24 שעות ויותר עברו מאז הפיגוע הקטלני שאירע בקו הסיום של מרתון בוסטון, הבולשת הפדרלית (FBI), משטרת בוסטון וכל קהילת המודיעין הגדולה בארצות הברית ממשיכים לגשש באפלה באשר לזהות או אפיון מבצעיו. על מצבם הנואש של החוקרים תעיד העובדה כי ה-FBI פנה לציבור בקריאה להעביר לו מידע. "אנו זקוקים לכל פיסת מידע, גם זו שלכאורה על פניה נראית כלא רלבנטית", אמר דובר סניף הבולשת בבוסטון, והוסיף כי "היא תתקבל בברכה". החוקרים ואנשי הזיהוי הפלילי ממשיכים לאסוף ראיות מהאזור שבו התפוצצו שתי פצצות בתזמון מדויק של 20 שניות זו מזו, וגרמו למותם של שלושה בני אדם ולפציעתם של יותר מ-170. עד כה דווח על מעצרו של אזרח סעודי אחד ועל חיפוש בדירה באחת משכונות העיר, אך אין בכך כדי להעיד על כיוון כלשהו של החקירה.
קשה גם להסיק מסקנות ממעט הממצאים שנאספו עד כה. מצד אחד הנחת שתי פצצות בסמיכות זו לזו ופיצוצם בהפרש של שניות מעידים על תכנון ועל כוונה לגרום לנפגעים רבים ככל האפשר, לנזק רב וליצור תהודה גדולה. אך מצד, שני הרופאים שניתחו וטיפלו בפצועים, מסרו כי מקור הרסיסים שנמצאו בגופם של הנפגעים הוא חפצים שהתעופפו כתוצאה מהפיצוצים, ולא מכדוריות שהיו חלק מרכיבי הפצצה. מכאן המסקנה יכולה להיות שהפצצות הם מתוצרת בית, מעשה ידם של חובבנים, ולאו דווקא מקצוענים. מקור אמריקאי העריך באוזניי כי לגורמי החקירה יש כבר הנחת עבודה שעל פיה הם פועלים, אך בשלב זה כדי שלא לפגוע בחקירה הם מסרבים לפרסם אותה ברבים. ההערכה נוספת היא שעד סוף היום, לפי שעון ארצות הברית, "ערפל החקירה" עשוי להתבהר. מירב המומחים ללוחמת טרור ופרשנים בתקשורת האמריקאית וגם הבינלאומית, ממשיכים להעלות את ארבעת האפשרויות באשר למבצעים ומניעיהם.
האחת, שזהו מעשה ידיהם של טרוריסטים איסלאמיים, פרי יוזמה והתארגנות מקומית באדמת ארצות הברית. ההשערה השנייה היא שזו הייתה פעולה של טרוריסטים איסלאמיים שפעלו בהוראה שהגיעה מחוץ לגבולות ארצות הברית, בהשראת אל-קעאדה, או מטעם ארגון הטרור שמנהיג כיום ד"ר איימן אל זוואהירי, אף שהשפעתו מצומצמת והיא בגדר השפעה רעיונית ולא מעשית.
אפשרות שלישית היא שהפעולה הייתה מעשה של אדם בודד או קבוצה של קיצונים-ימניים אמריקאים, הפועלים בשולי החברה בהשפעת אידאולוגיות גזעניות וניאו-נאציות נגד הממשלה הפדרלית ושלוחותיה. פשעים אלה מכונים גם "פשעי שנאה" - שנאה לזרים, לבני דתות אחרות, לכהי עור או לממשלה הפדרלית. בארצות הברית אירוע בעבר מספר מקרים בעלי רקע דומה, כמו הפיגוע בחוות וואקו טקסס ב-1993, שבו נהרגו 76 בני אדם - חברי הכת הדתית נצר דוד שייסד דיוויד כורש וסוכנים פדרליים. כעבור כשנתיים, ב-1995, פעלו טימותי מקווי ושותפו טרי ניקולאס ממניעים דומים, כשפוצצו מכונית תופת ליד בבניין הממשל הפדרלי בעיר אוקלהומה וגרמו למותם של 168 בני אדם. מקווי הוצא להורג ב-2001. ניקולאס נידון ל-161 מאסרי עולם עוקבים. ההשערה הרביעית היא, שמדובר במעשה ידיו של אדם בודד או קבוצה של אנשים, שביקשו לנקום במארגני מרתון בוסטון, אולי, כמה שזה ישמע הזוי, משום שלא התקבלו אליו.
מרתון בוסטון הוא המרתון העירוני הוותיק ביותר בעולם. הוא מתקיים ברציפות זה 116 שנים, בכל שנה בשבוע השני של חודש אפריל. הוא נוסד ב-1897, כשמשלחת ארצות הברית חזרה מהמשחקים האולימפיים המודרניים הראשונים שהתקיימו באתונה שביוון שנה קודם לכן. במרוצת השנים הפך המרוץ בן 42 הקילומטרים ו-195 המטרים לחשוב וליוקרתי בעולם. נקבעו בו שיאי עולם אף שהמסלול אינו מישורי ויש בו גם קטעים של עליות. בין 30 ל-40 אלף גברים ונשים בכל הגילאים משתתפים בו, והביקוש להשתתף במרתון הוא עצום. הביקוש עולה על ההיצע. בכל שנה עשרות אלפי בני אדם פונים נדחים על ידי המארגנים מחוסר מקום או משום שלא קבעו את זמן המינימום הנדרש, הנקבע לפי קבוצות גיל. מדובר באירוע הספורט השני בגודלו שהיה יעד למתקפת טרור. במשחקים האולימפיים שהתקיימו באטלנטה ב-1996, אריק רוברט רודולף, קיצוני המתנגד להפלות עוברים, הטמין פצצה בכיכר המרכזית של הכפר האולימפי. כתוצאה מהפיצוץ נהרג איש אבטחה וצלם טורקי מת מהתקף לב. רודולף, שנמלט ונלכד רק כעבור חמש שנים, נידון למאסר עולם.