יריחו נתפסת כשלווה ושקטה ביחס לערים הפלסטיניות בגדה. למעט פעילויות ממוקדות, לא התעוררו בעיות ביטחוניות רבות בעיר הדקלים שבבקעה; גם כשהתעוררו בעיות במקום, הן נבעו לרוב כתוצאה מהגעת מבוקשים מערים אחרות, שראו ביריחו עיר מקלט.
אחד האירועים הביטחוניים המשמעותיים הבודדים שזכורים בעיר הוא לכידתה ב-2006 של חוליית המחבלים שרצחה את השר רחבעם זאבי, ובראשה מזכ"ל החזית העממית אחמד סעדאת. סרטונים שנחשפים כאן לראשונה מראים איך הצליחו כוחות צה"ל לגרום למחבלים לצאת ולהיכנע, בתום 12 שעות של פעילות.
השר זאבי נרצח באוקטובר 2001 על ידי שלושה מחבלים מהחזית העממית, בפתח חדרו במלון הייאט בהר הצופים בירושלים (כיום מלון דן, ש"ב). סעדאת עמד מאחורי המבצע ותכנונו. הרצח הוגדר כנקמה על חיסול קודמו של סעאדת בתפקיד, אבו עלי מוסטפא, חודשיים קודם לכן.
הממשלה והעומד בראשה, אריאל שרון, רצו לשים יד על מתכנני הרצח ומבצעיו, אך סעאדת נמלט מיד לאחר ההתנקשות לרמאללה. יו"ר הרשות הפלסטינית דאז יאסר ערפאת סירב להסגירו לישראל, וגם הכתר שהטיל צה"ל על המוקטעה לא שינה את דעתו. רק בהתערבות גורמים בינלאומיים, גובש "הסכם רמאללה", שקבע כי סעאדת יישפט בבית משפט צבאי פלסטיני, ויישב בכלא ביריחו תחת פיקוח סוהרים מארה"ב ומבריטניה.
למרות המאסר, במערכת הביטחון חששו שסעדאת ימשיך לתכנן פיגועים ולהוציא אותם לפועל. בצה"ל הכינו תוכנית מגירה למעצר של סעאדת ויתר הרוצחים בכלא יריחו, שהמתינה להזדמנות שבה הסוהרים הזרים יעזבו את המקום.
לכידתו של סעדאת, המוח מאחורי ההתנקשות בזאבי, הייתה הכרחית לישראל, מבצעית ואסטרטגית: גם כיום הוא נחשב לאחד האסירים הבכירים ביותר היושבים בבתי הכלא בישראל, וממשיך להנהיג את החזית העממית. היעד השני במבצע היה מג'די רימאני, ראש החוליה, ולצדו חמדי קועאן, האיש שירה בפועל בגנדי בבית המלון. בישראל ידעו שעליהם לשים את ידיהם על מי שביצעו את התנקשות בשר הישראלי, שהיווה בעצמו סדין אדום בעיניי הפלסטינים.
בינואר 2006 זכה חמאס בבחירות למועצה הפלסטינית המחוקקת, וראש ממשלת הרשות החדש איסמעיל הניה הצהיר על כוונתו לשחרר את רוצחי זאבי, ובראשם סעדאת. יו"ר הרשות אבו מאזן אמר כי לא יתנגד לכך, למרות ההסכמות שהושגו בדבר מאסרם. כעבור חודשיים, לאחר שישראל הבינה שהסוהרים מבריטניה וארה"ב עומדים לעזוב מחשש לחייהם, התוכנית יצאה מהמגירה, תחת השם "הבאת ביכורים".
מפקד חטיבת הבקעה באותה תקופה היה אלוף-משנה מוטי אלמוז, כיום ראש אכ"א ודובר צה"ל. אלמוז הקפיץ את הכוחות, שתוך זמן קצר כיתרו את הכלא ביריחו. לאחר שהקריאות בכריזה לא הועילו, החלה הפצצת המתחם בתחילה החומות, לאחר מכן אגפים אחרים. שוטרי חטיבת יריחו הפלסטינית עזבו ברובם את הכלא, ונכנעו לכוחות צה"ל.
בשלב מסוים זימן אלמוז את עמיתו הפלסטיני לשיחה מחוץ לכלא המחורר. בזמן השיחה הפציץ מסוק קרב את משרדו של המח"ט הפלסטיני, כדי להבהיר לו שבמקרה הזה לא יהיו פשרות. כפי שניתן לראות בסרטון, הפיצוץ אירע בזמן שיחת השניים. כעבור שבועיים הם נפגשו ליישור ההדורים ביניהם.
תוך כדי הלחצים שהפעיל צה"ל, הכריז סעדאת כי בכלא יש מנהרות תת קרקעיות, וכי הוא ואנשיו מתכוונים להתחבא במקום ולהילחם עד טיפת דמם האחרונה. הדבר לא הרשים את המח"ט אלמוז, שהמשיך בהפצצה, ושלח דחפורי D-9 להרוס קירות ומבנים במתחם. בתום כחצי יממה, לקראת השעה 19:00, דיווח בקשר החטיבתי אחד ממפעילי הדחפורים כי סעדאת וחבריו יוצאים, מרימים ידיים.
מח"ט הבקעה הנוכחי, אל"מ אופיר ליויוס, מסביר כי השקט בגזרת יריחו מאפיין את תושבי הגזרה, שמתמקדים בחייהם ובפרנסתם. "העיר יכולה לשמש מודל לשגשוג כלכלי ולאפשרויות פיתוח אזרחיות בגלל הגשר היבשתי לירדן", אומר ליויס, "הפוטנציאל התיירותי גדול, ויש באזור עתודות קרקע לגידולי חקלאות, בעיקר תמרים". גם אופי ההתיישבות היהודית סביב יריחו תורם להסתכלות עליה כמקום שקט באופן יחסי.
"זה חוזר על עצמו פעם אחר פעם, גם אם מדי פעם יש מורכבות ביטחונית", אומר ליויוס. "רוב הזמן יריחו נותרת יציבה בגלל נתוני היסוד האלה. היא לא מסתכלת על ערים פלסטיניות אחרות ומנסה לחקות אותן. במובן מסוים היא נושאת עיניה אל ערים מערביות, כי יש כאן פוטנציאל תיירות נוצרית ורצון של משקיעים זרים להשקיע בעיר.
"הפרנסה, הכלכלה והיציבות מדברות הרבה יותר מהאבן לאנשים פה. זה לא אומר שהבסיס האידיאולוגי המורכב ובסיס החיכוך בין ישראלים לפלסטינים לא קיים פה, אני חושב שיש פה עוד דברים. הרבדים האנושיים הכלליים והאזרחיים בעת הזו לפחות מנצחים וזה ככה כבר שנים אחורה".