למרות הערפל הרב סביב התפשטות זן האומיקרון ורמת התחלואה הנמוכה בו, החליטו בצה"ל להחמיר את הנהלים כדי למנוע את כניסתו לשורות הצבא. כצעד ראשון הוחלט כי חיילים ומפקדים שמתכוונים לטוס למדינות אדומות יהיו חייבים לקבל את אישור ראש אגף המבצעים (אמ"ץ) במטה הכללי האלוף עודד בסיוק.
קצין בכיר בחיל הרפואה הודיע כי רק בקשות לצורך מבצעי ישקלו, ואם יתקבל אישור, יעברו לבחינה מחודשת במשרד הבריאות. עוד אמר הקצין כי לפי שעה אין חייל צה"ל שנדבק בזן הקורונה החדש, אך כדי להקדים התפרצות אפשרית, הוחלט על צמצום התכנסויות בחללים סגורים עד ל-50 חיילים. בהתאם לכך, ההחלטה עודכנה בפקודת אמ"ץ.
במסגרת ההיערכות לגל חמישי וחיסון רביעי בשנת 2022 הוחלט בחיל הרפואה לחדש את מלאי החיסונים ולרענן את השימוש באפליקציה לחובשים ופרמדיקים, שמאפשרת שליטה ובקרה להעברת נתונים על מתחסנים בשטח ברחבי הארץ.
בנוסף לכך, הוחלט לשלב "בוטים" בניטור החיילים ואיתור תסמיני קורונה של הזן החדש. הקצין הבכיר הסביר כי ה"בוטים" אינם מהווים תחליף לחקירה אפידמיולוגית, אלא נועדו לסייע באיתור וזיהוי של תסמינים, מוקדי התפרצות אפשריים ואזורים הנדרשים לטיפול רפואי מהיר ומיוחד. לדבריו, זן האומיקרון מדבק פי חמישה מזן הדלתא, אך לפי המחקר האחרון הוא אינו מחמיר במהירות את מצבו הרפואי של החולה. עד היום רוב הנדבקים, בהם שני רופאים, סובלים מתסמינים קלים בלבד.