גנרל נאצי שפיקד על גירוש עשרות אלפי יהודים למחנות השמדה עבד עבור המערב לאחר מלחמת העולם השנייה, וזכה לחסינות - כך חושפים מסמכים ארכיונים שפורסמו על ידי שירות הביון הגרמני BND. לפי המסמכים שהגיעו לרשת השידור הציבורית בגרמניה ARD וניו יורק טיימס, פרנץ יוזף הובר, שפיקד על הגסטפו בווינה, מטה המשטרה החשאית הנאצית השני בגודלו אחרי זה בברלין, היה ברשימת המבוקשים של ארצות הברית.
כשבעלות הברית כבשו את שטחי הרייך המתפורר, הובר נתפס על ידי כוחות אמריקניים במאי 1945, החודש שבו נכנעו הנאצים. הוא נעצר במשך כשלוש שנים, אך צבא ארצות הברית שחרר אותו ב-1948 אחרי ששיתף פעולה בחקירותיו והוא ניצל מהעמדה לדין על פשעי מלחמה.
לאחר מכן, הוא גויס על ידי שירות המודעין של גרמניה המערבית והועסק על ידו מ-1955 עד 1967 לצורך גיוס סוכנים במזרח גרמניה ואירופה הקומוניסטיות. בודו הכלהאמר, היסטוריון של ה-BND, אמר ל-ARD כי בזמן המלחמה הקרה, "הם כמובן חיפשו אנטי-קומוניסטים נוקשים, ולרוע המזל, הם חיפשו יותר מדי פעמים, וגם מצאו, אנשים כאלו בקרב נאצים לשעבר".
באוסטריה, שסופחה על ידי אדולף היטלר ב-1938, הובר עבד בצמוד עם אדולף אייכמן, שהקים את הלשכה המרכזית להגירת יהודים שהייתה אחראית על גירושם למחנות. אחד מתפקדיו של הובר כראש הגסטפו בווינה היה שילוח מנהיגי הקהילה היהודית למחנה הריכוז דכאו הסמוך למינכן. לפני המלחמה ועליית היטלר לשלטון, הובר היה קצין משטרה בכיר במינכן ואף עקב אחרי פעולות המפלגה הנאצית, עד שהפך לאחד מחבריה.
כ-65 אלף יהודים אוסטרים, רובם תושבי וינה, נרצחו בשואה. בעוד שאייכמן נתפס על ידי סוכני מוסד בארגנטינה לאחר המלחמה והוצא להורג בישראל ב-1962, הובר לא שילם על פשעיו. כוח הגסטפו שעליו פיקד מנה כ-900 איש, וכ-50 אלף איש נחקרו באכזריות במטה המשטרה החשאית במלון מטרופול בווינה. המלון, שהיה אחד האתרים המפוארים של וינה לפני תפיסתו בידי הנאצים, פוצץ על ידי הצבא האדום בעת כיבוש העיר ב-1945.
צבא ארצות הברית היה מודע לפשעיו של הובר, ולא בכדי הוא היה בין רשימת המבוקשים שלו. אין בנמצא רישומים על השנתיים הרשונות שלו במעצר, אך במזכר שכתב אחד מחוקריו האמריקנים במאי 1947 הוא טען כי הובר היה "שוטר הוגן שפעל ללא משוא פנים וביצע את עבודות המשטרה ללא הטיה מפלגתית או גזעית או דעות קדומות". הוא אף תיאר את הגנרל הנאצי כמי שלא היה תומך נלהב של האידיאולוגיה הנאצית וכינה אותו אדם "אמין ונאמן".
חודש לאחר מכן, מפקד מחנה המעצר האמריקני הביע "הערכה רבה לחריצות ולשיתוף הפעולה" של הובר, ששוחרר במרץ 1948. מפקד הגסטפו של וינה סיפר בחקירתו כי הוא ביקר בכמה מחנות ריכוז, כמו דכאו וזקסנהאוזן שבגרמניה ב-1936 ובמטהאוזן שבאוסטריה ב-1939, אך הוא טען כי "מעולם לא ראיתי שום אכזריות שם, וכי החוק האנושי תמיד נשמר במידה הגבוהה ביותר". במציאות, האסירים במחנות הללו - שעליהם נמנו יהודים ומתנגדי משטר - הוכו, הורעבו ועונו על ידי שומרי ה-SS, ומעטים מהם שרדו.
תמונות מארכיון המדינה הגרמני הראו כי הובר ביקר מאוטהאוזן גם ב-1941, לצדו של מפקד ה-SS היינריך הימלר. מינהל הכיבוש האמריקני בשטחים שנכבשו מידי הנאצים סירב לבקשת אוסטריה להסגיר את הובר לאחר שחרורו, והאיץ בגרמניה להעביר אותו את תהליך הדנאציפיקציה.
הובר יצא לגמלאות ב-1967, אחרי שהביון המערב גרמני הגיע למסקנה שהמשך הפעלתו תסכן את השירות. ב-BND רצו לפטר אותו עוד קודם לכן, אך לא הייתה להם עילה מספקת, והוא היה בחופשה בתשלום במשך שלוש שנים. הוא נהנה מקצבת פנסיה של עובד ציבור, ואף עבד בחברת ציוד משרדי בעיר הולדתו מינכן, עד מותו בגיל 73. הוא מעולם לא הסתיר את שמו המקורי.