נוסעים רבים דיווחו הבוקר (חמישי) על עומסים בתחנות הרכבת ועיכובים בתנועה בעקבות שינויים בפעילות הקווים. מקורם בעבודות להתאמה בין גובה הרציף בתחנות לגובה הקרונות החדשים. במסגרתן, נסגרו חלקית לשירות תחנות תל אביב האוניברסיטה, השלום וסבידור מרכז, ובחלקן אין אפשרות להעביר את כמות הרכבות הרגילה בשל העבודות. החל מ-22:00 ייסגרו התחנות הללו עד יום שישי בבוקר.
בתחנת הרכבת בהרצליה, שנאלצה להפוך למוקד החלפת קווים, המצב היה החמור ביותר. התחנה אינה ערוכה לקלוט כמויות נוסעים גדולות בבת אחת, וכעת נאלצת להחליף למעשה את תחנות תל אביב המרכזיות ביותר, וביום חמישי שנחשב לעמוס יחסית. הצפיפות על הרציפים בעלייה ובירידה מהרכבות מביאה לתורים הנמשכים לאורך הרציפים ואף למדרגות המובילות אליהם. בחלק מהמקרים בבוקר - גם בגשם.
קווים אחרים כמו אלו של אשקלון וראשון לציון-הרצליה פוצלו כך שהם עובדים בין תחנות אשקלון לתל אביב ההגנה ובין בני ברק להרצליה - ללא תחנות תל אביב. רכבות אחרות לא מושפעות מהשינויים בהן קו באר שבע נתניה, בית שמש נתניה.
לרשות הנוסעים העמידה הרכבת שאטלים חינמיים בין תחנת הרצליה לסבידור, שבסמוך אליה נמצא מסוף התחבורה הציבורית, השלום וההגנה.