מבצע "גן נעול 2" לפינוי מאחז עמונה, על כל 3,000 השוטרים שמשתתפים בו, תוכנן בהשראת תכנית ההתנתקות מגוש קטיף בשנת 2005 ולפי הסיסמה מפיו של הרמטכ"ל דאז דן חלוץ, "ברגישות ובנחישות". במשטרה החליטו לשדר לציבור ולמתבצרים כי פניהם לא לאלימות, והגיעו לא חמושים, ללא מיגון וללא קסדות. גם הפעם, כמו בהתנתקות, השתמשו השוטרים בכובעי מצחייה עם דגל ישראל עליהם, לבשו חולצות שעליהן דגל ישראל לצד סמל המשטרה, ותג עם שמם.
כשהתקרבו השוטרים לתוך המאחז הם פינו את המחסומים שהקימו הנערים מבלי להתעמת איתם, מה שגרם למבוכה וחוסר אונים אצל האחרונים. פעם אחר פעם נראו השוטרים מרגיעים, מחבקים, תומכים ואפילו מגישים שתייה לאותם צעירים שהתבצרו בבתים - מחזה אבסורדי בהתחשב בעובדה שעל פניו מדובר בשני צדי המתרס.
מפקד מג"ב ניצב קובי שבתאי, היה אחראי על הכנת הכוחות למבצע ולבניין הכוח שהחל אתמול במבצע הפינוי, וגייס אליו שוטרים בתמהיל של שוטרי מג"ב - שוטרי השיטור הכפרי, שוטרי סיור, בלשים, שוטרי תנועה וחוקרים מכל יחידות המשטרה, ולא רק לוחמי יס"מ ויחידות מיוחדת. השוטרים עברו במשך כמה חודשים הכשרה מבצעית לצד הכנה מנטלית, והאימון המסכם נערך לפני כחודש וחצי בבסיס צה"ל בצאלים. כל שוטר וכל מפקד כוח במבצע הכירו היטב את המשימה ואת שטח המאחז, את התושבים ואת הפעילים שצפויים להקשות עליהם.
הפינוי היה אמור לצאת לפועל לפני חודש וחצי, אז היה מסובך יותר לבצע אותו, מאחר שבעמונה שהו פי שלושה יותר פעילים מאשר בימים האחרונים. לפיכך, כשהוחלט לפנות את עמונה השבוע, התעקשו המפקדים לעשות זאת כמה שיותר מהר, לפני הגעת המסה הקריטית של הפעילים, שתקשה עליהם.
"פנינו לא לאלימות. אנחנו מבצעים את החלטת בית המשפט והדרג המדיני", אמר מפקד כוח הפינוי, תנ"צ יורם סופר. אף שהפינוי נמשך זמן רב, עמד סופר בהתחייבותו ולא השתמש במכת"זיות - מכוניות המתיזות מים בהפרות סדר - אלות, גז מדמיע ופרשים, כפי שהיה בפינוי הקודם בעמונה בשנת 2006.
