סודאן הפילה "מטוס ישראלי ללא טייס שחדר לשטחה האווירי, כשהוא חמוש בטילים" - כך הודיע בצהריים (רביעי) דובר הצבא הסודאני. גורם ביטחוני בישראל אמר כי הטענות אינן מוכרות.
לפנות בוקר פורסמו דיווחים סותרים על תקיפה באזור חרטום. שעות ספורות אחרי הפרסום הראשוני, רשת אל-ג'זירה פרסמה הכחשה מפי דובר הצבא בסודן, ולפיה לא אירעה כל תקיפה קרקעית בשטח המדינה. בדיווח בבוקר, נמסר כי מערכות ההגנה האווירית של סודאן ננעלו על "עצם זר" בשמי המדינה, אך לא היה ברור אם נפתחה אש לעברו.
ביולי 2014 דיווחו כלי תקשורת בסודאן ובמצרים כי ישראל הפציצה מחסן תחמושת בחרטום, שבו אוחסנו רקטות ארוכות טווח שיועדו לחמאס. גורמים במדינה דיווחו אז כי התקיפה אירעה בבסיס צבאי בצפון הבירה. ואולם, דובר של צבא סודאן הכחיש אז כי מדובר בפעולה זרה.
אחרי שנים ארוכות של שיתוף פעולות, הקשרים בין סודאן לאיראן נחלשו במהלך השנה האחרונה. בשבועות האחרונים, נשיא סודאן, עומאר אל-בשיר, אף נידב יועצים צבאיים לערב הסעודית, כדי לסייע לה במבצע הצבאי נגד המורדים השיעים בתימן, הנתמכים בידי איראן. בשנה שעברה הורה בשיר לסגור כמה מרכזים איראניים בסודאן, בצעד שגרר ביקורת חריפה ממשרד החוץ בטהראן.
בהדרגה ולכל אורך התקופה, הגבירו הרשויות בסודאן את מאמציהן למגר את הברחות הנשק דרך המדינה, במקביל לניסיון מצד איראן וארגוני הג'יהאד לשמר את ציר ההברחות, אחד מהמרכזיים באפריקה. ביוני האחרון קבע האו"ם כי ספינת הנשק Klos-c, שנלכדה על ידי ישראל בים האדום, נשלחה מאיראן לסודאן. לפי פאנל מומחים שמינה האו"ם ובניגוד לעמדת ישראל, הנשק יועד למדינה האפריקאית ולא ישירות לחמאס.
ישראל סירבה להתייחס לכמה דיווחים שהתפרסמו בשנים האחרונות על אודות תקיפת מחסני נשק בסודאן. בין היתר, דווח באוקטובר 2012 על פיצוץ אדיר במפעל הנשק "ירמוכ" שבחרטום. נשיא סודן בשיר גינה את התקיפה יחד עם נשיא מצרים דאז מוחמד מורסי ועם משעל. חודש קודם לכן דיווחה סוכנות רויטרס כי מזל"ט ישראלי הפציץ שיירה שהובילה אמצעי לחימה, וכי 200 טונות של אמצעי לחימה, שהיו בדרכם לעזה, הושמדו.
פעולות חשאיות נוספות בשטחי סודאן נומקו בעשור האחרון ככאלו שנועדו לסכל את שיתוף הפעולה של איראן עם ארגוני הטרור ברצועת עזה.
באפריל 2009 דווח כי ישראל או ארצות הברית השמידו ספינת נשק איראנית שעגנה לחופי סודאן. ב-1998 הפציצה ארצות הברית מפעל לתרופות בסודאן, שנחשד כי היה בבעלותו של מנהיג אל-קאעדה לשעבר אוסמה בן-לאדן, שחסה בשעתו במדינה לפני שנמלט לאפגניסטן. התקיפה הייתה תגובה לפיגועים בשגרירות האמריקניות בקניה ובטנזניה, שנהגה על ידי בן לאדן וגרם למותם של מאות בני אדם.