לוחמים באוגדת יהודה ושומרון תודרכו על ידי מפקדיהם להיות ערניים לאפשרות של שימוש ברחפנים על ידי פעילי טרור. לדברי המפקדים, השימוש ברחפנים במרחב אסור ויש לדווח על כל מקרה לחמ"ל הגדודי. החשש העיקרי במערכת הביטחון הוא ממאמץ של ארגוני טרור להבריח רחפנים לגדה המערבית.
במערכת הביטחון חוששים משימוש ברחפנים לצורך איסוף מודיעין כדי לחשוף פעילות של צה"ל במרחב הפלסטיני, כמו מחסומים או פעילות של כוחות מיוחדים, וגם כדי לבחון ולאסוף מודיעין על מערכי הגנה אזרחיים ביישובים ובמוצבים. דרך פעולה אפשרית נוספת היא שימוש ברחפן בזמן פיגוע כדי לספק מודיעין בזמן אמת לחוליית הטרור.
התרחיש הקיצוני ביותר הוא הפעלת רחפן עם חומר נפץ או אמצעי לחימה נגד מרכזי אוכלוסייה או תשתיות צבאיות כמו מוצבים. ארגון "המדינה האסלאמית" (דאעש) כבר משתמש ברחפנים חמושים במסגרת הלחימה במשטרו של בשאר אסד בסוריה.
לדברי גורם ביטחוני, "במציאות שבה ניתן לרכוש רחפן במחירים מגוחכים באינטרנט מדובר באיום בסבירות גבוהה. בשלב זהב אין הוראות פתיחה באש נגד רחפן אך ישנה חובה של הכוחות לדווח עליהם. המפעיל פועל במרחק קטן מהרחפן ולכן מצופה מהכוחות בשטח לפעול ולאתר אותו. בנוסף לכך, יש ביכולתו של הכוח להחרים את הרחפן". הגורם הוסיף כי "אין היתר שימוש ברחפן באוגדת יו"ש לאף גורם, ישראלי או פלסטיני".
לוואלה! NEWS נודע כי בחצי השנה האחרונה סוכלו הברחות של רחפנים לשטחי יהודה ושומרון בכמה מקרים. בשב"כ ובצה"ל פועלים נגד איום הרחפנים לצורכי טרור, בין היתר, על בסיס צו בדבר העברת טובין האוסר על הכנסת רחפנים לשטחי יו"ש. במקביל נערך צה"ל כדי לשבש ולסכל איום שכזה מבלי לפגוע בסביבה אזרחית.
מדובר צה"ל נמסר כי "על פי הדין החל באזור יהודה ושומרון חל איסור על הכנסת רחפנים לאזור או על הטסתם בלי היתר מהמפקד הצבאי. חיילים הנמצאים בשטח מונחים לדווח על כל מקרה בו נעשה שימוש ברחפן בניגוד לנהלים, וכן לתפוס את הרחפן והציוד המשמש להטסתו. בימים אלה נערכת עבודת מטה על מנת לקבוע כללים ברורים בנוגע לאכיפת אחזקה ושימוש ברחפנים באיו"ש".