אחד הציוויים הקדומים, החשובים והבסיסיים ביותר ברפואה הוא "ראשית אל תגרום נזק" - כלומר אל תגרום נזק לחולה שאתה, הרופא, מטפל בו. במילים אחרות: מערכת הבריאות חייבת לדאוג שעצם הטיפול הרפואי עצמו לא יגרום נזק לחולה יותר מאשר המחלה שממנה הוא סובל.
ואולם, לפי ממצאי דוח המבקר, מערכת הבריאות בישראל, ובראשה משרד הבריאות, חוטאת ומפרה באופן מזעזע את כללי היסוד האלה: כ-30 אלף חולים לוקים בזיהומים מעצם האשפוז שלהם בבתי החולים, כ-6,000 חולים מתים מהזיהומים, ולפי הערכות המומחים, היה אפשר להציל בכל שנה בין 1,500 ל-4,500 חולים. למקרא דוח מבקר המדינה עולה תמונה קטסטרופלית ומבהילה, שלפיה משרד הבריאות נכשל באופן מתמשך בביצוע תפקידו הבסיסי ביותר - בקרה ופיקוח על תפקוד בתי החולים ומרפאות קופות החולים בכל הקשור לשמירה קפדנית על חיטוי, עיקור וניקיון של מוסדות הבריאות ושל מכשירי הטיפול והניתוח.
עוד עולה כי אמנם חסרים באופן מחפיר תקציבים ומשאבים למערכת הבריאות הציבורית, אולם המבקר מדגיש (ומשרד הבריאות מודה בכך) כי חלק מהבעיה אינו קשור לתקציבים, אלא לחינוך כושל של הרופאים ולבקרה כושלת, שגובלת במעילה באמון הציבור ובחובות הציבוריות והחוקיות של משרד הבריאות בכל הקשור לאחד האמצעים המרכזיים בצמצום ההידבקות בזיהומים: רחיצת ידיים של הרופאים בין טיפול בחולים. על פי נתוני מערכת הבריאות, חלק ניכר מהרופאים מזלזלים בהקפדה על רחיצת הידיים. למעשה, במו ידיהם הרופאים פוגעים כך באלפי חולים, ובנושא זה המחסור בתקציבים ובציוד רפואי הוא בעיקרו תירוץ מחפיר ומקומם.