במשרד המשפטים מאשימים את קק"ל כי העבירה כספים לגופים בעלי זיקה פוליטית, בהמשך לדוח ביקורת שהצביע על פגמים בהתנהלות החברה בין השנים 2017-2014. בנוסף מעלים ממצאי הביקורת, כי בחברה הועסקו עובדים שהיו בעלי זיקה פוליטית לנושאי משרה בכירים בחברה. בעקבות הדוח נקבע כי תיקון ליקויים אלה בקק"ל יבוצע בליווי גורם מלווה, שימונה על ידי משרד המשפטים.
ממצאי הביקורת העלו כי נפלו פגמים מהותיים בהתנהלות החברה, ובין היתר - כי החברה העבירה כספים לגופים שונים, בעלי זיקה פוליטית לנושאי משרה בחברה, שלא לשם קידום מטרותיה, מבלי שהיו לה באותה עת נהלים וקריטריונים סדורים להעברת הכספים, במסגרת חסויות או שיתופי פעולה. בין היתר צויין כי קק"ל העבירה לליכוד העולמי כ-2.44 מיליון שקלים בשנת 2017, שהיוו יותר ממחצית מהכנסות עמותת הליכוד העולמי לשנת 2017.כמו כן צויין כי קק"ל העבירה כספים לעמותת בני ציון התאחדות ש"ס לפעולות בגולה. קק"ל העבירה אל בני ציון סך של כ-130 אלף שקלים בשנת 2015 ובשנים 2016-17 כ-200 אלף שקלים.
קק"ל העבירה לביתנו עולמי סכומים שנעו בין 190 אלף שקלים בשנת 2014, שהלכו ותפחו לסכום של כחצי מיליון שקלים בשנת 2017. בדו"ח צוין כי "בשנים 2016-2017 עיקר הוצאות העמותה היו הוצאות שכר, ובעיקר- הוצאות מנכ"ל העמותה". לעמותת מרכז עולמי-התנועה הציונית המסורתית הועברו כחצי מיליון שקלים, יותר מאשר סך כלל הוצאותיה של העמותה על פעילות לשנת 2017.
הדו"ח מפרט את הסכומים שקק"ל העבירה כנותנת חסות לשתי ועידות של קבוצת "ידיעות אחרונות", שעמדו על כ-1.2 מיליון שקלים. בתחילה המימון לכנס היה אמור להיעשות בפעולה משותפת עם ידיעות אחרונות, שמחייבת חלוקת רווחים כתוצאה מהכנס, אך הוא הובא לאישור ועדת ההתקשרויות כחסות בלבד - דבר שקק"ל לא עשתה עם גופים פרטיים ובסכומים כאלו, אלא בסכום של עד 50 אלף שקלים. למרות התנגדות סמנכ"ל הכספים, החסויות אושרות. "הממצאים הללו מעלים שהחברה הוציאה סכום עתק, בניגוד לנהליה הרגילים, מבלי שעמדה על זכויותיה ומבלי שיש בכך כדי לקדם את מטרותיה, כאשר המנגנונים הרגילים בדבר אישור התקשרויות "מנוטרלים" מסמכויותיהם, והופכים למעשה לחותמת גומי." נכתב בדו"ח.
חסות נוספת, בסכום נמוך בהרבה, היתה לעלון 'שיחת השבת' המחולקת בבתי כנסת מטעם קרן ברל כצנלסון. קק"ל נתנה חסות בסך של 37 אלף שקלים. לפי הדו"ח, הפקת העלון בוצעה בפועל, בעבור קרן ברל כצנלסון, על ידי מר י.מ, שהוא פעיל פוליטי בולט של מפלגת העבודה. "מדובר בניגוד עניינים" נקבע בדו"ח "עולה חשש כי החסות שהוענקה למטרה זו, הוענקה למעשה שלא לשם קידום מטרות החברה, אלא מתוך שיקולים זרים, ובין היתר בשים לב לבעלת השליטה המרכזית במבקשת החסות, ולזהותה הפוליטית, כמו גם ייחוסו הפוליטי של מבצע ההתקשרות בפועל".
שיתוף פעולה נוסף של קק"ל שעל פניו נראה תמים - העברת 250 אלף שקלים לשיתוף פעולה עם עמותת בית לוחמי הגיטאות ע"ש יצחק קצנלסון, עבור עריכת טקס נעילת יום הזיכרון לשואה ולגבורה. עוד הועברו מיליון שקלים לתיאטרון גשר, 50 אלף שקלים לפסטיבל מספרי סיפורים חולון - אירוע של חברת פרטית, מאה אלף שקלים לחסות לפסטיבל הזמר ערד תמורת הקרנת סרטון של קק"ל לפני כל מופע. "בהתאם לתזכיר החברה שהיה בתוקף במועד הרלוונטי, חינוך לא היה אחת ממטרות החברה המוגדרות. בנוסף, העובדה שמדובר באירועים בפריפריה אינה הופכת באופן אוטומטי את המיזם לכזה המקדם את מטרות החברה" נכתב בדו"ח הביקורת.
עוד תקצבה קק"ל את מוזיאון הטרקטור בעין ורד בסכום של חצי מיליון שקלים בשנים 2014-2015, למרות שכלל הוצאות המוזיאון עמדו על 590 אלף שקלים ו-640 אלף שקלים (בהתאמה). כלומר קק"ל מימנה כ-80% מהוצאות המוזיאון. קק"ל אף התחייבה להעביר 5.5 מיליון שקלים להקמת מוזיאון להנצחת פלוגות הכותל, שהקימה עמותת המרכז למורשת ירושלים על שם זאב ז'בוטינסקי. קק"ל העבירה בפועל כשני מיליון שקלים, ללא פיקוח ובקרה, כאשר חלק מההוצאות, כמו שיווק ופרסום בסך של מאות אלפי שקלים, הוצאו שלוש שנים לפני שהמוזיאון הוקם.
