בכיר באמ"ן אמר כי הפעולה במוקטעה חיזקה, לפחות באופן זמני, את מעמדו של יו"ר הרשות הפלסטינית, יאסר ערפאת. הוא אמר את הדברים במהלך ישיבה מיוחדת של ועדת החוץ והביטחון של הכנסת.
שר הביטחון, בנימין בן אליעזר, אמר כי אפשרות זו, כמו כל שאר התרחישים האפשריים, נלקחה בחשבון בטרם ההחלטה על הפעולה. הוא הוסיף, כי כל הלקחים והמסקנות מהפעולה במוקטעה ייחקרו.
כתב "הארץ", גדעון אלון, מוסיף:
ח"כ רן כהן (מרצ) האשים את שר הביטחון כי בפלישה למוקטעה לא רק שישראל פגעה ביחסיה עם ארה"ב והרסה את המהלך לשינוי המנהיגות הפלסטינית שהלך ונרקם, אלא גם כירסמה ושחקה את ההרתעה הישראלית בעיני המחבלים. הוא דרש מבן אליעזר לחשוף בפני חברי הוועדה את שמותיהם של גורמי הביטחון שהרתיעו בפני הממשלה מהתוצאות הקטלניות של הפעולה במוקטעה, ומה היו הנימוקים שהוחלט שלא להיענות להזהרותיהם.
בן אליעזר אמר, כי שום גורם מדיני או צבאי בישראל לא העריך כראוי את עוצמת תגובת ארה"ב לפעולה במוקטעה, וכי תגובה זו לא נכללה אף באחד מהתרחישים שהוצגו לדרג המדיני. הוא קרא להסיק מסקנות מטעויות הפעולה. שר הביטחון אמר, כי לפי מידע שבידי ישראל, מרבית המבוקשים שהיו נצורים במתחם המוקטעה ברמאללה עדיין נמצאים באזור, ויש כוונה "לשים עליהם יד". אמש צר צה"ל על בית ברמאללה עקב הערכה שנמצא בו מבוקש מהמוקטעה, אך לבסוף לא הצליח הכוח לתפוס את המבוקש.
יו"ר האופוזיציה, ח"כ יוסי שריד (מרצ), אמר שככל שישראל תשפיל את ערפאת כך יתחזק כוחו. לדעתו, ישראל צריכה להניח לו ולאפשר לחבריו להנהגה לבחור גם בערפאת כנשיא הפתח, כאשר את התפקידים הביצועיים החשובים הוא יפנה לאחרים.
"איך זה קורה שזזו כל כך הרבה קרוואנים?"
בן אליעזר גם הודיע בישיבה כי הורה לצה"ל לאסור כניסה של מתפללים לקבר יוסף. הוא הודיע על כך בתשובה לשאלה של יו"ר סיעת מרצ בכנסת, ח"כ זהבה גלאון.
בן אליעזר הוסיף, כי מי שינסה להיכנס לאתר בניגוד להוראות צה"ל ייעצר. בן אליעזר ציין כי האישור שניתן בעבר למתפללות להיכנס לקבר יוסף היה חד פעמי, מחשש שהמתפללות יסתננו לאתר הקדוש. לדבריו, צה"ל יקפיד על כך שאיש לא ייכנס לאתר קבר יוסף מטעמי ביטחון.
יו"ר תנועת ש"ס, השר אלי ישי, הביע ביקורת על ההחלטה ישי הודיע כי הוא תובע דיון דחוף בממשלה או בקבינט לנוכח המדיניות החדשה של שר הביטחון. הוא הדגיש כי יש לאפשר ליהודים להגיע ולהתפלל בקבר יוסף, תוך הקפדה ותיאום עם צה"ל ושמירה על ביטחונם. לדבריו, הוא הוסיף כי ההחלטה למנוע מיהודים להתפלל במקום כה קדוש הינה תקדימית ומסוכנת ויש לשנותה בהקדם.
שריד הוסיף במהלך הישיבה כי המאחזים הבלתי חוקיים לא היו יכולים לקום ללא עצימת עין או אפילו שיתוף פעולה מצד מערכת הביטחון. "אתה אמרת שאפילו קרוואן אחד לא יכול לזוז בשטח בלתי אישורך, אז איך זה קורה שזזו כל כך הרבה קרוואנים?", שאל שריד.