חשש מהרעה ביחסים ההדוקים בין צה"ל לבין הפנטגון, בגלל מחדל של המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים, מעיב בשבועות האחרונים על אווירת המגעים שבין צמרת צה"ל לבין ראש המוסד יוסי כהן. אף ששיתוף הפעולה המבצעי והמודיעיני בין שני הגופים לא נפגע, מאשימים בצבא את המוסד כי ליקויים בתפקודו מאיימים על הרקמה העדינה של הקשרים עם המערכת הביטחונית האמריקנית בוושינגטון ובאזור.
צה"ל הוא הגורם הבכיר בקהילת הביטחון והמודיעין בישראל, מתוקף אחריותו הכוללת להתכוננות למלחמה ולניהול המערכה בין המלחמות (מב"ם), בפיקודו של הרמטכ"ל. לכך נוספת מתכונת האחריות על המזרח התיכון בפנטגון, המתמקדת בפיקוד המרכזי (CENTCOM). מפקד CENTCOM, הכפוף לשר ההגנה ומתואם בידי המטות המשולבים (מטו"ם, במינוח הישראלי), פועל ממטה בפלורידה, עם מפקדה קדמית בקטאר. הוא מופקד על המזרח התיכון כולו - מצרים, ירדן, לבנון, סוריה, עיראק, איראן, סעודיה, מדינות המפרץ ואפגניסטן - למעט ישראל, השייכת במפה האמריקנית לפיקוד אירופה, EUCOM, שמפקדו הוא גם מפקד כוחות ברית נאט"ו.
בין ראשי המטה הכללי של צה"ל לבין מקביליהם בראשות מטו"ם ומפקדי CENTCOM, EUCOM ופיקוד הכוחות למבצעים מיוחדים (SOCOM) שוררים יחסים מקצועיים ואישיים מצויינים, הכוללים פגישות תכופות בהרכבים שונים. המגע היומיומי מתוחזק בצה"ל באמצעות אגפי המבצעים והתכנון והנספח הצבאי בוושינגטון. במטכ"ל מייחסים לנספח היוצא, אלוף מיקי אדלשטיין, תרומה משמעותית להידוק היחסים עם הפנטגון. אדלשטיין עומד לסיים את החפיפה עם הנספח הנכנס, אלוף יהודה פוקס, וממתין לשיבוץ בכיר, כאלוף פיקוד או כראש אגף, עם שובו הביתה.
המוסד, באמצעות מגעי ראשו עם נציג ה-CIA בתל-אביב וראש מוקד המוסד בשגרירות בוושינגטון עם משרד הקישור לישראל במטה ה-CIA, ולעתים בקשר ישיר בין כהן לבין ראשת סוכנות הביון ג'ינה הספל, קנאי לבלעדיות בערוץ זה. בשנים קודמות התגלעו מתחים בין ראשי המוסד לבין נספחים צבאיים או ראשי אמ"ן שהעזו לקיים מגע עצמאי עם בכירים ב-CIA. אחד הגורמים למתחים אלה הוא חוסר האיזון בין המערכות: בישראל, צה"ל מוביל ואמ"ן הוא הארגון החשוב ביותר בקהילת המודיעין, אף שראש המוסד מקביל בדרגתו לרמטכ"ל. במערכת האמריקנית הבכורה המודיעינית נתונה במופגן ל-CIA. כאשר עומד בראשו - וכפוף במישרין לנשיא - גנרל, ולא אזרח, דרגתו ארבעה כוכבים, לעומת שלושה לראשי סוכנויות המודיעין של משרד ההגנה.
על רקע זה התעוררה לאחרונה שאלת התיאום הישראלי-אמריקני כאשר מתבצעת במרחב האחריות של CENTCOM פעולה שאינה של צה"ל. ב-CENTCOM רגישים להפרת ריבונותן של מדינות הנמצאות בתחום השיפוט של הפיקוד ואינן גובלות בישראל. המוסד תבע להשאיר בידיו את עדכון המערכת האמריקנית, באמצעות הערוץ שלו ל-CIA, ומנע מצה"ל עדכון מקביל של CENTCOM. הפעולה הפתיעה והכעיסה את הפנטגון ובמיוחד את מפקד CENTCOM, גנרל המארינס קנת מקנזי, שהתמנה לתפקידו לפני פחות מחצי שנה ושהגיע לאזור משתי עמדות מפתח במטו"ם ומקשרים טובים עם צה"ל.
צה"ל והמוסד: "לא שוררת שום מתיחות"
בגלל ההימנעות מעדכון CENTCOM והנטייה במדינות ערב לייחס לישראל גם אירועים נוספים שאינם נובעים מפעולותיה, כגון תאונות עבודה באתרי תחמושת או התקפות מקומיות, מסרבים בפנטגון לקבל כפשוטן הכחשות והתנצלויות ישראליות.
מקנזי, מפקד CENTCOM, יזם לקראת סוף השבוע שעבר תדרוך טלפוני עם עיתונאים מהאזור, שהתבקשו להירשם כדי להסדיר את הפנייה אליהם בתורם. לאחר שהתברר לדובריו כי גם עיתונאים מישראל ישתתפו וכי ניתן להעריך שיציגו למקנזי שאלות בדבר תגובתו לפעילות ישראלית בתחום CENTCOM, בוטל התדרוך, ללא הסבר.
בתקופות קודמות ניתן היה לחפש את האחריות למחדל התיאום בדרג הפוליטי בתפר שבין ראש הממשלה הממונה על המוסד לבין שר הביטחון שהצבא סר למרותו, אך בתשעת החודשים האחרונים נושא בשני התפקידים אדם אחד - בנימין נתניהו.
בתגובה משותפת לדובר צה"ל ולמוסד נמסר הבוקר: "בין צה"ל והמוסד לא שוררת שום מתיחות. יחסי העבודה ושיתוף הפעולה בין הארגונים עמוקים וקרובים מאוד והם פועלים במשותף מדי יום למען בטחון מדינת ישראל". בהודעתם נמנעו צה"ל והמוסד מהכחשת נסיבות האירוע שהעיב על יחסיהם ועל קשרי צה"ל עם הפנטגון. תקשורת ראש הממשלה, שהתבקשה להתייחס ללקחי נתניהו מהפרשה, נמנעה מכל תגובה.