בנוסף נמצא כי הועסקו בחברה עובדים שהיו בעלי זיקה פוליטית לנושאי משרה בכירים בחברה. לפי הדוח, נראה כי מנגנון בחירת דירקטוריון החברה ונושאי התפקידים בו, הוא מנגנון "בעל מאפיינים פוליטיים, ומביא לנורמות בעייתיות שהושרשו בחברה, והוא שהביא להתנהגויות שמהוות הבסיס לממצאים שבדוח". כך העסיק עטר את ירון אוחיון, לשעבר מנכ"ל החברה הכלכלית של מועצה אזורית גלבוע, כיועץ מנכ"ל בשכר של כ 28 אלף שקלים בחודש, ובהמשך עטר קידם אותו לתפקיד מנהל מנהלת פיתוח קרקע- אחד משלושת התפקידים הבכירים ביותר בקק"ל. במקרה אחר הועסק שותפו העסקי של בנו של עטר כיועץ ליו"ר במשרת אמון בשכר של 23 אלף שקלים בחודש.
עוד הועסקו בקק"ל פעילים במפלגת העבודה, יו"ר התנועה הרפורמה ירון שביט הועסק כפרויקטור "חזון קק"ל", בן של פעיל אחר כ "רכז דו קיום בגליל". בדו"ח מתוארת שיטת ההעסקה של עובדים עם קשר פוליטי או אישי: "גיוס בתחילה באמצעות חברות כח אדם, ולאחר מכן קליטת אותו עובד בחברה, מבלי שנדרש הליך מכרזי, וכאשר למעשה הליך הק נכתב בדו"ח. ליטה באמצעות חברת כח אדם, משמש בפועל כמסלול "עוקף" להליכי גיוס תחרותיים".
לנוכח הממצאים הנוקבים המפורטים בדוח, שהיו עשויים לבסס עילת פירוק בשווי מיליארדי שקלים, הביעה קק"ל נכונות להליך תיקון ליקויים מרחיק לכת. במסגרת הליך התיקון, שחלקו אף החל להיות מיושם, משרד המשפטים ימנה מלווה לקק"ל, שילווה את התהליך הדרוש.
בשנים האחרונות קיימה יחידת רשם העמותות והחל"צ ברשות התאגידים, באמצעות משרד רו"ח כהן וסלובודיאנסקי, הליך ביקורת עומק בקק"ל. להליך זה ישנה חשיבות ניכרת, זאת לנוכח תפקידה המשמעותי של קק"ל במשק הישראלי מזה עשורים רבים, עוד קודם להכרזה על הקמת מדינת ישראל, ולנוכח רישום קק"ל כחברה לתועלת הציבור בשנת 2014.
עו"ד קארן שוורץ, רשמת ההקדשות במשרד המשפטים מסרה בתגובה כי "התנהלות תקינה של עמותות וחברות לתועלת הציבור, כגופים ציבוריים שנועדו לקדם מטרות ציבוריות, היא בעלת חשיבות ניכרת למגזר שלישי איתן ולחוסנה של החברה האזרחית בישראל. הליכי הפיקוח נועדו לשרת אינטרס זה. בעניינה של קק"ל, שהיא בעלת מסורת ארוכת שנים של פעילות ציבורית ענפה, בישראל ובתפוצות, ואף ניכרת השפעתה העצומה על המרחב הציבורי בישראל, האינטרס הציבורי לקיום ביקורת מעמיקה מתעצם עוד יותר.
"הממצאים הנוקבים שנמצאו בהתנהלות קק"ל מחייבים הסדרה, ועל כן יפעל הרשם אל מול החברה, תוך הנחייה וליווי הגורמים הרלבנטיים בחברה, כדי להביא לתיקון הליקויים במלואם ושיפור התנהלות החל"צ. לצד זאת נבקש לשבח את קק"ל על קיומו של דו-שיח שוטף ופורה, אשר הביא עד כה לתיקון ליקויים מסוימים ויביא לתיקון הליקויים הנוספים שנמצאו בחברה וישפרו התנהלותה".
מקק"ל נמסר בתגובה כי "הדו"ח שהוגש היום ע"י משרד המשפטים מתייחס לשנים עברו, טרם תחילת כהונת הדירקטוריון הנוכחי, ובמהלך שנים אלו כבר פועלת קק"ל לתקן את הליקויים שנתגלו. מעבר לכך, קק"ל תלמד את הדו"ח באופן מעמיק ויסודי ותפיק את הלקחים הנדרשים, כפי שהחלה לעשות כבר בזמן תהליך הביקורת ובהתאם לטיוטות שנמסרו. אנו שמחים על כך שהדו"ח הסופי ירד לעומקם של דברים, ראה את הרצינות שבה טיפלה קק"ל בדברים שעלו תוך כדי והגיע למסקנות הנכונות. אנו מודים לרשמת העמותות וההקדשות, עו"ד קארן שוורץ, ולצוותה על ביצוע ביקורת הוגנת תוך שיתוף פעולה עם קק"ל ובשיח רציף מתוך רצון אמיתי להביא לתיקון הליקויים הנדרשים".