12% מחיילי צה"ל המשרתים בסדיר ובקבע סירבו עד כה להתחסן נגד נגיף הקורונה. בצה"ל אישרו כי נעשה סינון בין מחוסנים ללא מחוסנים לפני פעולות מסוימות: "בסיטואציות מבצעיות בודדות (פעילות מיוחדת) משתתפים לוחמים מחוסנים בלבד". טרם נקבעו פקודות או נהלים צבאיים מסודרים ביחס לסרבני חיסון והשתתפותם בפעילות צבאית סדירה.
על אף ההצהרות בצה"ל בנוגע ליחס הראוי והמכובד לו זוכים חיילים ומפקדים שמסרבים להתחסן נגד קורונה מסיבות שונות, חלק מן המסרבים לחיסון דיווחו על "התעמרות שקטה" מצד המפקדים והסביבה הקרובה ביחידות השונות, בעיקר בקורסים ובטירונות.
בעיצומו של מחזור גיוס אוגוסט 2021, מתגייסים לצה"ל מועמדים ליחידות שונות, שחלקם לא התחסן בגלל החשש מעצם הזריקה או עקב ההשלכות של חומר החיסון עצמו. בבסיס הקליטה והמיון הוסבר כי הוצע לחיילים להתחסן, ומי שסירב לכך הועבר בכל זאת אל בסיסי הטירונים, ומשם לשלב הבא - עיר הבה"דים בנגב כדי להתחיל את ההכשרה המקצועית.
לפי עדויות הורי חיילים, ההתייחסות לחיילים שלא התחסנו היא לא אחידה, וכוללת חוסר סבלנות וריחוק פיזי. חלקם אף מתבקש לעמוד בצד בפעילות שדורשת צפיפות חיילים במבנה או במשימות משותפות בחלל סגור. עוד סיפרו הורים כי בחלק מהמקרים רמזו המפקדים לחיילים כי לא יוכלו לצאת בעתיד למשימות מבצעיות או אף להתקדם בשלבי הקורס והענקת הדרגות - אם לא יתחסנו. האווירה שנוצרה סביב אותם חיילים שלא התחסנו גורמת ללחץ קבוצתי, לעתים "שיימינג" המתפרש כהתעמרות, למרות שהמפקדים נדרשים לשמור על חיסיון רפואי של החיילים.
בעיר הבה"דים דווחו בחצי השנה האחרונה כמה מקרי התעמרות שטופלו במהירות על ידי הפיקוד הבכיר, אך בחלק מהמקרים העידו החיילים על "השתקת" המקרים. למעשה, טוענים החיילים כי אין פקודה ברורה ואחידה כיצד להתייחס אל הלא-מחוסנים בשגרה, ומפקדים רבים "עושים דין לעצמם" בסוגיה זו, המהווה בעיה רוחבית בצה"ל.
מדובר צה"ל נמסר כי 88% מכלל המשרתים בצה"ל, חיילים בסדיר ובשירות קבע, הם מחוסנים או מחלימים. עוד נמסר כי "צה"ל מעודד את משרתיו להתחסן מבחירה ומנחה את המפקדים להדגיש את יתרונות החיסון ובטיחותו באמצעות הסברה. החיסון מוצע למשרתים באופן קל ונגיש, החל משלב הגיוס, במטרה לעודד את המתגייסים הטריים להתחסן וכן לאורך כל השירות. צה"ל רואה חשיבות רבה בביצוע החיסונים בקרב משרתיו על מנת לשמור על הכשירות המבצעית ורציפיות התפקוד. משרתי צה"ל אינם מחוייבים להתחסן, אך קיים שיח מעודד בנושא בכלל יחידות הצבא. נדגיש כי חייל המצהיר שלא מעוניין להתחסן נגד הנגיף, לא יישפט או ייענש".