החיילים שנקלעו היום למתקפה בג'נין, נכנסו לעיר הפלסטינית מאחר שנסעו לפי הוראותיה של אפליקציית הניווט WAZE והמשיכו לתוכה - כך עולה מהתחקיר הצבאי הראשוני של התקרית היום (שני). לא ברור מדוע הפעילו את אפליקציית הניווט והאם תודרכו על פי הגורמים הפיקודיים לגבי תשומת הלב המיוחדת שיש להפנות לשילוט ולאפשרות להיקלע לנתיב המוביל לשטח A.
מחברת WAZE נמסר: "איננו יכולים להתייחס לפרטי נסיעה ספציפית, אך נדגיש כי אפליקציית Waze כוללת הגדרת ברירת מחדל ייעודית אשר מונעת ניווט דרך אזורים המסומנים כמסוכנים או אשר אסורים בכניסה לישראלים. בנוסף ישנה התראה נוספת אשר קופצת כאשר סוטים ו/או נכנסים לאזור אסור בכניסה מסוג זה".
כלי הרכב הותקף על ידי פלסטינים שהשליכו לעברו אבנים ופתחו בהפרות סדר אלימות. נוסעי הרכב הצליחו להימלט, והגיעו למחסום ג'אלמה - שם חברו לצוות מד"א שטיפל בחייל שנפצע קל, ואף פינה חיילת נוספת לבית החולים העמק במצב קל-בינוני. נשקו של אחד החיילים נגנב במהלך התקרית ובצה"ל פתחו בחקירת האירוע.
הרכב, שבו נסעו החיילים המשרתים ביחידת אחזקה של אגף הטכנולוגיה, נעצר בשלב הראשוני על ידי פלסטינים ברחוב שמנעו מהם את המשך הנסיעה ללב העיר. שוטרים פלסטינים שהוזעקו למקום הגיעו בכוחות מתוגברים, כדי לחצוץ בין החיילים להמון הפלסטינים, שניסה לפתוח את דלתות הרכב והחל ליידות אבנים.
אחרי שנפצעה החיילת בראשה מיידוי האבנים, והנשק נגנב מהרכב, ניגש לחיילים איש מנגנון הביטחון הפלסטיני, וביקש מהם לאפשר לו לנהוג במקומם ברכב, לפני שהפרות הסדר יתלקחו, והחייל שברכב סירב לכך. במקביל יצרו השוטרים הפלסטינים קשר עם נציגי המנהל האזרחי, ששוחחו עם החייל ואישרו את החילוץ. לאחר שחברו החיילים לנקודת המפגש, סיפרה החיילת כי חשבה שהיא תרצח בידי ההמון.