איומי הסייבר על מדינות המערב לא הותירו לרמטכ"ל, רב-אלוף גדי איזנקוט, כל ספק כי לצד כוחות היבשה, האוויר והים של צה"ל, נדרש גוף חזק ועצמאי בתחום הסייבר. גוף זה יכלול תכנון מבצעי, הגנה והתקפה, ומטרתו תהיה למנוע מלחמה או לבצע מתקפות נרחבות. הכרזתו אמש (שני) על הקמת זרוע סייבר הבהירה כי התחום הפך לאחד ממרכיבי הביטחון המרכזיים של מדינת ישראל.
עם זאת, הקמת הזרוע מעוררת חילוקי דעות קשים במטה הכללי על האופן שבו יתנהל התהליך. בעת שבה לא רק מעצמות כמו ארצות הברית, סין ורוסיה מפקדות על גופי סייבר רבי עוצמה, אלא גם ארגוני טרור כמו חיזבאללה מפתחים - בסיוע איראן - גופים כאלה, גם בצה"ל מקימים גוף שיספק מענה מקיף לאיומים המתגברים, אולם הדרך לא תהיה פשוטה.
במטה הכללי נשקלת האפשרות שבראש זרוע הסייבר יעמוד אלוף עוזי מוסקוביץ, העומד היום בראש אגף התקשוב. לדברי גורמים בכירים בצה"ל, מסתמן שאגף התקשוב ירחיב את סמכויותיו. עוד סיפרו הגורמים כי על רקע ההחלטה להקמת זרוע סייבר נוצרה מתיחות בין אמ"ן לאגף תקשוב ולכן לא ממהרים לקבל החלטות בנושא עד להסדרה בין הצדדים.
על מנת למנוע מאבקי כוחות בין הגופים השונים על המשאבים ועל הסמכויות השונות, החליט הרמטכ"ל להקים ועדת היגוי בראשות סגן הרמטכ"ל, אלוף יאיר גולן. התהליך יתפרס על פני שנתיים, אולם גם בסיומו מעריכים בצמרת הצבא כי יהיו "שטחים אפורים", שעליהם לא ימהרו להחליט.
ועדה בראשותו של ראש אמ"ן אלוף הרצי הלוי, שמונתה עם כניסתו של איזנקוט לתפקיד, בחנה את הקמת זרוע הסייבר, ובשבוע שעבר הגישה לרמטכ"ל את המלצותיה. בין היתר, נבדקו רעיונות להקמת פיקוד מרחבי, כמו פיקודי הדרום, המרכז והצפון, או אגף, בדומה לאגף התקשוב. ואולם, בשל אופיו המורכב והעצמאי של המרחב הקיברנטי, הוחלט להקים זרוע.
התהליך להקמת זרוע הסייבר מעורר שאלות קשות בנוגע לעתידה של יחידה 8200, הגדולה ביותר בצה"ל. מרבית החיילים ביחידה לאיסוף מודיעין אותות ופענוח צפנים עוסקים בתחום הסייבר, והעברה של חלק ממנה לזרוע הסייבר עשויה לכווץ את אגף המודיעין באופן דרמטי, ולפיכך גם את תקציב המודיעין.
גורמים מסוימים בצמרת צה"ל טוענים כי יש להשאיר את תחום הסייבר באחריות אמ"ן, בייחוד בשל שיטות הפעולה של צה"ל. עם זאת, קצין בכיר הבהיר אמש כי עצם ההחלטה להקים זרוע מעידה על כך שיש כוונה להעמיד בראשו קצין בדרגת אלוף, ולא תת-אלוף שיפעל תחת ראש אמ"ן.
החשש העיקרי בתהליכים משמעותיים כמו הקמת זרוע הוא איבוד כוח אדם איכותי ופגיעה במומחיות בתחומי ההגנה, השייך לאגף התקשוב, וההתקפה, השייך לאגף המודיעין. כבר בשלב זה ברור כי כוחו של אגף התקשוב יפחת באופן דרמטי. בשלב זה אף שוקלים את האפשרות של הורדת תקן מפקד אגף התקשוב מאלוף לתת-אלוף. כמו כן, טרם הוחלט אם יהיה חיבור בין מטה הסייבר הלאומי במשרד ראש הממשלה לזרוע החלל של צה"ל, ואם כן מה יהיה טיבו של חיבור זה. מעורבות של ראש הממשלה בנימין נתניהו, נוסף על האישור הנדרש משר הביטחון משה יעלון, תוכל לתת מענה לשאלות הרבות שמעלה הקמת זרוע הסייבר.