במערכת הביטחון החליטו להחריף את הענישה כנגד משפחות המחבלים, בנוסף להריסות הבתים, כדי לחזק את ההרתעה, ולהודיע לאלפי בני משפחה שלהם, במעגל קרוב ורחוק, על שלילת היתר עבודה בישראל. מקרובי משפחה שלא היו בעלי היתרי עבודה, נשללה קבלת היתר טיפול רפואי בישראל, ביקור בני משפחה בישראל ותפילות בהר הבית.
בהתאם למהלך, מנתוני צה"ל עולה שכנגד המשפחה של המחבלים שביצעו את הפיגוע באריאל, יחיא מרעי ויוסף עאצי, תושבי קרוואת בני חסן, הוצאו מניעות כניסה ל-215 מבני משפחותיהם. כנגד משפחתו של המחבל עבדאללה סרור, תושב חברון שניסה לבצע פיגוע באשקלון, הוצאו 42 מניעות לבני המשפחה. כנגד המחבל אדהם אלרוב, תושב ג'נין, הוצאו 138 מניעות לבני המשפחה. כנגד משפחתה של המחבלת מהא אלזעתרי, מחברון על ניסיון הפיגוע במערת המכפלה הוצאו 102 מניעות. כנגד משפחת המחבל רעד חזאםן מג'נין שביצע את הפיגוע בתל אביב הוצאו 58 מניעות וכנגד משפחת המחבל דיא חמארשה שביצע את הפיגוע בבני ברק הוצאו 78 מניעות. מבני משפחתו של המחבל מתקוע הוצאו 124 מניעות , כנגד משפחות המחבלים שביצעו פיגוע בשער שכם, תושבי רמאללה, הוצאו 137, וכנגד המשפחות של המחבלים שביצעו את הפיגוע באלעד הוצאו 206 מניעות. בסה"כ נשללה זכות כניסה לישראל מ- 1,100 פלסטינים.
גורם בכיר בצה"ל מסר כי עוצמת הענישה נעשתה בהתאם להערכת המצב שהתקבלה. "הדבר הזה נעשה אחרי חשיבה", אמר. "לא נאפשר לבני משפחותיהם של מחבלים שבחרו בדרך הטרור להיכנס למדינת ישראל לצרכי תעסוקה ומסחר. כל פלסטיני שחושב לבחור בדרך הטרור ידע שהפיגוע שהוא מבצע יפגע אנושות במשפחתו".
הגורם הבכיר אמר כי היום יש יותר מ-130,000 פלסטינים שקיבלו אישור ועובדים בישראל. הוא הוסיף כי ישנם 4,000 שוהים בלתי חוקיים בארץ נכון להיום, וכי היה מעדיף שיבואו להוציא אישור בצורה מסודרת ואף הדגיש, "הלוואי שכל שב"ח יקבל היתר ויילך לעבוד באופן חוקי. חלק מהחשיבה היא לצמצם שב"חים. לאפשר לכמה שיותר פלסטינים לקבל משכורת ישראלית מכובדת. האם בגלל זה אני צריך להתפשר על הביטחון? לא מסכים". בסך הכל יותר מ-4,000 מניעות כניסה לישראל הוצאו לפלסטינים במהלך מבצע "שובר גלים".