בצל המתיחות בהר הבית ובעיר, במהלך יום הכיפורים אירעו שורת שריפות בירושלים, שלפי החשד חלקן היו מכוונות. בערב החג פרצה שריפה בבניין ברחוב קאסוטו בעיר, שבו נמצא בית כנסת שהיה עמוס במתפללים שנאלצו להימלט באמצע התפילה עקב העשן מחוץ לבית הכנסת. למקום הגיעו שלושה צוותי כיבוי ומנוף שהבחינו בשריפה ביחידת קירור ומיזוג בבניין, הצוותים השתלטו במהירות על השריפה ומנעו את התפשטותה לכלל המבנה.
מאוחר יותר החלה שריפת קוצים גדולה בשדרות משה דיין. צוותי כיבוי הוזנקו לשם, השתלטו על השריפה ומנעו את התפשטותה לעבר בתי השכונה. המשטרה בודקת חשד כי מדובר בהצתה.
בהמשך הלילה נקראו כבאים לשריפה בבניין ובגינה סמוכה ברחוב נעמי בשכונת אבו טור. לשריפה הוקפצו שלושה צוותי כיבוי ומנוף, שהשתלטו על השריפה בבניין ובגינה ומנעו פגיעה בנפש וברכוש. כתוצאה מהשריפה, נגרם נזק למרפסת במקום, נזק קל לרכוש באחת הדירות, ובגינת הבניין.
מחקירה שבוצעה במקום על ידי כבאות והצלה ירושלים עולה כי השריפה החלה בעקבות השלכת בקבוקי תבערה על הבניין ועל הגינה הסמוכה לו. לאחר כמה דקות פרצה שריפה בשטח פתוח בגבעה הצרפתית וצוותי הכיבוי שהגיעו למקום השתלטו על השריפה ומנעו את התפשטותה. נבדק חשד להצתה.
היום, בשעות הצהריים, הוזנקו צוותי כיבוי לאזור עין יעל בעקבות שריפת קוצים וחורש טבעי. השריפה, שהתקלחה בכמה מוקדים, התפשטה במהירות לכיוון הר גילה. הכבאים השתלטו על הלהבות ועצרו את השריפה ללא נזק לבתים או לרכוש. בהמשך, נפתחה חקירה בחשד להצתה.
בצל המתיחות בירושלים וההתנגשות עם חג הקורבן המוסלמי, כוחות הביטחון היה בכוננות מוגברת לאורך יום הכיפורים, הן בבירה והן בערים מעורבות נוספות ברחבי הארץ. ואולם, לא נרשמו אירועים חריגים בערים אלו. כמו כן, כמדי חג, החליט שר הביטחון משה יעלון להטיל סגר כללי על שטחי יהודה ושומרון ולסגור את המעברים ברצועת עזה, שיימשך עד חצות. במהלך הסגר יותר מעבר רק במקרים הומניטריים, רפואיים וחריגים, כל זאת בכפוף לאישור מתאם פעולות הממשלה בשטחים, אלוף יואב מרדכי.
בנוסף, אירעו שרפות באזורים נוספים ברחבי הארץ: בצפון השומרון פרצה שריפת חורש בין ההתנחלות ריחן לשקד שבצפון השומרון. למעלה מ-20 צוותים הוזעקו למקום וכוחות כיבוי ממחוזות נוספים הצטרפו למאמץ להשתלט על הלהבות. במקביל פעלו מן האויר שישה מטוסי כיבוי. האש התפשטה והגיעה עד לבית הספר "עומר", שם נגרמו נזקי חשמל לכבלים הסמוכים.
כמו כן, באזור פתח תקווה פעלו הכבאים ב-25 אירועים ביניהם: שתי שריפות שפרצו בדירות מגורים, שריפה שפרצה בחנות ושריפת קוצים וחורש גדולה בין ראש העין לנחשונים, שבמהלכה הוזנקו מטוסי כיבוי כדי לסייע במניעת התפשטות האש לבסיס צבאי באזור. נוסף על כך, שבעה צוותי כיבוי פעלו בשמורת הטבע בסמוך לחוף הבונים על מנת להשתלט על שריפה שפרצה במקום.
במהלך החג, העניקו צוותי מד"א טיפול רפואי ל-2,019 בני אדם ברחבי הארץ, מהם 1,909 נזקקו שפונו להמשך טיפול בבתי החולים. 234 בני אדם התעלפו, התייבשו וחשו חולשה בעקבות הצום, 67 מתוכם טופלו ופונו מבתי הכנסת. 11 בני אדם ברחבי הארץ נזקקו לפעולות החייאה. 282 ילדים, בני נוער ומבוגרים נזקקו לעזרה ראשונה עקב פציעה מרכיבה על אופניים. כמו כן, בתאונות דרכים שאירעו באזורי המגזר הערבי נפגעו 21 בני אדם, בהם אחד באורח בינוני ו-20 באורח קל. 16 בני אדם נפצעו באירועי אלימות שונים, בהם אחד באורח קשה, ארבע בינוני ו-11 קל.
בנוסף, בבתי החולים ברחבי הארץ נרשמו 226 לידות: 54 לידות במרכז הרפואי מעיני הישועה שבבני ברק, 37 לידות בבית החולים סורוקה שבבאר שבע. 31 לידות בבית החולים מאיר שבכפר סבא, 30 לידות בבית החולים אסף הרופא שבבאר יעקב, 26 לידות במרכז הרפואי הדסה שבירושלים, 16 לידות במרכז הרפואי שיבא שבתל השומר, 13 לידות במרכז הרפואי לגליל שבנהריה, 12 לידות במרכז הרפואי פוריה שליד טבריה, חמש לידות במרכז הרפואי "העמק" שבעפולה, ושתי לידות בבית החולים יוספטל שבאילת.
כמו כן, הערב שבה לסדרה בהדרגה תנועת האוטובוסים אחרי חצות תחדש גם תנועת הרכבות. כמו כן, גם הפעילות בנמל התעופה בן גוריון תתחדש הערב, לאחר שהפסיקה אתמול בשעות הצהריים, עוד לפני תחילת הצום.