הג'יהאד האסלאמי נערך להוציא אל הפועל תכנית מבצעית שכללה פשיטות לעבר שטח ישראל במהלך המבצע האחרון. לכן, מראשית מבצע "עלות השחר" הייתה דריכות רבה בפיקוד הדרום ובקהילת המודיעין לאפשרות שהזרוע הצבאית של הארגון, פלוגות אל קודס, תעביר לוחמים למנהרות של הארגון כדי לבצע פעולות התקפיות נגד צה"ל ואזרחי ישראל לאורך גבול רצועת עזה, וייתכן שגם בעומק שטח ישראל.
במהלך המבצע זוהו התרחשויות ופעילות סביב אחת המנהרות במרחב רפיח ובמערכת הביטחון העריכו שיש כוונה להכשיר אותה לפעולה. ביום ראשון שעבר, לפני הפסקת האש, נרשמה המתנה מורטת עצבים במערכת הביטחון והוחלט לתקוף את המנהרה כדי להסב לה נזק כבד. לצה"ל אין יכולת להשמיד במאת האחוזים מנהרה תת-קרקעית.
לאחר קבלת האישורים המתאימים, פיקד מרכז האש של פיקוד הדרום בהובלת מפקדו, אלוף אליעזר טולדנו, על תקיפת המנהרה התקפית. גורמי צבא הבהירו כי המנהרה שיצאה מרפיח לא חצתה לכיוון שטח מדינת ישראל אלא בסמוך לקו הגבול, שבו הוקמה בשנים האחרונות החומה התת-קרקעית נגד מנהרות.
בתחקורים שבוצעו בצה"ל בשבוע האחרון עולה כי מפקדי הזרוע הצבאית של הארגון התכוונו לבצע פעולות משמעותיות נגד צה"ל, במיוחד באמצעות פשיטות דרך מנהרות, אך מהמידע שהגיע לידי וואלה! עולה כי דרג השטח סירב להיכנס אל המרחב התת-קרקעי.
לפי הערכות בצה"ל, החשש של הארגונים בעזה מהמנהרות הוא תוצאה של אפקט שהחל במבצע "שומר החומות" שהתנהל במאי אשתקד. במהלך המבצע, צה"ל הראה שהוא מסוג לפגוע באמצעות חימוש חכם ישירות במנהרות שנחפרו בעומק של 20-30 מטר, בזמן שיש בהן מחבלים. בצפון רצועת עזה ובדרום הרצועה הותקפו שתי מנהרות התקפיות בעוד שיש בהן מחבלי חמאס.
גורם ביטחוני בכיר העריך כי על פי המידע שהתקבל במערכת הביטחון, "מכת ברק", התוכנית המבצעית לתקיפת תשתיות המנהרות של חמאס במבצע הקודם, פגעה פיזית אך בעיקר תודעתית בשימוש במנהרות. החשש של ארגוני הטרור הוא לא בהכרח מהחומה התת-קרקעית, אלא בעיקר מהפצצות החכמות שבצבא יודעים להטיל את נתיבי המנהרות בזמן שיש בהן מחבלים.