לפני עלייתו למטוס לביקורו בפריז, ראש הממשלה בנימין נתניהו התייחס לראשונה הלילה (ראשון) להמלצות המשטרה בתיק הצוללות. "זה שנתיים שמראים אותי עולה ויורד בצוללות, בתחילה אמרו ידע, עכשיו אומרים לא ידע, לגביי אין אפילו טענה", אמר נתניהו. "זה לא דבר של מה בכך כי לא מהססים להאשים אותי בטענות אבסורדיות שלא מחזיקות מים אבל במקרה הזה אין אפילו טענה אבסורדית כלפיי". עוד הוסיף ראש הממשלה כי הוא לא ידע על מעורבותו של מקורבו עו"ד דוד שמרון, שהמשטרה הודיעה על גיבוש תשתית ראייתית נגדו, והציע "להמתין לסוף התהליכים ולא לחרוץ דין". נתניהו יבקר ביומיים הקרובים בפריז, לכבוד ציון מאה שנים לאירועי מלחמת העולם הראשונה.
ביום חמישי הודיעה המשטרה על סיום חקירת הפרשה, שעניינה עסקאות הצוללות וספינות המגן, ועל גיבוש תשתית ראייתית לכאורה נגד שורה של בכירים בהם שמרון, המשנה לראש המל"ל לשעבר אריאל בר יוסף, תא"ל (במיל') שייקה ברוש, מפקד חיל הים לשעבר אליעזר צ'ייני מרום, השר לשעבר ויו"ר קרן היסוד אליעזר מודי זנדברג ודוד שרן שהיה ראש הסגל של נתניהו. בין היתר עומדות נגדם עבירות של שוחד, מרמה, הפרת אמונים, קשירת קשר לביצוע פשע, תיווך בשוחד והלבנת הון.
ההאשמות נגד מקורבי נתניהו סובבים סביב השנים בהן סיפק התאגיד הגרמני "טיסנקרופ" למדינת ישראל חמש צוללות, כאשר ב-2009 הוחלף ברקת באיש העסקים מיכאל (מיקי) גנור. על פי ממצאי החקירה, מפקד חיל הים דאז והמשנה ראש המל"ל, אליעזר מרום ואבריאל בר יוסף, הייתה מעורבות משמעותית בבחירתו של גנור לתפקיד. זאת, לכאורה, מתוך ציפייה לקבלת תמורה מגנור בעתיד. בתקופה בה שימש גנור נציג התאגיד, עד ל-2017. במהלך תקופה זוהושלמה עסקת רכש כלי שיט מתאגיד טיסנקרופ בשווי של מאות מיליוני אירו, והתקיימו מגעים לרכישת כלי שיט נוספים יקרים אף יותר. לאורכה של החקירה עלו חשדות, כי במהלך אותן שנים, שורת בכירים לקחו או דרשו טובות הנאה מגנור.
בין המעורבים, שומרון נחשד כי פעל בשליחותו של גנור לקידום עסקת ספינות המגן תוך שהוא משתמש במשתמע במעמדו ובקרבתו לראש הממשלה בנימין נתניהו מול גורמי ממשל ועובדי ציבור - בהם יועצים משפטיים במשרד הביטחון, מנהלת הרשות לשיתוף פעולה תעשייתי והשקעות זרות במשרד הכלכלה ושותפו למשרד עו"ד יצחק מולכו, ששימש בתפקידו הציבורי כיועצו ושליחו המיוחד של רה"מ בעניינים מדיניים. כל זאת - מבלי שדיווח על כך ליועצת המשפטית של משרד ראש הממשלה ובניגוד למוטל עליו מכוח הסדר ניגוד העניינים החל על משרדו. בתמורה, קיבל שמרון על פי החשד "שכר הצלחה" שהגיע לכדי 270 אלף שקלים.
יו"ר המחנה הציוני אבי גבאי קרא להקים בדחיפות ועדת חקירה ממלכתית לבדיקת הפרשה. "פרשת הצוללות היא פרשת השחיתות החמורה ביותר בתולדות המדינה. האנשים הקרובים ביותר לראש הממשלה מואשמים בשוחד חמור שהוא בגידה בחיילי צה"ל. זה לא רק סיפור פלילי - זה סיפור ביטחוני", אמר גבאי, שבין היתר ביקש לבדוק "האם ראש הממשלה ידע או התעלם מהשוחד שנרקם מתחת לאפו".