הסדרת מחצבה פיראטית שהקימו פלסטינים בשטח B והרחבתה לשטח C הנמצא בשליטה ישראלית עלולה לפגוע בישוב יהודי קדום באזור. ארגון "שומרים על הנצח" מתריעים מפני ההשלכות הצפויות - פגיעה בממצאים ארכיאולוגיים חשובים למקום שטרם הוכרו על ידי הרשויות.
מדובר ביישוב יהודי קדום מימי מרד בר כוכבא הממוקם בחירבת נעלן שבבנימין, כמה מאות מטרים מהיישוב כרם רעים וסמוך גם ליישוב נחליאל. בסקר שנערך על ידי ארכיאולוגים בעבר נמצאו בה עדויות ראשוניות לקיומו של יישוב יהודי אשר התקיים בתקופת בית שני עד מרד בר כוכבא, בהם מבנים תת קרקעיים, וכן אותרו בו קברי כוכים, שברי גלוסקמאות (קברים קטנים לשימוש משני לעצמות אדם) וכן מתקן ששימש ככל הנראה כמקווה טהרה. במקום נמצאו גם חרסים מהתקופות ההלניסטית והרומית הקדומה.
אך חרף העדויות לקיומו של היישוב היהודי הקדום, ועל אף שחלקו נמצא בשטח C תחת שליטה ישראלית, האתר טרם הוכר על ידי המנהל האזרחי וקמ"ט ארכיאולוגיה כאתר ארכיאולוגי. כאשר לטענת ארגון "שומרים על הנצח", הפועל לשמירה והגנת אתרי מורשת ביהודה ושומרון, הרשויות בישראל נמנעות מלפעול באתר מאחר ורוב שטחו ממוקם בשטח B, זאת למרות שחלקו נמצא בשטח ישראלי. בעת האחרונה, פועלת בסמוך לאתר מחצבה פיראטית ללא היתר. שמיועדת לאישור על ידי תמ"א 52, תוכנית מתאר לכרייה וחציבה שעלולה להגדיל מאוד את שטחה של המחצבה על אף החשש מפגיעה בסביבה ונכסי מורשת.
עדי שרגאי, מנהלת הפעילות של "שומרים על הנצח": "כשראינו את תוכנית המחצבות מצאנו שהשטח שאושר לחציבה הוא סמוך לאתר. אך להפתעתנו הוא איננו מסומן ומוכר במפות המינהל האזרחי, ולכן נאלצנו להביא בעצמנו ארכיאולוגים שיסמנו את גבולות האתר וגילינו שהוא כלול בשטח המיועד לחציבה. מדובר בהגדלה משמעותית של מחצבה שמספקת חומרים לבנייה בישראל, ומסתבר שאצל משרד הביטחון האינטרס הכלכלי גובר על האינטרס הארכיאולוגי. כך עוד אתר מורשת עומד להיפגע ולהיעלם, תוך עצימת עיניים שערורייתית של הרשויות. המינהל האזרחי שאמון על שמירת החוק לא מכיר באתר, לא עצר את המחצבה הפיראטית, ובסוף עוד נותן פרס לעבריינים ומקדם תכנית לחצוב אותו לחצץ. לזה קוראים מדינת עולם שלישי".
תגובת היחידה לתיאום פעולות הממשלה בשטחים: "הנושא מוכר למינהל האזרחי ומטופל על ידי גורמי המקצוע הרלוונטיים. בשנה האחרונה בוצעו במקום כמה פעולות אכיפה, לרבות החרמת כלים - כלי הנדסה וציוד הנדסי - שפעלו במקום ללא קבלת האישורים הנדרשים לכך".