בפיגוע בבית הכנסת בירושלים נהרגו הבוקר (שלישי) לפחות ארבעה בני אדם. עוד שבעה בני אדם נפצעו, בהם שוטר המאושפז במצב אנוש. מחקירה ראשונית עולה כי חלפו חמש דקות בלבד מקבלת הדיווח במוקדי החירום בירושלים ועד לחיסול שני המחבלים.
הדיווח הראשון על הפיגוע התקבל בשעה 07:01. שני שוטרים תנועה שהגיעו לזירה פתחו בחילופי אש עם המחבלים. אחד מהשוטרים נפגע בראשו מקליע, ונפצע אנוש. שוטר נוסף נפגע מקליע ברגלו ונפצע בינוני. עדיין לא ברור אם השניים הצליחו לפגוע במחבלים.
כוחות משטרה נוספים הוזעקו לזירה, ובשעה 07:06, חוקר זיהוי פלילי ששמו רפ"ק א' הצליח לחסל את שני המחבלים. שניהם היו חמושים בסכיני קצבים, ואחד מהם היה חמוש גם באקדח.
רפ"ק א' שמע את הדיווח ברשת הקשר המשטרתית והגיע לזירה. הוא הבחין בשוטר התנועה שנפצע מירי, ומיד והבחין בשני מחבלים שאוחזים בסכיני קצבים ואקדח רצים לעברו. רפ"ק א' ירה לעברם והצליח להביא למותם. עם נטרול המחבלים הוא נכנס פנימה עם שוטרים נוספים שערכו סריקה בתוך הישיבה כדי לשלול את הימצאותם של מחבלים נוספים בזירה.
"שמעתי דיווח בקשר על שמיעת יריות בהר נוף, הייתי בכניסה לעיר, משם נסעתי במהירות לזירת האירוע, הבחנתי בשוטרים מגיעים לכניסה לישיבה, צמצמתי טווח תוך שאני מוודא שאין ירי נוסף מהגובה, הגעתי לכניסה לישיבה, הבחנתי בשוטר פצוע ירי ושני מחבלים עם סכיני מטבחיים מגואלים בדם ואקדח רצים לכיווננו, ביצעתי ירי לעברם עד שנוטרלו ואז נכנסתי עם שוטרים נוספים לסריקות בתוך הישיבה", הוא סיפר. עוד הוסיף כי "הדבר הראשון שעלה לי בראש זה הפיגוע של ישיבת 'מרכז הרב', ניסיתי להכנס פנימה עם השוטרים ותוך חילופי אש ניטרלנו את המחבלים".
סמוך לשעה 10:00, המשטרה פשטה על ביתם של שני המחבלים, בני הדודים רסאן ועאדי אבו גמ'ל משכונת ג'בל מוכבר, שהם קרובי משפחה של אסיר ששוחרר בעסקת גלעד שליט. במקום יש עימותים עם כוחות הביטחון.
הרופאים בבית החולים הדסה עין כרם נלחמים על חייו של שוטר התנועה. הוא הועבר מבית החולים שערי צדק לחדר הטראומה בבית החולים, שם מאושפז פצוע נוסף באורח אנוש בשנות ה-50 לחייו, שני פצועים באורח קשה ועוד פצוע קל. בבית החולים שערי צדק מאושפזים פצוע בינוני ופצוע קל שנחבל כשברח מהירי בבית כנסת.
יעקב ורטהיימר, חובש מד"א ותושב השכונה, היה מהראשונים שהגיעו לזירה. לדבריו, "גילינו זירה מורכבת מאוד של פצועים שהיו מוטלים בפתח בית הכנסת - ובתוכו. התחלנו לטפל באחד הפצועים ששכב על הרצפה, כששמענו צרור יריות מתוך בית הכנסת. בעודנו מנסים להימלט, אחד החובשים נפל ושבר את רגלו. המשכנו לטפל בפצועים כפי שיכולנו, בזמן שהאירוע נמשך בתוך בית הכנסת, עד להגעת צוותי המשטרה שסיימו את האירוע".