כמעט בכל יום דיונים בתיק 4000 יוצאות כותרות וציוצים 'דרמה בתיקי נתניהו' או 'תיק 4000 קורס'. מאחר ותיק פלילי בנוי ממארג רחב של עדויות וראיות, רוב הניצחונות של ההגנה והתביעה היו נקודתיים, והכותרות היו מוגזמות.
בסיום היום השני לחקירה הנגדית של עד המדינה שלמה (מומו) פילבר מטעמו של ראש האופוזיציה בנימין נתניהו אי אפשר לומר שהתיק קורס, אבל זהו בהחלט יום שהפרקליטות תעדיף לשכוח. סניגורו של נתניהו עו"ד בעז בן צור הראה כי לפי איכוני הטלפון ויומנו של ראש הממשלה, אחד האירועים המרכזיים בכתב האישום לא התרחש במועד שבו הוא מתואר, וההתפתלויות של פילבר בין גרסאותיו לפגישת הנחיה מצד נתניהו, שמבססת את הקשר של נתניהו לפעולות השוחד, ערערו את אמינותו של פילבר בעיני השופטים.
במוקד הדיון היום עמדה פגישת ההנחיה - אותה פגישה שלפי כתב האישום, נערכה "במועד לא ידוע, זמן קצר מאד לאחר אישור מינויו של פילבר", כלומר לאחר ה-7 ביוני, אז אישרה הממשלה את מינויו של פילבר למנכ"ל משרד התקשורת. לפי כתב האישום, "בפגישה זאת, מסר נתניהו לפילבר שאלוביץ' התלונן בפניו על אופן טיפולו של משרד התקשורת בנוגע לעסקיו, והנחה את פילבר לפעול במסגרת תפקידו כמנכ"ל המשרד באופן שיטיב עם אלוביץ". בעקבות פגישה זו טענה התביעה כי פילבר פגש את אלוביץ ואלי קמיר, כדי לקדם את אישור מיזוג בזק-יס.
ביום החקירה הראשון התמקד עו"ד בן צור בעדותו של פילבר ברשות לניירות ערך במסגרת חקירת בזק בשנת 2017, שם חזר פילבר ואמר שוב ושוב כי נתניהו לא הנחה אותו לפעול לטובת אלוביץ', וטען כי כל עדויותיו הקודמות במסגרת חקירות של הרשות לניירות ערך היו אמת, ועדותו במשטרה הייתה עדות משלימה. ההתמסרות של פילבר, כלשונה של התובעת יהודית תירוש, לשאלותיו של בן צור, סתרו למעשה גם את התיאור של הפגישה במהלך עדותו הראשית. שלשום שאל השופט משה בר-עם את פילבר: קיבלת הנחיה? ופילבר השיב לו "ברמה הזו לא. ברמה הכללית המערכתית - כן".
כאשר פילבר סיים את העדות שלשום והבין כי הוא מתח את החבל רחוק מידי, היום הוא ניסה לתקן את הרושם, והעלה מיוזמתו הסבר שיישב את הסתירות בין גרסאותיו. "כשמציגים פרשת שוחד חמורה, אמרתי כנראה אני לא הבנתי לא נכון. זה ההבדל בפרשנות של אותו אירוע. אותה תנועה שאז פירשתי אותה תוריד ממני את אלוביץ, זה לא מעניין אותי, עכשיו פירשתי הפוך". השופטת רבקה פרידמן פלדמן הגיבה בחריפות: "הפרשנות היא ההבנה שלך שכל אחד יכול לפרש את הדברים. גם אני יכולה לפרש את הדברים" - וביטאה את ההסתייגות של השופטים מכך שפילבר מפרש את המציאות, במקום להעיד דברים מפורשים.
אם אפשר לפתור את בעיית האמינות של פילבר עם עדים אחרים או להסביר אותה ברצונו לגונן על האדם איתו הוא עבד במשך עשרים שנה, הפרקליטות עומדת בבעיה יותר קשה בנוגע לעובדות המתארות בכתב האישום את פגישת ההנחיה. פילבר טען בחקירה כי הוא אינו זוכר מתי נערכה הפגישה, ויחד עם החוקרים הם הגיעו למסקנה כי היא נערכה בשבוע שלאחר מינויו לתפקיד מנכ"ל משרד התקשורת. בן צור הראה כיצד איכונים של הטלפון הסלולרי, מראות כי פילבר לא היה בלשכת ראש הממשלה בשבוע המדובר. עוד הוא הראה כי ביומני ראש הממשלה ומנכ"ל משרד התקשורת אין תיעוד לפגישה, והבדיקות נערכו לאחר הגשת כתב האישום, בפברואר 2020.
כעת הפרקליטות תצטרך להחליט האם לבקש לתקן את כתב האישום בשלב זה של המשפט, על ההשלכות המשפטיות הכרוכות בכך. אבל גם אם כתב האישום יתוקן, עדיין נותרות שאלות פתוחות: איך בתיק דגל של חקירת ראש ממשלה, המלווה בפרקליטים מהדרגים הגבוהים ביותר, לא ערכו את ההצלבות הבסיסיות של איכונים ויומן ראש הממשלה בזמן אמת, אלא בשלבים כל כך מאוחרים?