש. שלו מצטט את השיחה: "שמוליק, יש הודעה לא נעימה בשבילך. חיים בר לב יורד אליך ומעליך. הוא יבדוק גם את כל ענייני אריק, היום ישוחח איתך ויחליט וישמע... באם הוא רוצה שאתה תיקח א (אוגדה) 143 ואריק ילך או אתה תישאר סגנו ואריק יישאר בהחלטת ראש הממשלה ושר הביטחון. אני רוצה שתקבל את זה טוב. אם תהיו יחד זה עוד יותר טוב... אילו זה היה אלוף לא הייתי עושה את זה, אבל זה רב-אלוף, רמטכ"ל, ואתם יחד זה יהיה מצוין. הוא בדרך, בלילה ירד אליך, אני מאוד ממליץ שתישאר. תשמע, זה לא לשיחה בקולות הרועדים, אין פה הבעת אי אמון. עד עכשיו היה טוב ועוד יהיה טוב. מאחר שזה רא"ל, רמטכ"ל לשעבר, זה לא יפגע בך. זה לא יפגע בפרספקטיבה ויהיה מצוין באם תהיה סגן".
"אלוף אחד שלא מילא פקודות"
חזרה למסמך גורודיש לוועדת אגרנט; בסיכום דבריו הוא יוצא נגד תהליך העברתו מפיקוד דרום אחרי המלחמה: "העברתי נעשתה על ידי הודעה ששמעתי בחדשות ברדיו, ללא הודעה מוקדמת, ללא תיאום ואישור הרמטכ"ל דאז. הופעלו נגדי כלים רבי עוצמה, דעת קהל נסערת - שמועות, הצנזורה הצבאית, עיתונות, שתיארו אותי כאילו התמוטטתי, התבלבלתי, שפקודיי לא נשמעו לי. כל הסיפורים הללו הנם שקר מוחלט. מעולם לא התמוטטתי והקשיים שהיו לי בהטלת המרות לא נבעו מעצם כישוריי, יכולותיי וכישרונותיי - אלא היו בעיקר עם אלוף אחד שלא ביצע פקודות, לא שלי, לא של הרמטכ"ל ולא של שאר הממונים עליו".
גורודיש צירף נספחים רבים למסמך שכתב לוועדת אגרנט, חלקם מגובים בהקלטות ששמר מימי המלחמה. הוא גם צירף מכתב ששלח לו חיים בר-לב אחרי המלחמה. כאמור, ביומה הרביעי של המלחמה נשלח על ידי הרמטכ"ל אלעזר לחזית הדרום ושימש כמפקד הבכיר, מעל גורודיש. במכתב מביע בר-לב את הערכתו על פועלו של גורודיש "בתקופה גורלית זו". הוא מודה לו על שיתוף הפעלה ביניהם בזמן המלחמה. "בקיאותך היסודית בלוחמת השריון והערכתך הנכונה את האויב המצרי, תרמו רבות לניהול המלחמה ועל כך רצוני להביע לך את הערכתי. אני משוחרר בהרגשה כי הפיקוד נשאר בידיים איתנות והנני מאחל לך המשך שירות מוצלח", כתב בר-לב.
כעבור שבועיים הדיח דיין את גורודיש מפיקוד הדרום והגלה אותו למרש"ל.
הדוח הסופי של ועדת אגרנט (1975) המליץ כי גורודיש לא ימלא עוד תפקיד פיקודי רב-עוצבתי. הוא המשיך עוד קצת בצבא וסיים את דרכו. הוא נותר בודד והרגיש שעיר לעזאזל. רק תשע שנים קודם נשאו אליו עיניים בהערצה. נאומו בפני חייליו אחרי מלחמת ששת הימים נישא אז בפי כל: "אחיי גיבורי התהילה, הישרתם מבטכם אל המוות והוא השפיל מבטו".
גורודיש נולד בליטא, גדל בבית דתי-חרדי ולמד בישיבות. היה קצין קפדן וקשוח מאוד. העיתונאי רינו צרור כתב עליו כי "מאז בר כוכבא והחשמונאים לא היה בחור ישיבה שהפך לאלוף". אדם ברוך כתב עליו: "במלחמת ששת הימים, והוא בן 37, גורודיש, לימים האלוף שמואל גונן, היה יהודה המכבי החדש. הוא היה גיבור, הוא קרא לדרור, כל העם אהב אותו". בסוף שנות השמונים ברוך ערך עמו ריאיון במקום גלותו ברפובליקה המרכז אפריקאית, שם עסק, ללא הצלחה, בחיפוש יהלומים. לימים כתב אדם ברוך: "הוועדה הרשיעה את גורודיש. הדיחה אותו מחייו כאיש צבא. צררה בדמותו את כשל מלחמת כיפור. מאותו יום ועד למותו חי בקרבנו קין".