שופטי חידון התנ"ך המחוזי לנוער בדרום נהגו בחוסר הגינות כלפי מתמודדים כך טוענים הורים שילדיהם התמודדו בשלבי החידון המוקדמים, והניקוד שקיבלו היה נמוך מזה שהגיע להם. לטענתם, השופטים העדיפו באופן בוטה מתמודדים נבחרים, שאכן דורגו במקומות הגבוהים, שמהם עולים לשלבי הגמר. אחד ההורים אף ערער על תוצאות שלב הגמר של החידון והצביע על אפליה מתקנת שנקטו לכאורה השופטים כלפי אחת המתמודדות.
"לאחר קריאת השאלה, ניתנת דקה לגבש תשובה", טען האב. "השופטים אפשרו למתמודדת לבקש לשמוע את השאלה מפיהם עוד ועוד, עד שהיא עלתה על התשובה. בינתיים, עברה יותר מדקה, ושאר המתמודדים כבר עלו על התשובה. השופטים המתינו שהיא תדע ותרים את ידה כדי לענות. למרות שהבן שלי ומתמודד נוסף הצביעו לפניה, היא קיבלה את האפשרות לענות. בסופו של דבר, הבן קיבל שתי נקודות פחות ממנה, ובגלל זה היא עלתה לשלב הארצי".
חרף טענות האב, ערעורו נדחה. מפקח ורכז החידון במחוז הדרומי, גדי בן אמו, כתב לאב כי תוספת הזמן שניתנה למתמודדת נועדה לכך שהשופטים יוכלו להבהיר לה את השאלה בגלל קשיי הבנה. לדבריו, ברגע שהשאלה הובהרה, יכלה המתמודדת לענות עליה ללא שיהוי. בן אמו הוסיף כי הדבר מחזק את העובדה שניסוח השאלה לא היה מספיק ברור. ממשרד החינוך נמסר בתגובה כי טענות ההורה נבדקו על ידי המחוז, וכי במסגרת הבדיקה לא נמצא להן יסוד.
"התשובות בחוברת אינן מדויקות"
אלא שדבריו של האב קיבלו חיזוק מאביחי שלי, בן 29 מנתיבות. שלי הוכתר כחתן התנ"ך ומשמש כמדריך לנערים המבקשים להתמודד בתחרות. "קיים נוהג לפיו מפקחים במשרד החינוך שופטים בחידוני תנ"ך מחוזיים וארציים לנוער", הסביר שלי, "אולם לעתים הם לא מכירים את החומר בצורה טובה, ופוסקים את התשובות שלהם על פי חוברת התשובות שבידיהם". לטענתו, "התוצאה היא שבמקרים רבים, בני נוער שמתמודדים בחידון זוכים לפחות נקודות ממה שבאמת מגיע להם כי התשובות בחוברת אינן מדויקות".
בעבר התמודד שלי כמה פעמים בחידון התנ"ך לנוער, ולדבריו רק לאחר שהוכיח את השופטים על טעויותיהם, הוא זכה בנקודות המגיעות לו. שלי ניסה את כוחו שלוש פעמים, עד שהוכרז בשנת 2002 כזוכה והוכתר כחתן חידון התנ"ך העולמי לנוער. "לי זה קרה פעמיים. השופטים מקבלים מהמתמודד תשובה נכונה, אולם היא לא כתובה להם בחוברת התשובות, ולכן הם פוסלים את התשובה. זאת למרות שבמקום אחר בהמשך הפסוק שעליו מתבסס המענה, תשובת המתמודד נכונה. עזרתי למתמודדים להגיש ערעורים על החלטות שופטים, ולא אחת התקבל הערעור".
בשנה שבה זכה, נאלץ שלי לערער על פסיקת השופטים בשאלה הקשורה להסכם חילופי השטחים בין שלמה המלך לבין חירם מלך צור, כאות לידידות ביניהם: "בחוברת התשובות היה כתוב שחירם נתן לשלמה 20 ערים בארץ הגליל וקיבל בתמורה 120 כיכרות זהב. התשובה הנכונה הפוכה. חירם נתן את הזהב בתמורה לערים שנתן לשלמה. השופטים פסקו לי נקודות לפי מה שנכתב להם בחוברת, ורק לאחר שדרשתי לבדוק זאת וציטטתי את הפסוק, הוחזרו לי הנקודות".
במשרד החינוך אמרו בתגובה כי "חידון התנ"ך לנוער מתנהל בתנאים קפדניים ולפיהם נדרשים המתמודדים להוכיח בקיאות בספר הספרים, ורשאים לבקש מהשופטים הבהרה לשאלה". לטענת המשרד, "במקרה הנדון, המתמודדת ביקשה הבהרה, אשר לאחריה השיבה במסגרת הזמן המוקצב. חבר השופטים בחידון המחוזי הורכב מאנשי דת הרב אביטן, רבה של המועצה האזורית חוף אשקלון, חינוך מאיר סבג, המפקח על החינוך הדתי במחוז, ואקדמיה שלמה גור, שמרצה באקדמיה בתחום הוראת התנ"ך, הבקיאים בנושאי החידון. שתי התלמידות שהעפילו לחידון הארצי צברו את מרב הנקודות בחידון המחוזי הודות לבקיאותן. שלבי החידון האזורי הסתיימו לפני מספר שבועות".