הפלוגה שהייתה אחראית על השמירה בהתנחלות חלמיש לא פעלה בהתאם לנהלים ביום שבו אירוע הפיגוע הקטלני - כך עולה מתחקיר של צה"ל, שפורסם היום (שני). בפיגוע, שאירע בחודש יולי, נרצחו שלושה מבני משפחת סלומון.
התחקיר, שהוצג בפני מפקד פיקוד המרכז אלוף רוני נומה, העלה עוד כי הסיור הקבוע באזור, שהחל לאחר שורת הצתתות באזור, לא שיתף פעולה כנדרש עם גורמים אזרחיים. כמו כן, לא התקיימה הערכת מצב על ידי מפקד הפלוגה, למרות ההתרעות, ולא הועלתה רמת הכוננות.
בעקבות הכשלים, הוחלט כי מפקד ההגנה המרחבית של חטיבת בנימין יקבל הערה פיקודית על כשלים בקיום בנהלים בתחום הקשר שבין צבא ליישוב; מפקד הפלוגה מגדוד נצ"ח יהודה ננזף על ידי מפקד חטיבת כפיר; מפקד הסיור בדרגת סמל, נשפט על ידי מח"ט כפיר ל-21 יום ריתוק; רכז הביטחון השוטף של היישוב ננזף על ידי מפקד חטיבת בנימין. סגנו והשומר בשער סיימו את תפקידם בשל כשלים בנהלים.
דובר צה"ל תת-אלוף רונן מנליס אמר בשיחה עם כתבים כי האחריות הכוללת על היישוב ומערך הביטחון האזרחי היא של צה"ל. "היו שורה של תקלות, אזרחיות וצבאיות. הש"ג, הסייר, הרבש"צ, וסגן רבש"צ", אמר. עוד הוסיף דובר צה"ל תא"ן רונן מנליס כי הסייר חשב שההתרעה היא כתוצאה מרוח וצמחייה.
מערך האבטחה בגדר שמקיפה את ההתנחלות העבירה התרעה חריגה לשומר, שהחליט לא לדווח על כך לפלוגה. הוא עדכן את הסייר אך לא פירט כי מדובר בהתרעה חריגה. לפי דובר צה"ל, הסייר, שהגיע לנקודה, לא ראה דבר אך לא ערך פעולות נוספות, כי חשב שהרוח גרמה להרתעה. גם סגן רכז הביטחון השוטף של ההתנחלות לא התייחס להרתעה. הרכז לא היה נוכח ביישוב בזמן האירוע.
התחקיר מגלה כי בעקבות בעיות בירוקרטיות, התעכבו הקמת מערכי ביטחון נוספים. בנובמר הוחלט על עיבוי מערך הביטחון באמצעים טכנולוגיים בתוך ארבעה חודשים עד חצי שנה - אף הפרויקט טרם החל. מערך הביטחון של היישוב לא הצליח לאתר את המחבל ואפשר לו להסתתר. 13 דקות חלפו מהרגע שהתקבלה התרעה ועד חיסול המחבל.
התחקיר משבח את החתירה למגע של ע', הלוחם, שחיסל את המחבל, ואת אביו. הפלוגה חתרה למגע אחרי חמש דקות מרגע שהבינו שיש אירוע. בעקבות ממצאי התחקיר חודדו הנהלים ובוצעו השתלמויות לגורמים צבאיים ואזרחיים.