שעות לאחר העימותים בהר הבית הבוקר (ראשון) וזמן קצר לאחר סיום הביקורים, פרסמה המשטרה הודעה ולפיה צעיר ערבי נראה מתקדם לכיוון מסגד אל-אקצא כשאבן בידו. לאחר שהשוטרים ניגשו אליו ולקחו ממנו את האבן, הוא נפל לרצפה במטרה "לעורר פרובוקציה", לטענת המשטרה. בשלב זה ניגשו קבוצת גברים שהייתה באזור, בהם חברי כנסת מהרשימה המשותפת, והחלו להתעמת עם כוחות הביטחון.
השוטרים הדפו את הקבוצה ובין הצדדים התפתח דין ודברים. בין היתר, קרא חבר הכנסת ג'מאל זחאלקה לעבר השוטרים: "אין לכם מקום, צאו החוצה". ח"כ אחמד טיבי טען כי ניפגש לעזור לאדם פצוע וצעק לאחד מהם: "תסתום את הפה". בתגובה, ענה לו אחד השוטרים במקום: "אני מכיר אותו יותר ממך, הוא לא פצוע". טיבי אף נראה מנסה למנוע מכמה שוטרי משמר הגבול (מג"ב) להגיע לאיש דת מוסלמי, ובתגובה אמר אחד מהם כי הוא תקף קצין משטרה. הח"כים קראו לעבר השוטרים: "כהניסטים".
לטענת הח"כים הערבים, עצם נוכחותם של השוטרים בהר הבית מהווה פרובוקציה. מהמשטרה נמסר כי הם רואים בחומרה את האירועים ובכוונתם לטפל בהם בהתאם לדין.
לקריאה נוספת:
עומסי תנועה וסיכוי לגשם: מה שצריך לדעת לקראת ראש השנה
"פגיעה בקידום שופטים שהקלו עם מיידי אבנים - לא דמוקרטי"
בזמן עומס החום: שיבושים חמורים באספקת החשמל לרצועת עזה
העימותים מגיעים על רקע פריצה של כוחות המשטרה למתחם הר הבית הבוקר, לאחר מהומה שהתפתחה בין צעירים ערבים לשוטרים. לפי המשטרה, המתפרעים, חלקם רעולי פנים, התבצעו במהלך הלילה בתוך מסגד אל-אקצא תוך שהם מקימים מחסומים למניעת סגירת דלת הכניסה האחרונה למסגד ואוספים אבנים וזיקוקים, במטרה להתעמת עם הכוחות.
כוח משטרה בפיקודו של מפקד המחוז, ניצב משה אדרי, נכנס לשטח ההר סמוך לשעה 06:45, במטרה לאפשר את תחילת הביקורים במקום בשעה המקובלת. לפי המשטרה, עם כניסתם החלו רעולי הפנים להימלט לתוך המסגד, ליידות אבנים לעבר השוטרים ולירות לעברם עשרות רבות של זיקוקים בכינון ישיר. עוד נמסר כי בכניסה למסגד נתפס ציוד שחשוד כצינורות נפץ. חבלן משטרתי פינה החפצים החשודים.