ראש הממשלה, אריאל שרון, לא החזיר עד היום תרומות בסך 1 מיליון שקל שמבקר המדינה קבע כי נתקבלו באופן לא חוקי כך פורסם הבוקר ב"ידיעות אחרונות". המדובר בכספים שהגיעו לחברת "שלום עם ירושלים", שהקימו מקורבי שרון לפני בחירות 2001. בין התורמים לחברה: אנשי העסקים משולם ריקליס וסמי שמעון. מקורביו של שרון, שפעלו להקמת החברה, הסבירו כי לא החזירו את הכספים של "שלום עם ירושלים" בנימוק שהעניין נמצא עדיין בחקירת משטרה. זאת, על אף שתרומות בסך 4.7 מיליון שקל של "אננקס מחקרים" הוחזרו לתורמים בעיצומה של חקירת המשטרה.
מבקר המדינה, השופט בדימוס אליעזר גולדברג, חקר את פעילות החברה. שרון אמר לגולדברג כי הוא בעצמו גייס את הכספים כדי להשתמש בהם למקרה שיהיה צורך לנהל מאבק פוליטי נגד החלטה על חלוקת ירושלים. המבקר לא קיבל את הטענה, וכתב בדו"ח הביקורת שלו: "רק משום שבכספים לא נעשה שימוש, רואה אני לא לייחס במקרה זה את הכספים כתרומה לליכוד, ואסתפק הפעם באזהרה כי פעילות זו אסורה".
מבנק לבנק
נוסף על כך, באוגוסט 2001, זמן קצר לאחר חקירתו של ראש הממשלה אצל מבקר המדינה, הורה עמרי שרון, בנו, להעביר את כספי החברה מסניף בנק אוצר החייל בתל השומר לסניף בנק לאומי בתל אביב. עו"ד גיורא אלדן, בעל מניות בחברת "שלום עם ירושלים" אישר כי הכספים הועברו מחשבון לחשבון וכי הם לא הוחזרו לתורמים.
ממשרד ראש הממשלה נמסר כי שרון השיב למבקר ובחקירתו במשטרה תשובה מפורטת על כל הידוע לו בעניין זה. ממשרד מבקר המדינה נמסר כי גולדברג הסתפק באזהרה ובקביעה כי פעילותה של "שלום עם ירושלים" היא אסורה. העונש המרבי בגין עבירה מסוג זה הוא תשלום קנס כפול מגובה התרומה לאוצר המדינה.