במערכת הפוליטית מתחו ביקורת על הגשת כתב החשדות היום (חמישי) נגד המעורבים בפרשת הצוללות בגין שוחד והפרת אמונים ואף קראו להקים ועדת חקירה לבדיקת הנושא. "כמי ששירת 38 שנים במערכת הביטחון, לא האמנתי שאשמע את המילים שחיתות וביטחון ישראל נאמרות ביחד", אמר יו"ר כחול לבן, בני גנץ בתגובה לכתב החשדות. "עוד יום עצוב".
מוקדם יותר הודיע הפרקליטות למעורבים בפרשת הצוללות בהם מפקד חיל הים לשעבר אליעזר מרום צ'ייני ומיקי גנור כי יואשמו בשוחד בכפוף לשימוע. כמו כן מקורבו של ראש הממשלה, בנימין נתניהו עורך הדין דוד שמרון יועמד לדין באשמת הלבנת הון. במרכז תיק 3000 עומדות עסקאות בשווי מיליארדי שקלים לרכישת צוללות וכלי שיט עבור מדינת ישראל מהתאגיד הגרמני "טיסנקרופ" (Thyssenkrupp). על פי כתב החשדות, העסקאות המדוברות הושפעו מהצד הישראלי על ידי שורה של אנשי ציבור וקצינים בכירים במיל' שביצעו עבירות של שוחד, מרמה והפרת אמונים, וביקשו לגזור לעצמם קופוני עתק.
שר הביטחון לשעבר ח"כ משה (בוגי) יעלון (כחול לבן) הבטיח כי מפלגתו תקים ועדת חקירה בנושא. "אמרתי ואומר גם היום - פרשת רכש הצוללות וכלי השייט היא פרשת השחיתות החמורה ביותר מקום המדינה, בתחום הביטחון. ממשלה בראשות 'כחול-לבן' תקים ועדת חקירה שתכליתה חשיפת האמת בנושאים שלא נבדקו עד תום בכלל, ולגבי נתניהו בפרט (כמו אישור מכירת צוללות מתקדמות למצרים, תוך הסתרה משר הביטחון והרמטכ"ל). מוגשים כתבי אישום חמורים נגד המקורבים ביותר לנתניהו, והוא לא ידע? השאלות ששאלתי את היועמ"ש לממשלה בנובמבר 2018, בתום חקירת המשטרה, עדיין נותרו ללא מענה".
חבר הכנסת ח"כ איציק שמולי, יו"ר סיעת העבודה-גשר, אמר כי ישנן שאלות שעודן פתוחות בפרשה. "פרשת הצוללות שבמרכזה עסקה מלוכלכת של סחר בביטחון הלאומי עבור בצע כסף מזעזעת ולא נותנת מנוח. העובדה שגם סביבתו הקרובה של נתניהו הייתה חלק מזה מטילה צל כבד על תפקודו כראש הממשלה. ישנם רבדים נוספים שעוד נידרש בעתיד לרדת לעומקם במסגרת ועדת חקירה ממלכתית כדי לתת מענה לשאלות נוקבות שעודן פתוחות ומטרידות את הציבור".