במפקדת אלון עובדים במרץ במטרה להדביק את יכולות ההתפשטות של וריאנט אומיקרון, אך גם שם מבינים כי למדינת ישראל אין כרגע יכולת לשלוט בכל האירוע. המעבדות היו צוואר הבקבוק של הדיגום והבידוק מתחילת המגיפה. לישראל יש יכולת מוגבלת מאוד בנושא הזה, לעומת הדיגום שיכול לגדול.
לדוגמא: אתמול נערכו 250 אלף בדיקות PCR ועוד 200 אלף בדיקות אנטיגן, אולם זמן קבלת התוצאה התארך מ-24 שעות ל-36 שעות. בימים כתיקונם, במפקדה היו קונסים את המעבדות אם הן לא עומדות ביעד של 24 שעות, אך נראה שבשלב הזה אין ברירה.
לפני כחודשיים, כשווריאנט אומיקרון התגלה לראשונה בישראל, המדיניות היתה 'לקנות זמן' עד שנלמד את איכויות הזן החדש. בזמן הזה מדינת ישראל היתה צריכה להיערך להגדיל את היכולות שלה, לאחר שהבינה את כמויות ההדבקה הצפויות. אך גם בשלבים המוקדמים הוחלט לא להגדיל את יכולות הבידוק ולא לפתוח מעבדה נוספת. ההנחה הייתה שנגיע לקצה גבול היכולת, כמו שקורה כעת, ושתהיה מדיניות שונה לגבי הבדיקות, כמו שהוכרזה על ידי משרד הבריאות, לפיה רק אוכלוסיות בסיכון זכאיות לבדיקה המהימנה ביותר - PCR.
באף מדינה בעולם לא נאסר על האזרחים להיבדק בבדיקה היחידה שנותנת את התוצאה הטובה ביותר, וזאת למרות שמדינות רבות מתמודדות עם שיאי הדבקה שלא נראו מתחילת המגיפה. ישראל היא יוצאת דופן בניהול הזה, ומכאן הביקורת הגדולה. לאסור על אזרחים לקבל בדיקה רפואית מהימנה - זה המחדל.
בכירים במפקדת אלון מסכימים שזה מצב לא תקין: "אם היו מעבירים אלינו כספים היינו יכולים להקים עוד מעבדה, אפילו תוך חודש. אבל יש בעיה תקציבית בגל הזה ואנחנו צריכים לנהל סיכונים באופן המיטבי ביותר". הביקורת של הבכירים נשמעת היטב, והם מנסים להוציא את המיטב מהמצב הקיים. "ישראל לא צריכה להתנהל כך וכל אדם צריך להיות זכאי להיבדק", מסכמים הבכירים.
למרות זאת, במפקדת אלון ניצלו את הזמן לכמה משימות חשובות. בראש ובראשונה - תגבור מערך מגן אבות ואימהות. הבידוק הרציף שנערך במוסדות לגיל השלישי ומוסדות הרווחה הראה ש-63% מהמאומתים הם אנשי צוות שמייבאים איתם את הנגיף, וכך היה ניתן לשמור על המטופלים במוסדות. לקראת שיא הגל, במפקדת אלון נערכים לכמויות גדולות של חולים קשים.
מוקד החקירות האפידמיולוגיות יהיה על צוותי רפואה כדי לשמור על רציפות טיפולית ולהימנע מהשבתת מערכת הבריאות כתוצאה מבידוד המוני של צוותים רפואיים. מוקד נוסף יהיה קבוצות בסיכון. המשמעות היא שרוב האזרחים לא יהיו חלק ממערך החקירות, ובנוסף לא יהיו חקירות במוסדות חינוך. מי שיערוך את רוב הבדיקות יהיה ה'בוט הדיגיטלי' של משרד הבריאות, שעל פי הנתונים מסיים בהצלחה 50% מהחקירות. במפקדה גם נערכים לתרחישים של הזרמת כח אדם של חובשים ופרמדיקים צבאיים לבתי החולים כדי לתגבר את הכוח במחלקות הקורונה.