מבקר המדינה, השופט בדימוס יוסף שפירא, בודק את היחסים בין משרד ראש הממשלה לבין תוכנית "מסע", המביאה צעירים יהודים, בעיקר מצפון אמריקה, לשהות של חודשים בישראל. בשלב הבא של הביקורת צפויה להיבדק תכנית "תגלית", הפונה לקהל יעד דומה אך מתמקדת בביקורים האורכים כשבוע וחצי בלבד. שתי התכניות נשענות על מימון של עשרות מיליוני שקלים מתקציב המדינה ובשליטת משרד ראש הממשלה, בנוסף לתרומות פרטיות.
דובר משרד מבקר המדינה, שלמה רז, אישר כי "בשנת העבודה הנוכחית עורך משרד מבקר המדינה ביקורת בנושא תכנית 'מסע'. במסגרת הביקורת נבדקים היבטים הנוגעים לניהול, לפיקוח ולבקרה של משרד ראש הממשלה על התוכנית. אשר ל'תגלית', אנחנו אוספים מידע בנוגע לפרויקט זה, לצורך קבלת החלטה אם לשלב בעתיד את בדיקת הנושא".
תכנית "מסע" משותפת לסוכנות היהודית ולמשרד ראש הממשלה. החשש מפני ליקויים ואי סדרים הקשורים בהסכם בין הסוכנות לבין חברת הבת שלה, "החוויה הישראלית", העוסקת בניהול "מסע", דווח בתחילת השנה בעיתון "מקור ראשון" וחייב את היו"ר היוצא של הסוכנות נתן שרנסקי, להפיץ איגרת הרגעה. מבקר המדינה בודק את החלק הקשור למעורבות משרד ראש הממשלה בתכנית. לאחרונה הוטל על מזכיר הממשלה צחי ברוורמן לרכז את טיפול המשרד ב"מסע" וב"תגלית".
לאחרונה הפך "מסע" לשוט במאבק פוליטי. בעקבות הבחירה ביצחק הרצוג ליו"ר הסוכנות, על אפו וחמתו של נתניהו, דיווח היומון המקורב לנתניהו "ישראל היום" כי במשרד ראש הממשלה "נבחנת האפשרות להפסיק את השתתפות הסוכנות ב'מסע'".
בין התורמים המרכזיים ל'תגלית' - הזוג מרים ושלדון אדלסון. במקביל להגדלת תרומתם, אישרה הממשלה ביוזמת נתניהו להגדיל את המימון הממשלתי ל'תגלית' עד למאה מיליון שקלים ומעלה. ביקורת במשרד ראש הממשלה נערכת בידי צוות בראשות יובל חיו, סמנכ"ל משרד המבקר, בליווי ניצב בדימוס עמיחי שי, היועץ הבכיר של המבקר למאבק בשחיתות.