דוח חדש מעריך כי מספר מקרי המוות בדרום סודאן מאז פרצה המלחמה ב-2013 מתקרב לכ-400 אלף איש. הדוח, שמומן על ידי מחלקת המדינה האמריקנית וחובר על ידי המוסד להיגיינה ולתרופות טרופיות בלונדון, מעריך כי האלימות גרמה לכמחצית מאותם 382,900 מקרי מוות. במשך שנים ארוכות מניין ההרוגים במלחמת האזרחים במדינה הצעירה ביות בעולם היה לא ודאי, עם הערכות ולפיהן עשרות אלפים נהרגו בקרבות בין הצבא לבין המורדים.
הדוח, המתבסס על מודל סטטיסטי, פורסם כמה שבועות אחרי שהצדדים הלוחמים חתמו על "הסכם שלום סופי" לסיום המלחמה. עם זאת, ארצות הברית ומדינות אחרות הטילו ספק בכך שההסכם החדש יחזיק מעמד, ובימים האחרונים דווח על עימותים שפרצו בין כוחותיו של הנשיא סלבה קייר לבין אלו של סגנו לשעבר ריק מצ'אר, שמנהיג את ארגון המורדים הגדול במדינה. שני הצדדים האשימו אחד את השני באחריות לפרץ האלימות.
המלחמה גרמה גם לגל פליטים של יותר משני מיליון איש, במשבר הגדול ביותר מאז רצח העם ברואנדה ב-1994.